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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

退職→D進して思うのは、学び直しD進のハードルが下がればいいなあということ。私の場合、働く中ではじめてDでのトレーニングの必要性を感じた。そのおかげで、目的意識を持ってD進できたと思っている。修士から明確な目的意識を持ってD進できる人はそこまで多くない気がする

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

【ご報告】内藤財団に助成いただき、4月から米ワシントン大のBaker研でポスドクをします。タンパク質デザインは完全に初心者なので、今後一層、タンパク質工学界隈の皆様のご指導をいただきたく、どうぞよろしくお願いします！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

ボスに話して、ポスドクとして直接雇用してもらえることになりました！！！ありがたやーーー涙

Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

海外学振、不採用でしたーーーぎゃんボスに今後のことを相談せねば、、、まだ帰国したくないーーー

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

デスクワークをしていたらラボの同僚が「(共同研究先で)面白い結果が出た！」と興奮気味に部屋に飛び込んできてちょっとディスカッション。こういうのが研究の醍醐味だなあ、私にとって。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

高速なタンパク質ドッキングソフトウェアRPXDockのインストール方法についてQiitaに記事を書きました。() (初めての記事！) 対称軸や狙いたい相互作用面の面積などを柔軟に指定することができ、タンパク質複合体デザインの起点となる主鎖配置・相互作用面の探索に便利です。

タンパク質ドッキングソフトウェアRPXDockのインストール方法 - Qiita

Github Repo: https://github.com/willsheffler/rpxdock.gitPaper: https://journals.plos.org/ploscomp…

qiita.com

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

私は会社員5年強やってから博士に来たので、大学同期と比べてアカデミアのキャリア的に一回り「遅れて」いる。それが気にならないわけではないけれども、同期が教員に (すごい人だとPIに！)なっていたりするので、キャリアのアドバイスを気軽に聞けたり実はおトク (？)なことが多かったりする笑

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

私が数年来お世話になり、尊敬している海外PIの方のメールの署名欄に "PS. emails from me may be brief to minimise time-cost, please don't take as unfriendly. :)" とあり、なんてnon-nativeにやさしい心遣いだと感動したことがある。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

4 months

分子デザインのPodcastはじめました！私は主に専門としているde novoタンパク質デザインについてゆるく情報発信していきますのでぜひお聞きください。X公式アカウントのフォロー & リポストもよろしくお願いします！

分子デザインはじめました (Podcast)

@Biomol_Design

4 months

分子デザインに関わる研究者が集まってPodcastを始めました！タンパク質デザイン、核酸 (DNA/RNA)デザインについての最新トピックや文献の紹介、デザイン関連研究者のインタビューなどを通して情報発信していきますので、フォロー & リポストよろしくお願いします！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

Accepted!!!　早くこの論文を世界の皆さまにお届けしたい！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

海外学振、不採用でしたーーーぎゃんボスに今後のことを相談せねば、、、まだ帰国したくないーーー

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

6 months

生物工学会誌の「バイオミディア」にタンパク質マテリアルデザインについて寄稿させていただきました。AIベースのデザイン手法の登場によってタンパク質マテリアルデザイン分野も日進月歩のexcitingな時代に突入しています！

タンパク質でなにつくろう

生物工学会誌, 2024 年 102 巻 1 号 p. 24

www.jstage.jst.go.jp

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

働く中ではじめて自分にあった仕事が見えてくるという意味では、転職も今以上に一般的になればいいなあと思っている。やってみなければ分からないことが多い人生で最適解にたどり着くには、試行回数を増やすしかないというのが持論である

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

Revision submitted!!! D進前は「なんでみんなsubmitしただけでツイートするんだろう？」と不思議だったけれど、今なら分かる、苦労の末のこの達成感。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

私の博士課程最初の論文がついにpublishされました！ @an_chem これまで単一条件でしか計測できなかった酵素一分子やウイルス一粒子の活性を、任意の条件で何度も計測できる「多次元デジタルバイオアッセイ」技術を開発しました。

Multidimensional Digital Bioassay Platform Based on an Air-Sealed Femtoliter Reactor Array Device

Single-molecule experiments have been helping us to get deeper inside biological phenomena by illuminating how individual molecules actually work. Digital bioassay, in which analyte molecules are...

pubs.acs.org

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

I "saw" a protein I designed under negative stain EM for the first time, and it behaved exactly as I designed! Yay!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

ラボの仲間が本当にみんないい人すぎて、それだけでここにポスドクしに来てよかったと思える。みんなに会いたくて毎日ラボ行ってると言ってもよい

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

【教えてください】諸事情あり、今からでも応募可能な生命系海外ポスドクフェローシップをどなたか教えていただきたく・・・。上原、内藤、東洋紡バイオ、中谷医工は応募予定です。渡航予定は米国、分野は生命系、特にタンパク質・生化学の技術開発です。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

Mass photometry今日初めてやったけど、めちゃ簡便で感動。ガラスに吸着した分子由来の散乱光強度が分子量に依存することを利用した手法で、少量(数十nM)のタンパクの分子量を一分子ごとに計測できる。数年前にScienceに出たのは知っていたけど、こんなにすぐ製品になるとは

How does Mass Photometry work?

Mass photometry is a revolutionary new way to analyse molecules. It enables the accurate mass measurement of single molecules in solution, in their native st...

www.youtube.com

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

@Ag_smith @sugargroove 「この部分に結合するタンパク質をデザインして」でできます！(documentationの"Binder design"の項を参照ください) 狙いたいresidueを'ppi.hotspots=[A30,A33,A34]'みたいに指定して骨格を生成した後、 @Ag_smith さんの仰る通り、ProteinMPNNで配列設計してやるのが簡単です。

GitHub - RosettaCommons/RFdiffusion: Code for running RFdiffusion

Code for running RFdiffusion. Contribute to RosettaCommons/RFdiffusion development by creating an account on GitHub.

github.com

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

1年前にde novoタンパク質デザインを始めた研究者として登壇させていただきます！どのようにデザインを行い実験的に検証しているのか、実際にツールを動かしながらstep by stepで解説する予定です。天然タンパク質の改変にも有用な技術ですので、幅広い分野の方の参加をお待ちしております！

学術変革領域(A)分子サイバネティクスPR

@molcyb_PR

1 year

小林直也先生（奈良先端大） @kobnaoya 、本田信吾先生（ワシントン大） @akg_entrance 、新津藍先生（理研）をお招きし「De novoタンパク質デザイン入門セミナー」（zoom）を、８月８日（火）１０：００から開催します！領域外の方も是非ご参加ください！事前登録： 1/6

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

少しの不安とたくさんのワクワクとともに、シアトルへ。荷物なくなんないといいな。 Leaving Japan and heading to Seattle. A bit anxious, but lot more excited!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

@kobnaoya この論文のSupplementaryにある方法です！安価で納期が早いIDTのeblockを使うこと、規格化されたベクターを使うこと、クローニングを行わないこと、がポイントですね

Hallucinating symmetric protein assemblies

A network-based protein design enables the generation of cyclic homo-oligomers across the nanoscopic scale.

www.science.org

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

各種de novoデザインツールを触りながら学べるnotebookが公開されてる！すごい！ Thank you so much @AjasjaLjubetic for an amazing contribution to the community!

Ajasja 💻🧬🔬

@AjasjaLjubetic

10 months

It was great to teach about protein design (PyRosetta, ProteinMPNN, RFDiffusion, AF2) at the FEBS advanced course "Computational Approaches to Understanding and Engineering Enzyme Catalysis" in beautiful Zagreb. Want to try out the notebooks?

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

Baker研は人数規模が大きい(研究員100名超)ので数日納品が止まっただけでもラボ機能が麻痺してしまう。ラボマネはじめインフラ維持に携わるメンバーがラボにとっていかにessentialであるか、日々めちゃめちゃ実感させられる

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

My first reviewer task has been done! 初めての(単独での)査読done! 本当に指摘すべきなのか、自分の勉強不足なのかが判断つかないのが難しいところ・・・

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 month

蛋白質科学会のDay 3 (6/13木 8:30-)のワークショップ「異分野融合が切り拓くタンパク質工学フロンティア」にてBaker研で進めているデザイン研究の話をします！ぜひ皆様いらしてくださいー！ WS13-4『ペプチドで紡ぐ非対称なde novoタンパク質複合体』

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

6 months

生物物理学会誌の「海外だより」にて米シアトル・ワシントン大でのポスドクとしての研究生活について紹介記事を執筆させていただきました！米国でのポスドクに興味がある方の参考になれば嬉しいです。

The Biophysical Society of Japan 一般社団法人日本生物物理学会

@bpsjp

6 months

【学会ニュース更新】「生物物理」第64巻1号刊行について掲載しました。「

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

水道の元栓を閉めても全然水が止まらなくて、「なんでー？」と思ったら隣の家の元栓閉めてた

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

初めて取れた電顕のデータが嬉しくて見せて回る私の相手をしてくれるラボのみんな、優しい笑

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

4 months

Here comes the antibody design with RFDiffusion!

Nate Bennett

@naterbennett0

4 months

We’re excited to share our preprint where we show, for the first time, the atomically accurate design of VHH antibodies!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

My first PyRosetta script in my life finally worked! Woo-hoo!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 months

AlphaFold3について、タンパク質デザイナー目線でのperspectiveを中心に雑談しました。 modelが6ヶ月目処に公開される(らしい)という情報も出たので、今後より効率よくデザインができる&より難しいデザインにもチャレンジできるようになると期待しています。

分子デザインはじめました (Podcast)

@Biomol_Design

2 months

Ep 3: [Topics] Alphafold 3 を公開しました！リリースされたばかりの AlphaFold 3 について、理研の新津さん @AiNiitsu212 を交えて、岡本、本田、松林( @Okamoto_Yasu_CH , @akg_entrance , @Matsubayashi_J )で、使用感や今後について雑談しました。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 months

エイプリルフールの日の全体セミナーでラボ同僚が「話すことなかったのでこちら謝辞です」と30秒で話し終えて爆笑の渦を巻き起こしたかと思うと、ボスも「簡潔で明快な発表ありがとう、みんな質問は？」と応じていてこれがアメリカ式か・・・！と非常に勉強になった

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

本日無事に、博論本審査を終えました！審査していただけたら最高だと思っていた先生方に審査いただき、本当に光栄でした・・・まさにdefenseという感じで、本質的な指摘に次ぐ指摘を受け、ボスの「審査委員の先生方は、自分も試されているという気持ちで臨んでいるんだ」という言葉に納得しました。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 month

ただいま日本！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

Discovery of novel folds and their wet lab characterization. MUST READ for de novo protein designers!

南慎太朗

@shintaro_minami

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finally published!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

あけましておめでとうございます！昨年末に第一子が誕生し、大晦日は娘をげっぷさせていたら年越ししていました笑

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

11 months

タンパク質デザインをやっていると「PDBファイルのChain Aを分割して特定領域を取り出す」といった極めて単純な操作ですら意外に面倒なのですが、このpdb-toolsはそうした操作を一行でやってくれます。 @shintaro_minami やっと実際に使ってみていますが、めちゃ便利ですね笑

南慎太朗

@shintaro_minami

1 year

最近知ったこのパッケージ最高。PDBファイルをターミナルで編集したい勢におすすめ。NMR構造をフェッチして、Model1の1-79残基(his-tag以外)のN/CA/C/Oだけ抜き出して、残基番号と原子番号を振りなおす、とかをパイプ使って１行で書ける。他にもできること沢山あってかつ柔軟

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

The first day at UW was brilliant, thanks to kind colleagues! ラボメンバーの優しさに救われて、UW初日は素敵な一日でした！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 months

お待たせしました、PodcastのEp2が公開されました！来たるべきDNAデザインとタンパク質デザインの複合領域にまで話がおよぶ、楽しくかつ非常に刺激的な回となりました。ぜひお楽しみください！

分子デザインはじめました (Podcast)

@Biomol_Design

3 months

Ep 2 を公開しました！東工大の浜田省吾さん @shogohamada をゲストに迎え、DNAナノテク発展の歴史や、浜田さんのDNAゲルのご研究とその応用についてお話を伺いました。ナノスケールデザインのヒューマンドラマが胸熱です！浜田研究室 HP

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

7 months

ただいま日本！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

タンパク質デザイン分野は次々に新しいmethodが出てくるので「（新しいmethodの）学び方を学ぶ」必要性を今まで以上に感じている。新しいmethodが出てきた時にそれを使いこなして目的のタンパク質をデザインできるようになるには、ベースにどういうスキルセット（特にCS）が必要になるんだろう？

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 months

配列特異的DNAバインダーデザインの論文について話しました！一本の論文の中にここ数年のタンパク質デザイン手法の進化が詰め込まれており、デザイン分野の急速な進歩を改めて感じました。

分子デザインはじめました (Podcast)

@Biomol_Design

2 months

Ep 4 を公開しました！ Ep 2 に続き、東工大の浜田省吾さん @shogohamada をゲストに迎え、DNA結合タンパク質のデザインについて、Baker Lab からの BioRxiv preprint の Journal Club を行いました。ホスト： @akg_entrance @Okamoto_Yasu_CH @Matsubayashi_J

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

私が感じるタンパク質de novo designの各ステップの大変さは以下で、機械学習で特に(4)-(6)が楽になった気がします。 (1) 実現したい機能の定義: ★★★☆☆ (2) (1)を実現する三次元構造の設計: ★★★★★ (3) (2)を実現するタンパク質二次構造の組み合わせとその空間配置の決定: ★★★☆☆ (続く)

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

6 months

たくさん質問もいただいて、とても楽しいセミナーでした！ありがとうございます！

Hideaki Kato Lab (KIS, UTokyo)

@hekatolab

6 months

On-site seminar by Dr. Honda (UW). ワシントン大学（David Baker lab）の本田信吾先生によるセミナーが行なわれました。最先端のタンパク質de novoデザインに関する話をうかがい、トータルで約2時間という白熱した議論を行うことができました。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

This is how my protein design project is going — excited to see what happens!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

@cryptobiotech 生物物理寄りではありますが、『演習で学ぶ生命科学』は演習しながら生命現象を定量的に捉えられる良書かと思います。()

演習で学ぶ生命科学　第２版〜物理・化学・数理からみる生命科学入門

東大発，物理受験・化学受験といった高校生物非選択の学生に，解きながらシミュレーションしながら，生命科学を概説．生化学からシステム生物学まで，これからの「生命とは」を考える“感覚”を養える画期的入門書

www.yodosha.co.jp

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

I’m back in Japan! Will stay for a couple of weeks.

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

現ラボはいかに積極的に多くのメンバーとコラボレートするかがめちゃめちゃ重視されているので、一日コミュ力300%で過ごした結果、帰って力尽きる毎日。笑でもやっぱりみんなでわちゃわちゃ研究するのは楽しい！

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

使用言語が英語になっただけで、日本語の時の30%くらいの能力でしか研究できてない気がする。語学も実力のうちだって分かってるからこそ、悔しいなあ

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

@Ag_smith @sugargroove そして例によってですが、Sergeyさんの粋なお仕事により、RFDiffusionによる骨格生成 > MPNNでの配列設計 > AF2によるvalidationがGoogle Colab上で超簡単にできてしまいます！ぱっと試したい場合はこちらをぜひ！

Institute for Protein Design

@UWproteindesign

1 year

RF Diffusion was developed by a team of computational biologists from @UWProteinDesign , @Columbia & @AIHealthMIT . Our thanks to @sokrypton for implementing it onto the ColabFold platform.

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

I got a pretty exciting result with my designs — which makes my weekend perfect!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

博論予備審査おわったー！妻とスシローでプチ打ち上げ。たのしい

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

7 months

This was such an informative seminar by @thesteinegger , the developer of all the super-useful bioinformatics tools. Thank you so much Martin, for the great talk and discussion!

Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

8 months

2023年12月22日（金）午後1時から、AlphaFold2, ColabFold, Foldseek, MMSeqs2などの開発者であるProf. Martin Steinegger先生（韓国・ソウル大）が東大農学部・フードサイエンス棟・中島ホールにて講演を行います。 (1/3)

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

デザインしたタンパク質をin silicoで選抜できる(信頼性の高い)metricsがないと、いかにデザインが難しいかを実感している。 metricsがないとデザインが成功しない vs 成功例がないとmetricsが確立できないというジレンマ……

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

まさかシアトルまで来てラボの大スクリーンでスマブラやることになるとは思わんかった(超楽しい)

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

私の博士課程デビュー作がはじめて引用された！！！いえーい分野の著名ラボから！いえーいサイエンスに参加してる感じがして思ったより嬉しいぞ酵素の一分子活性計測に溶液交換を実装した話で、一分子酵素学の「できたらいいな」を叶えたいぶし銀な論文だと思っています笑

Multidimensional Digital Bioassay Platform Based on an Air-Sealed Femtoliter Reactor Array Device

Single-molecule experiments have been helping us to get deeper inside biological phenomena by illuminating how individual molecules actually work. Digital bioassay, in which analyte molecules are...

pubs.acs.org

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

@torusengoku 私はどちらもやりますが、できるだけC末端につけます。C末端まで翻訳されなかった産物を釣ってしまうのを防ぐ目的ですね。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

しまった、どうしてミートボールプロジェクトがバーベキュープロジェクトになったか説明忘れた。。。球状じゃなくて長い複合体を作ることになったからですね笑

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

8 months

生物物理学会楽しそうだなあ、来年はぜったい出よう #bsj2023

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

google colab版のRFDiffusion、使えば使うほどその便利さに驚かされるな。バインダーデザインのときはちゃんとターゲットをテンプレートとして与えてAF2してくれているのか。このままのパイプラインをぜひlocalでも使いたい・・・笑

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

研究においてなぜ自分が「検出・計測技術の開発」にこだわるかをずっと考えていたのだけど、元職場の尊敬する大先輩の「測れないものは研究できないでしょ」という言葉にルーツがある気がしている。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

人生初のたまごボーロに大興奮している娘を見て、世界は私の忘れていた喜びに満ち溢れているのだと思い出す

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

@souyakuchan きっと近いうちに続報出るかと思います！Davidがオンラインセミナーで普通に話してました笑　26:00頃のRoseTTAFold-All-atomとLigandMPNNの話ですね。

EWSC: Protein design using deep learning, David Baker

EWSC-MIT EECS Joint Colloquium SeriesPresented by Eric and Wendy Schmidt CenterMarch 7, 2023Broad Institute of MIT and HarvardDavid BakerProtein design using...

www.youtube.com

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

My daughter suddenly began crawling!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

4 months

Spring has sprung in UW!

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

オーガナイザの皆様、小林さん新津さん、参加してくださった皆様、ありがとうございました！いただいた質問読んで勉強させていただきます！

学術変革領域(A)分子サイバネティクスPR

@molcyb_PR

1 year

小林直也先生（奈良先端大） @kobnaoya 、本田信吾先生（ワシントン大） @akg_entrance 、新津藍先生（理研）をお招きし「De novoタンパク質デザイン入門セミナー」（zoom）を、８月８日（火）１０：００から開催します！領域外の方も是非ご参加ください！事前登録： 1/6

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

ウエスタンでも核酸の泳動でも、一番こたえるのはバンドがまったく出ない時だ (マーカーだけが浮かび上がったゲルを見ながら)

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

de novoデザインタンパク質が安定なのは知っていたけど、室温で一週間置いたタンパク質で普通に実験してたりする (しかもうまくいく)のは本当に笑ってしまうし、教育上めちゃくちゃ良くないな笑

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

「細胞を創る」研究会14.0でポスター発表します！特定条件下でしか行えない酵素のin vitroスクリーニングを任意かつ多条件下で行う試みです！ Development of multi-dimensional in vitro enzyme screening system / 「多次元」in vitro酵素スクリーニングシステムの開発 #Cellsynth14 , #細胞を創る

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

4 months

「分子デザインはじめました」Podcast、Episode 0とEpisode 1が公開されておりますのでぜひお聴きください。RFAA/RFDiffusion-AAはそのうちハンズオンやりたいですね。

分子デザインはじめました (Podcast)

@Biomol_Design

4 months

Episode 1 を公開しました！岡本 @Okamoto_Yasu_CH 、本田 @akg_entrance 、松林 @Matsubayashi_J で”Papers for protein design using DL”, RFAA/RFDiffusion-AA, PyMOL3 などについて話しました。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

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I’m back to Seattle! This is one of the most famous cafe latte in Japan, which explains why many Japanese people know beautiful Mt. Rainier.

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

オンラインで卒論・修論発表練習会やる時、みんなでgoogleスプレッドシートにリアルタイムでコメント入れるの良いな。【感じたメリット】 1) 短時間で多人数からフィードバック可能 2) コメントのハードル下がる 3) メモ不要で発表者が応答に集中できる 4) 他のコメントから連鎖的にコメント出やすい

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

よし、過ぎた結果のことを考えるのはこれで終わり！surviveするためにできることに集中しよう！がんばるぞー

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

Awesome work tackling one of the major challenges in protein design, de novo design of DNA-binding proteins. Congrats @cam_glasscock , Robert, Ryan and team DNA! I’m a big fan of you all and your works!

Cameron Glasscock

@cam_glasscock

10 months

Very excited to share our preprint "Computational design of sequence-specific DNA-binding proteins"!

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Shingo Honda (本田信吾)

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3 years

博論本審査に向けたデータ取りは本日にて終了！いいぞー

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

突然の「ノーベル賞取ってね！」のフリにテンパって「まだちょっと早いかな！」と返してしまい、自己評価ぶっ壊れた人みたいなった

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

3 years

一週間おつかれディナーで妻とサイゼに行って豪遊したのにひとり¥1,000いかなかった。採算大丈夫なのかサイゼ

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Shingo Honda (本田信吾)

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9 months

Another powerful protein structure prediction and design tool came out! Congrats @r_krishna3 and all other authors!

Rohith Krishna

@r_krishna3

9 months

Very excited to share RoseTTAFold All-Atom and RFdiffusion All-Atom, methods for structure prediction and design of biomolecular assemblies! 1/n

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

ラボのグループミーティングの発表おわったー！だいぶボロボロだったからそれは次回の反省にするとして、、、やっと前からやりたかったデザイン試せるぞー！！！いえい

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

4 years

私の今の最大の迷いは「自分は不老不死の実現に全力で取り組むべきではないのか」という迷い。「死という人生最大の課題を脇において、どうして限られた生に甘んじてしまうのか。今やってる研究だって、不老不死になってからやればいいだろ」と内なる自分が語りかけてくる。

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Shingo Honda (本田信吾)

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2 years

We human beings are not designed to purify 39 proteins at a time. I should’ve noticed that.

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Shingo Honda (本田信吾)

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2 years

最近の娘のごはん、「ひとしきり大暴れした後、口が空いたタイミングを狙っておかゆを叩き込む！」って感じでスターフォックスみたいなってる

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

@torusengoku 収率の低さと価格が主な理由ですね。あと大腸菌で比較的高速に評価できる系(遺伝子到着から精製・ゲルろ過での評価まで1.5日程度)が確立しているのもあります。が、極小スケールで評価できるようなreadoutが得られる場合など、デザインによってはセルフリーの系を使うこともあります

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

デザインを仕上げて遺伝子をオーダーするタイミングが一番ストレスだ、、、どんなに素敵に見えるデザインでも現実世界で機能しなければただのデータである、という厳しい現実に向き合うのはなかなかしんどい

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

自分がどういう人間か&どのように思っているかを表明しておくことがコミュニケーションを円滑にするという、いい例かもしれない。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

1 year

アメリカに来て以来、美味しそうなレシピを見つけてページをスクロール -> 「最後に卵の黄身を落として完成です！」で天を仰ぎページを閉じるを無限に繰り返している

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

10 months

scFvではだめなん？と思ったけどflexible linkerで繋いでるのと、β-strandのエッジが露出してるのとで安定性が低いのね。勉強になった。 face-to-faceのデザインが実際に巻くのか気になったけど多分巻かなかったんだろうな

Kato

@oxkawaka

10 months

Single-chain dimers from de novo immunoglobulins as robust scaffolds for multiple binding loops

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

1カ月前のある日、突然めちゃめちゃ英語がしゃべれるようになり、1週間前に突然しゃべれなくなった。研究で壁にぶつかったタイミングで喋れなくなったところをみると、どうやら私の感じる自信に連動しているらしい。面白いけど困った

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

11 months

さらにmotif scaffoldingで生成した全体構造をRFDでpartial diffusion (=構造を少しだけnoise -> denoiseする)することで、より最適化されたデザインを得ることができる場合もあります！

Naoya KOBAYASHI

@kobnaoya

11 months

先日のQ&Aで書くタイミングがなく忘れていたが、RFdiffusion (RFD)では一発で出たものをそのまま使うのではなく、生成されたものの中から部分的にでも好みのものがあれば、その構造を先のPRでいうところのseedとして使って、再度、そのseedに対してRFDでmotif scaffoldingをすると良いと思う。

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

2 years

@torusengoku こちらの論文です ()　full-lengthのタンパク質の収率が上がるのは、不完全長のmRNAにリボソームがstuckするのを防ぎ、リボソームの利用効率が上がるから、と考察されていますね。このあたり、定量的なデータをご存じの方に訂正・補足いただけると嬉しいです。

Synthetic protein quality control to enhance full-length translation in bacteria

Nature Chemical Biology - A synthetic protein quality control system (ProQC) uses RNA hybridization to enhance translation of full-length proteins in coupled transcription–translation systems...

www.nature.com

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Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

11 months

セミナーで頂いた質問、やっとこさ回答終わりました！追加で質問やコメントある場合、X上でお気軽にコメント・DMいただければと思います！

Shingo Honda (本田信吾)

@akg_entrance

11 months

先日のde novoタンパク質デザイン入門セミナーで頂いた質問の回答につきまして、本田回答分はこの数日で順次回答いたしますので、今しばらくお待ちください！(がんばります)

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