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Masa Somiya

1 day

<引き続き拡散希望> 博士研究員と研究補助員の方を若干名探しております。勤務地は大阪大学(大阪府茨木市)で、機械学習モデルを使ったタンパク質デザインをやっている国内でも数少ないグループの一つです。天然に存在しない機能性タンパク質を作り出す研究を一緒に盛り上げてくれる方を探してます！

Masa Somiya

@MasaSomiya

9 days

<拡散希望> 研究をサポートして頂ける研究補助員の方を探しています。勤務地は大阪大学吹田キャンパス、研究内容は「計算機上で作った人工タンパク質の機能解析」で、遺伝子組換え実験やタンパク質発現精製などをやっていただきたいです。あまり経験がなくても、実験手法などは丁寧に指導します！

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

正月で実家に帰ったら、10年以上前に亡くなった祖父が、私の子供の頃の姿を書いてくれた油絵を発見しました。無口で不器用な祖父でしたが、言葉には出さなくても私への愛情を油絵に込めて残してくれたような、そんな気がして、なんだかジーンとなりました。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

感動して講義でも取り上げた研究。生後5週の子供が泣き止まないため入院。CTで脳に異常が認められたが原因不明。即座に全ゲノム配列を調べたところ遺伝子に異常が見つかり、ビタミンの摂取で症状が改善して数日で退院できた。入院から診断・治療開始までわずか36時間、数年前なら診断すらつかなかった

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

これはTHMD2という遺伝性の疾患でした。この子供の姉は10年前に同様の症状があったものの、診断がつかず生後11ヶ月で亡くなってしまったそうです。恐らく同じ疾患だったと。テクノロジーの進化で夢のような治療が実現可能に。素晴らしいですね。アメリカの研究です。

The baby was gravely ill. Rapid sequencing turned around a diagnosis in 13 hours — and pointed to a...

Eleven years ago, a baby girl died inexplicably. This time, when her infant brother presented similar symptoms, doctors sequenced his genome — and got answers in under two days.

www.statnews.com

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

自分が専門として研究しているエクソソーム/細胞外小胞が疑似科学や無根拠医療に利用されているのを見ると悲しくなりますね。2016年頃からエクソソーム/細胞外小胞を取り扱ってきた基礎研究者として現状をまとめてみます。

静岡皮膚科(2024年3月開業/静岡駅徒歩3分)院長　江畑慧

@shizuoka_doctor

2 years

日テレが「エクソソームでがんもアトピーも何でも治る」ように放送しましたが誇大宣伝です。実は、「まともな根拠があるTVの健康情報は少数」と、すでに研究で報告済💦 日テレは昨年も『脱ステロイド』を推奨するエセ医学番組を流したばかり。「視聴者の命や健康」よりも視聴率が大事なのでしょうね。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

科研費申請の季節ですね。過去の申請書を眺めていたのですが、2019年の私の申請は「mRNAを治療薬やワクチンに利用するための基盤技術」に関するもので、結果はC判定（同分野全体で50%以下の評価）と散々だったのですが、これを今年同じ内容で申請したら評価が変わるのかなぁと妄想してました。笑

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

30年くらい前に書いてくれた油絵だと思うのですが、祖父が私のことを思いながら描いた「その時」の気持ちが込められているような気がします。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

以前の投稿、ずーっと継続的に見られているようで多分エクソソームについて気になっている人がたくさんいるんだと思います。結論から言うと「エクソソームが〇〇に効く」は現状全部嘘だと思っていた方が良いです。むしろエクソソーム製品の安全性が担保されていない以上メリット無いどころか危険です

Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

自分が専門として研究しているエクソソーム/細胞外小胞が疑似科学や無根拠医療に利用されているのを見ると悲しくなりますね。2016年頃からエクソソーム/細胞外小胞を取り扱ってきた基礎研究者として現状をまとめてみます。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

まず前提として、ヒトでエクソソームや細胞外小胞を使用して何らかの疾患に対する有効性・安全性ともに科学的に妥当なレベルで認められた製品は現時点で無いと言って良いと思います。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

「エクソソーム」って字幕入りでトロトロのゼリーを入れるところで思わず笑ってしまった。私が何年間も研究してきたエクソソームって何だったのか？？？😂

技術系会社員🗣️🇷🇺📣🟠🦕🦖🌎☄️🌑👁️🪬✡️🌸🇯🇵⛩️🧠

@_137_036

10 months

何を作っているのかさっぱり分からなくて怖いです。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

エクソソーム/細胞外小胞を真面目な研究している研究者・企業は、無根拠医療に利用されている現状にはウンザリしていると思いますし、一般消費者はこういう物に飛びついても何の利益も無くむしろ有害なので警戒した方が良いと思います。お金目当ての悪い人たちに騙されないように気をつけましょう

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

クリニックで使用しているエクソソーム製品の品質や安全性のレベルなんて全く信頼できません。私なら大金もらっても使いたく無いです。重篤な感染症のリスクも少ないながらあります。FDAの注意喚起はこれ。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

Natureがドイツの研究機関Max Planckとオープンアクセスに関する契約を結び、Nature と姉妹氏に掲載の論文は全てオープンアクセスになるそうですが、何とOA論文あたり$11200支払うことになるそうです。率直に言って、狂っていると思います。もう既に、従来の学術論文の出版モデルは破綻している

David K Smith

@professor_dave

4 years

For the first time, Nature family journals set their open access price, and it is around £9000. No, that's not a typo. Science is increasingly just a capitalist endeavour, where irrespective of your ideas, only those who get all the money can succeed.

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

オランダの科学アカデミーから過激な提案。研究者が資金集めに時間を使い過ぎている事を問題視し、職位に応じてプロポーザル無しで、全ての大学教員に€250〜500kを与える。研究者からしたら願ってもない仕組みですね。実現するかどうかはともかく、研究者の問題意識は世界共通みたいですね。

Arjan Dijkstra

@GeoArjan

4 years

Radical overhaul of research funding proposed by Dutch Academy of Sciences: Give EVERY new Assistant Prof €250K working capital, and €375K when promoted to Associate Prof, and €500K when promoted to full Prof. No proposals. Use money for research as you see fit #rollinggrant

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Masa Somiya

@MasaSomiya

11 months

生化学のラボにいるからかは分からないんですが、96ウェルプレートを使うときに「エッジ効果」のことを知らない大学院生・ポスドクが多くてビックリします。特に細胞を使う実験では僕は絶対に端のウェルを使わないようにしてます。結果がブレてしまうので。

スクリーニングに最適！エッジ効果を軽減できるNunc Edge 2.0 96-Well Plates

エッジ効果とは細胞培養中に96ウェルプレートの、特に外周ウェルの培地量が減少し、ウェル内における細胞状態や増殖の悪化を引き起こす現象です。原因は培地の蒸発ですが、エッジ効果により内側ウェルと外周ウェルの間にデータに差が生

www.thermofisher.com

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

美容クリニックで使う「エクソソーム製品」は超高額みたいですが、そんなにエクソソームが好きなら市販の牛乳にもたっっくさん含まれているので飲めば良いですよ。リンクは牛乳内のエクソソーム/細胞外小胞を精製して調べた私の論文です。誰でもアクセスして読めますよ。

Biocompatibility of highly purified bovine milk-derived extracellular vesicles - PubMed

Extracellular vesicles (EVs) deliver biologically active cargos from donor cells to recipient cells for intercellular communication. Since the existence of RNA cargo was discovered, EVs have been...

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

自分が専門として研究しているエクソソーム/細胞外小胞が疑似科学や無根拠医療に利用されているのを見ると悲しくなりますね。2016年頃からエクソソーム/細胞外小胞を取り扱ってきた基礎研究者として現状をまとめてみます。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

こういう状況ですから、現時点で「エクソソーム製品」になんらかの効果(美容目的・治療目的)を期待して利用するのは、効果も安全性も認められていない物にお金を払うのと同じで、占いみたいなものだと思って良いと思います。むしろ副作用のリスクもあり有害でしょう。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

��エクソソーム含有製品」の安全性はまだ十分には理解されておらず、2019年には米国で「エクソソーム含有製品」を投与された複数の人で重篤な副作用が報告され、規制当局から注意喚起がなされた事もあるようです。いわゆる「自由診療」の結果でしょう。

Public Safety Notification on Exosome Products

www.fda.gov

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

思った以上に反響を頂いて驚いてます。たくさんの方の目に触れて、祖父も喜んでくれるんじゃないかと思います。祖父はこの油絵の他にも、幾つかの作品を「三軌会」という美術団体の公募に出していたようです(多分リンク先の団体です)。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

無事アメリカに到着しました。これから2年間シアトルに滞在して研究やります。息子の時差ボケに巻き込まれてしまい、現在朝4時にも関わらず寝れません。。。猫は早速仮住まいで寛いでいるようです。適応力が羨ましい。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

何故こんなことが起きるのかというと、一つの原因はエクソソーム/細胞外小胞を精製することの難しさです。多くの「エクソソーム製品」は細胞を培養する際の上澄液から抽出・精製されていると思いますが、完全に不純物を取り除くことはできず、むしろ多くの培地由来混入物が残ったままの状態でしょう

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

もう少し具体的な話をすると、エクソソーム/細胞外小胞が試験管や動物実験のレベルで何らかの疾患に対して有効であると示唆される結果が論文として多数発表されているものの、それらの多くはメカニズムがはっきりしていないもの、混入物の影響が否定できないもの、等です。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

例えば、幹細胞由来エクソソーム/細胞外小胞には「血管新生」を誘導する活性があるとされてきましたが、2020年の研究ではこの血管新生活性はエクソソーム/細胞外小胞とは無関係で混入しているVEGFなどの液性因子(タンパク質)によるものだという研究結果が発表されています。

Experimental artefacts can lead to misattribution of bioactivity from soluble mesenchymal stem cell...

It has been demonstrated that some commonly used Extracellular Vesicle (EV) isolation techniques can lead to substantial contamination with non-EV factors. Whilst it has been established that this ...

www.tandfonline.com

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

エクソソームや細胞外小胞を使用する臨床試験については、最近の総説論文(様々な学術論文の内容をまとめた論文)によると、エクソソーム/細胞外小胞を治療に使うヒト臨床試験は40件程がに登録されていて、有効性が認められたものはまだ無いようです。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

むしろ、mRNAワクチンがCOVID-19パンデミックで初めて日の目を見たように、「今は役に立つかどうか分からないけど将来大きなインパクトをもたらしうる研究」をアカデミアの研究者としてやらないといけないんだろうなと思います。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

これらの混入物に何らかの生物学的活性(例えば血管新生活性)があると、エクソソーム/細胞外小胞の効果であると誤認してしまうケースが多いのだと思います。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

むしろmRNAワクチンが実用化されてしまった今、技術に求められるハードルが上がって、同じ申請内容だとむしろ低評価になってしまうのだろうと思います。しかし2019年当時は、まさか自分がmRNAワクチンを、しかも2021年に打つことになるとは思ってもいませんでした。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

何が言いたいのかというと、来週締め切りの科研費申請書類を早く仕上げないとまずいという事です。現実逃避のツイートでした。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

5 months

さっきのポストとも関連ありだけど、哺乳動物細胞で安定発現株とか作るために遺伝子導入→薬剤選択してる人は、今すぐこの論文読んで系を変えた方が良い。ここ数年で一番感動した実験手法です。安定発現株とれる効率が(使う細胞にもよるけど)本当に数十倍上がります

Direct Readout of Neural Stem Cell Transgenesis with an Integration-Coupled Gene Expression Switch...

Stable genomic integration of exogenous transgenes is essential in neurodevelopmental and stem cell studies. Despite tools driving increasingly efficient genomic insertion with DNA vectors, transge...

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

アメリカに来てから9ヶ月、ずーーーっと狙った結果が出ず、四苦八苦していてなかなか辛かったんですが、突然身震いするような衝撃の結果が出てきました。報告したらボスも興奮してて、一気に視界が広がったような気分。これだから研究はやめられない🤤

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Masa Somiya

@MasaSomiya

5 months

これほんと？細胞培養に使う培地、基礎培地の90%はスポーツドリンクに置き換えても大丈夫らしいです。笑

The Thought Emporium 🌻

@EmporiumThought

5 months

Image 1: Cells grown in 100% sports drink with 10% FBS. Image 2: same, but 90:10 drink:DMEM. Most of the cell are unhappy, but some are very much alive in 100%. In 90%? Totally happy. Will do live/dead staining tomorrow so they'll have had a full 48 hours.

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

当時の自分の発想自体は悪くなかったんだろうと思う反面、世界の製薬企業がmRNAを治療薬やワクチンとして開発している現状では、個人の基礎研究者がコツコツやるような研究対象では無くなってしまったような気がします。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

所属している研究所から、拡散モデルを応用したタンパク質デザインの手法である”RF Diffusion”のコードが公開されたので紹介します。タンパク質を扱っている人は絶対に触ってみた方が良い、革命的なツールです。とりあえず使ってみるならめちゃくちゃ簡単です。

RFdiffusion now free and open source • Baker Lab

Today we are making RFdiffusion, our artificial intelligence (AI) program that can generate novel proteins with potential applications in medicine, vaccines, and advanced materials, free for both...

www.bakerlab.org

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

国民が直接、自国の基礎研究が生活に還元されることを実感する事は少ないと思います。けど例えば大学の基礎研究に学生が携わる事で、最新の知見を学んだ優秀な人材を自国で育てることが出来ますよね。それに新型コロナの件で明らかですけど自国に優秀な科学者がいる事は国民の健康に直接関わりますよね

つな𝕏ぽん🐟就活中

@tunatuna_01

4 years

国民にとって、基礎研究を研究者にやってもらうメリットってなんなんだろう。世界的にサイエンスが進めばそれはみんなの利益になるだろうけど、それが日本発である必要性ってある？どうせ論文で世界に公開されるのに？

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

タンパク質デザイン、分野外の方にはとっつきにくいと思いますし私も勉強中ですが、公開されているツールを使うと、例えば「天然タンパク質のバックボーンを持つけど異なるアミノ酸配列をもつタンパク質のデザイン」なら数分でできます(PyMolをインストールしたりする時間は別途かかります)

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

数字はタイポじゃありませんよ。論文一報をOAで発表する”だけで”100万円強です。多分この場合は研究者自身はOA費用を支払うのではなく、研究機関が負担するんでしょう。けど、Natureをはじめとした商業誌に投稿するの、馬鹿らしくなりませんか？論文作成も査読も、研究者は無償でやっているのに。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

もちろん、まだmRNAワクチンの技術にも改良の余地はあると思いますが、それは根本的な研究課題というよりかは、枝葉末節になってしまうような気もします。そしてそれは、心理探究を目指すアカデミアの研究者の仕事なのかなぁという気がしてしまいます。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

2016年からエクソソームをはじめとする細胞外小胞を研究してきたので分かりますが現状で「ヒトで何らかの効果を示すエビデンスは無い」です。今出回っている「エクソソーム製品」は安全性や品質を担保する基準のないまま使用されているものが大半でしょうから怪しい液を体に入れているのと同じです。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

20 days

DNA組換え実験やる時、ちょっと前までは「seamless cloningがあるんだから制限酵素で切り貼りするのは時代遅れ」と本気で思ってたんですが、Golden Gate cloning使い始めて思いっきり考えが変わりました。ちょっとコツがいるけど、めちゃくちゃ研究の効率が上がりました

Plasmids 101: Golden Gate Cloning

Golden gate cloning can be used to efficiently and inexpensively clone multiple inserts into a single vector. Learn the basics of golden gate here.

blog.addgene.org

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

このブログでも紹介されているRFdiffusion、しばらく使ってるけどヤバいですよ。先日30種類ほどRFdiffusionで設計したタンパク質を実験で試してみたら、半分くらいは設計通り機能のあるものが取れてきました。「自然界に存在しないアミノ酸配列」を生成して狙った機能も付与できるって凄くないですか

Masa Somiya

@MasaSomiya

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Masa Somiya

@MasaSomiya

11 months

Kariko博士を退職に追いやってしまったペンシルバニア大学が批判されてるけど、「予算が取れない、成果がなかなかコミュニティから認められない」研究者であった彼女の数十年後の成果を期待して引き留めておくだけの余裕が大学/アカデミアに残っているか？の話だと思うんですよね。

Penn Medicine

@PennMedicine

11 months

Congrats to #NobelPrize Laureates Dr. Katalin Karikó and Dr. Drew Weissman, awarded the 2023 @NobelPrize in Physiology or Medicine for their work which led to the development of the #mRNA COVID vaccines. @kkariko @WeissmanLab Learn more:

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

前も言ったけど、「エクソソーム入り」のものが食べたければとりあえず牛乳混ぜとけば間違い無いです(暴論)

Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

美容クリニックで使う「エクソソーム製品」は超高額みたいですが、そんなにエクソソームが好きなら市販の牛乳にもたっっくさん含まれているので飲めば良いですよ。リンクは牛乳内のエクソソーム/細胞外小胞を精製して調べた私の論文です。誰でもアクセスして読めますよ。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

ABEMAヒルズで取材に答えた内容が記事になっていました。「エクソソーム」を根拠なくでヒトに使ってしまうことに警鐘をならす報道は珍しいと思います。興味のある方はぜひ。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

僕なら大金もらってもやりません。こんなものを宣伝している医療従事者・芸��人・インフルエンサーの事は軽蔑してます。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

100万円って研究費としては少額ですけど、萌芽的なプロジェクトが一つは始められると思います。それが論文の出版だけで持っていかれると言うのはちょっと納得できない。末端の研究者は、100万円の民間助成金を一つ貰うだけでもヒーヒー言っているのに…

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 months

6/1付で大阪大学産業科学研究所の准教授に昇任しました。所属はこれまでと同じですが、機械学習ツールを使ったタンパク質設計を主軸に、細胞内薬物送達技術や合成生物学ツールの開発などをこれまで以上に進めていきたいと思っています。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

牛乳に含まれるエクソソーム/細胞外小胞に何らかの良い効果を期待するかどうかはまた別の問題ですからね🤪

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

元ツイートの真偽は分かりませんけど。今週開催されたエクソソームを含む細胞外小胞の専門家が集まる国際学会に参加してきましたが「エクソソームでヒトのがんが治る」なんて話は一つもありませんでした。お金の無駄だし効果も証明されていない上に安全性も未知なので絶対に手を出さない方が良いです

復活の日本

@pearlattack1207

1 year

都内某所医療機関関係者から最近SNS/インフルエンサーの間でも流行りの『上清液(エクソソーム』様々な再生医療クリニックや美容クリニックで治療が行われてるみたいだけど某クリニックでがん患者への上清液投与が行われたらしく、一ヶ月後患者が家で血を吐いて救急車で運ばれたらしい。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

COVID-19の影響で一年以上お預けになっていた留学の日程がようやく決まりそうです。来年2月から、アメリカ・ワシントン州のシアトルに2年間滞在する予定です。タンパク質のin silicoデザインを勉強してきます。お近くにお住まいの方がいれば、よろしくお願いします！

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Masa Somiya

@MasaSomiya

6 months

2年間のシアトル生活を終えて、日本に帰ってきました。家族みんなで無事に帰って来れて安心しています。アメリカでの仕事内容はこれからどんどん発表したいと思っているので、「タンパク質設計」「細胞内薬物送達」「膜融合」などのキーワードでお話しできる機会があれば是非お声がけ下さい！

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

アカデミア出版の新しい形。eLifeがプレプリントとして発表済みの原稿のみを査読する形態へと移行するそう。かつ、公開レビューの形式を取るみたいです。2021年7月より。

Michael Hoffman @michaelhoffman.bsky.social

@michaelhoffman

4 years

eLife buys big into a "publish, then review" model of publishing: "From July 2021 eLife will only review manuscripts already published as preprints, and will focus its editorial process on producing public reviews to be posted alongside the preprints."

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

元動画を探していたら、ひたすらトロトロエクソソームとか水素パウダー(2倍の時と3倍の時がある😂)を混ぜる動画を公開しているサロンが出てきて朝方4時にニッコリしてしまった

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

安川先生 @kosuke_yasukawa のYouTubeチャンネルに呼んでいただいてお話ししました。美容目的で使用されているエクソソーム製品の問題点を、基礎研究者の視点でなるべくわかりやすく解説しました。興味がある方はぜひ！

安川康介@米国内科専門医

@kosuke_yasukawa

10 months

美容目的で利用されているエクソソームについて、曽宮正晴先生（ @MasaSomiya ）に解説していただきました。効果は証明されておらず、品質・安全性も不明なので危険なことがあります。最近では死亡例もあり、再生医療抗加齢学会や日本再生医療学会は声明・提言を発表しています

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Masa Somiya

@MasaSomiya

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Got a bivalent booster today! yay

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Masa Somiya

@MasaSomiya

11 months

当時のペンシルバニア大学での彼女の待遇を数十年越しに批判するのは簡単ですけど、「予算が取れない、研究成果が出ていない(ように外から見える)研究者は昇進できない/首にした方が良い」と普段から言っている自分たちの行いを振り返るべきなのではないかと思います。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

こっそりと、最近話題のmRNAワクチンの副反応に関するレターを書きまして、数日前からVaccine誌に公開されています。こびナビの先生方との共著です！

峰　宗太郎

@minesoh

3 years

【こびナビ学術班活動 !?】👶 阪大の曾宮先生にお声がけいただき、こびナビ学術活動メンバー？、#新型コロナワクチンのアナフィラキシーに性差があるよね、というレターを書きました。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

私も10年以上PEI使ってますけど、遺伝子導入用として売られている高価なPEI MAXでなく、普通に試薬として売っているPEIで問題なく使えていますね。私が使っていたのはたしかSIGMAの分岐25kDaのやつで1瓶1万円もしなかったはず。この量あれば、普通のラボなら数十年分くらい使えます。

渡瀬ゆず💉

@kamo_kamos

1 year

PEI MAX（20万円）じゃなくて、普通のPEI（2千円）で293Tに遺伝子導入は可能なのか？結論は入りました。でもPEI MAXの方が効率が良かったです。条件を検討することにより改善でき可能性はあるかもしれません。条件知りたい人はDMかリプ欄で。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

mRNAワクチンに使われている脂質ナノ粒子(LNP)技術について、岡田先生 @eireonaok とお話ししました。LNPの開発の歴史や仕組みについて、サクッと理解できると思います。文字起こしチームの皆様ありがとうございます！

【公式】こびナビ（CoV-Navi）

@covnavi

3 years

少しマニアックなテーマですが、ワクチン内のmRNAが体内にどのようにして入っていくのか理解できます。脂質ナノ粒子とエンドサイトーシスについて解説しました（8月6日こびナビTwitter spacesまとめ）｜こびナビ（CoV-Navi） @eireonaok @MasaSomiya #note

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

遺伝子合成の価格、最近どんどん安くなってるなーと思ってたら、(恐らく)最安を発見しました。なんと1塩基7セント。長めのやつでも1塩基9セント、納期も2週間くらい。安すぎ…

人工遺伝子 | Twist Bioscience ツイストバイオサイエンス

人工遺伝子eCommerce ログインeCommerce 新規登録お問合せ・お見積りお知らせ圧倒的なコストパフォーマンス。eCommerce会員様は一塩基7セントから。最短2営業日からの出荷で迅速にお届けします。高品質。当社独自のDNA「書き込み」技術による低エラー率。Clonal Genesは全製品のイン

twistbioscience.yokohama

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

まあ従来のサブスクリプションモデルでも、研究機関は高い購読料を支払ってきたんでしょうから、出版社が研究者や研究機関からお金を巻き上げる状況は昔から変化してないと言えばそうかもしれませんね…

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

申請にかかる大学の事務負担を増やし、なおかつ支援額の3分の1を大学に負担させるの、大学からしたら理不尽じゃ無い？単純に学振DCを拡充するだけじゃダメなの？しかもインターンシップ参加が条件って本当に学生のためになるのか？なんだかなぁ…

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

それと猫のアメリカへの入国は拍子抜けするほど簡単でした。最終目的地の空港の荷物受け取りの場所に猫が入ったキャリアーが放置されていて、検疫も健康チェックもなし。日本からの出国準備(狂犬病ワクチン2回+抗体検査+諸々の書類準備)の方がよほど大変でした。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

あ、これって食用じゃなくて髪に塗る用なんですか？？ …動画のおかげで自分の知らない世界が広がりました。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

最高でしたー！ロケーションも良いしシェフTakaの科学に基づいた調理で食事も大満足でした。関係者各位はシアトルに遊びに来る機会があればアウトドアでおもてなししますので是非！

木下喬弘 / メディキューCEO / エピタップ代表

@mph_for_doctors

1 year

シアトルで曽宮先生とキャンプなう🔥

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

少し話題になっているこの論文、「同義コドンでも翻訳されるタンパク質の構造に変化が出る可能性がある」みたいな解釈がされているのを観測するけどそれは現時点ではまだ慎重になる必要があると思う。

Codon-specific Ramachandran plots show amino acid backbone conformation depends on identity of the...

Nature Communications - Genetic code redundancies are considered inconsequential to protein structure. This study uncovers a dependence between local amino acid conformation in folded proteins and...

www.nature.com

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

Protein Design the AI Way

www.science.org

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

それにしても日本語Twitterで「エクソソーム」で検索したときの汚染具合が酷い。ほとんど反ワクチン、疑似科学、美容クリニックの内容で目も当てられない。専門の学会が積極的に正確な情報を発信した方が良いのではと思う。

Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

元ツイートの真偽は分かりませんけど。今週開催されたエクソソームを含む細胞外小胞の専門家が集まる国際学会に参加してきましたが「エクソソームでヒトのがんが治る」なんて話は一つもありませんでした。お金の無駄だし効果も証明されていない上に安全性も未知なので絶対に手を出さない方が良いです

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

財布ありました！！！！！！誰かが拾ってドライバーに預けてくれていました！！！！感謝！！！！！！！！！アメリカ良い国だ！！！！！！！！！！

Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

今朝��スに財布を忘れてしまったらしく朝から最悪の気分…日本だと誰かが拾ってくれて手元に返ってくる確率高いと思うけど、ここでちゃんと手元に返ってくるかな…

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

諸事情で現所属ラボで設計してきたタンパク質のリストを作ってるんですが、機能が確認できたものが100個以上ありました(ほとんど今年に入ってから作った)。天然に存在しない新しいタンパク質を作るの、めちゃくちゃ楽しいです。最近ボスとも話してるけど論文にするの大変だなぁ。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

一方日本の大学院生は、高待遇と言われる学振DCでも月20万円で馬車馬のように働くのでした… 論文一つ出すだけで大学院生の生活費、半年分だよ…

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

あと「基礎研究軽視」の意見を見ていつも思い出すのは、クラゲの蛍光タンパク質の例。下村先生は純粋な好奇心でクラゲが光る仕組みを解き明かしたんだと思うけど、発見された蛍光タンパク質や類縁体はその後、生物医学研究に必須のツールになって、様々な治療薬開発や多様な研究で利用されている。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

えぇーこれは知らなかった！玉ねぎを調理前に10〜15分間冷凍庫に入れておくと、切ったときに涙が出なくなる。催涙成分を作るアリイナーゼという酵素を、低温で働かせなくするため。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

完璧な図解です👍

れおにい 🤷🏻 一介の小児科医 in 🇺🇸

@eireonaok

3 years

本日のこびスペマニアックフライデー補足イラスト。脂質ナノ粒子構成成分とmRNAとを細い管の中を流しながら絶妙な速度・比率で混ぜると自然にこうなるらしい。マジすか。髪の毛もじゃもじゃPEG少なめですみません。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

50年前の今日、アメリカで一人の女性が、がんによって亡くなりました。彼女を殺したがん細胞(HeLa細胞)は単離培養され50年を経て、世界中の研究室でワクチンやがんなど幅広い分野の基礎研究で使われています。しかし彼女の細胞が研究で使われている事は約20年間も親族にも知らされていませんでした

Rasko/Power

@FleshMadeNew

3 years

Henrietta Lacks died 4 October 1951. The cancer that killed her went on to become the darling of cell science. It continues to live in labs around the world #HeLa #FleshMadeNew

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Masa Somiya

@MasaSomiya

5 months

これはよくある。puromycinとかで薬剤選択すると、コンフルエントになってる細胞だと全然効かないのに、継代してちょっと薄めに撒くと途端に効き始める。多分、薄めに撒いて細胞が増え始めるときに、増殖に必要なタンパク質の翻訳がpuroでブロックされて死に始めるんだと思ってます。

ぽす毒☠️

@vetpostdoc

5 months

細胞を6-wellから別の6-wellプレートに継代したら全滅した… これ何度か経験あるんだけど、何が原因なのかね。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

日本出国→アメリカ入国は家族連れということもあり荷物も多くて色々と大変でした。スーツケース6個、段ボール3箱、猫のキャリア、ベビーカーと2歳児を、大人二人で運んで無事に到着できただけで達成感がすごい。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

1 year

ちなみにこの学会です。専門家の間でも「まだヒトに使うのは早いのではないか」という議論がされている段階なので、美容目的/治療目的に関わらず怪しいクリニックに頼って使おうとするのは危険です。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

I'm glad to share my work uploaded on bioRxiv, describing a novel luminescence assay to assess cargo delivery efficiency/mechanism of extracellular vesicles. The video shows the "live-cell luminescence imaging" of cargo delivery by EVs (EVs are modified with fusion protein).

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

こういう情報って需要あるんですかね。僕は発現ベクターの構築や変異導入は基本的にGibson Assemblyでやってます。インサート/ベクターをKOD Oneで増やしたら、電気泳動と同時にDpnI処理で鋳型分解、バンドを確認しつつNEB HiFiでアセンブリ反応、トランスフォーメーション、って感じですね

Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

KOD oneが意外と評判悪くてびっくり。こちらのラボに来てQ5使うようになってからクローニング用のPCRでうまくいかない事が多発したので、わざわざKOD One取り寄せてからは全く問題無くなりました。産物をクローニングに使うならサイクル数を20くらいに抑えておくと増幅エラーの確率も下がると思います

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

ちなみにアメリカ入国に必要なCOVID-19の検査陰性証明は、搭乗前日の簡易抗原検査で全く問題なしでした。某グループの定性抗原検査で一人1600円と格安でした。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 months

アメリカのラボにいた時のボスと定期的にミーティングしてるんですが、新しいデータを見せるといつもエキサイトしてベタ褒めしてくれるので、ミーティングが毎回楽しみ。こういうメンタリティを自分も持ちたいです。良いロールモデルが身近にいるっていうのは本当に幸運。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

日本にも2万人近い患者がいる難病である多発性硬化症MSの発症にエプスタインバールウイルスEBVの感染が強く関連しているというScienceの論文。米軍従事者の20年に渡る約1000万人分の医療記録の疫学調査から、EBV感染がMSの発症リスクを32倍上昇させるという結論。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

8 months

たった3ページの内容なんですが読まない方向けにめちゃくちゃ要約すると、「現状の”エクソソーム製品・培養上清液”は有効性に科学的根拠もなく安全性も十分に検証されていない」「今後臨床現場で使われるとしても医薬品としての規制のもとで使用されるべきもの」

Masa Somiya

@MasaSomiya

8 months

エクソソームや細胞外小胞の効能を謳った医療行為に対する注意喚起や、研究分野の現状と将来展望をまとめた見解が、日本細胞外小胞学会JSEVから出ています。全く提言の通りですし、学会の見解を公式に出してくださったのは大変ありがたいと一会員として思います。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

KOD oneが意外と評判悪くてびっくり。こちらのラボに来てQ5使うようになってからクローニング用のPCRでうまくい��ない事が多発したので、わざわざKOD One取り寄せてからは全く問題無くなりました。産物をクローニングに使うならサイクル数を20くらいに抑えておくと増幅エラーの確率も下がると思います

torusengoku💙💛

@torusengoku

2 years

KOD ONEはやっぱり正確性が少し落ちるかな、と思うようになってきた。みなさんはどうですか

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Masa Somiya

@MasaSomiya

6 months

実際に病気になって病院に行くようになってからじゃないと分からないと思うんですが、日本の医療システムに慣れている感覚からしたらまじで耐えられない、クソシステムです。「アメリカの保険システムはそこまで悪くない」と言える人は、健康でかつラッキーな人達なんですよ。

Manchun Milky Naomi Tåkãnø🏊

@honten

6 months

アメリカの保険システムはそこまで悪く無いとか少しでも思っている人はコレを見て考え直して欲しい。兎に角アメリカの保険システムはクソ。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

7 months

今日でシアトルに来てからちょうど2年。全く知らない分野の研究を始めて、四苦八苦しながらもとても面白い研究ができて幸運でした。帰国したら色々な学会に顔を出してこちらでの成果を発表したいと思います。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

こんなんあります。アブストラクトをペーストしたら、投稿雑誌の候補を表示してくれます。レビュアーを探したりするのにも便利。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

それと「基礎研究は儲かる」の別の例。ノーベル賞受賞者のRichard Axelがとった特許は様々な製薬企業にライセンスされ、所属しているコロンビア大学に"年間1億ドル”の特許収入をもたらした例がある。基礎研究は時として、莫大な利益や波及効果を生み出す可能性があります

リチャード・アクセル - Wikipedia

ja.wikipedia.org

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

秋からラボに加わってくれた��学院生の協力のお陰です。ローテーションが終わった後もこのプロジェクトに加わってくれそうで有難い。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

私が研究をしているInstitute for Protein Designが学部生を対象にした夏季インターンシップの募集を開始しています。9週間の参加で計6000米ドルくらいもらえるプログラムです。海外の学生も対象なので日本の学部生も応募可能です。夏のシアトルは最高ですよ。

Join us - Institute for Protein Design

Join Us Training We train energetic, creative, and diverse researchers from around the world at all career stages. Located at the University of Washington in Seattle, our Member Labs are led by...

www.ipd.uw.edu

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

配列設計にはProtein MPNNという手法を使います。元になっているプレプリントはこれ。高速に、かつ発現しやすいアミノ酸配列が設計できるという事で実用的にもかなり有用な手法です。

Robust deep learning based protein sequence design using ProteinMPNN

While deep learning has revolutionized protein structure prediction, almost all experimentally characterized de novo protein designs have been generated using physically based approaches such as...

www.biorxiv.org

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

先日のプレプリント、ジャーナルにアクセプトされました☺️☺️☺️

Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

bioRxivにプレプリントを公開しました。ほぼリアルタイムで、細胞外小胞がレシピエント細胞に中身を放出する瞬間を捉えることができるアッセイ系を開発しました。動画の明るいドットは、細胞外小胞の中身が細胞質に放出されている瞬間を発光イメージングで可視化したものです。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

Day Out With Thomasというイベントでトーマスに乗ってきましたー。実物大のトーマスに息子はビビりまくってました。トップハム・ハット卿もいて一緒に写真撮ったんですが、クオリティはあまり高くなかったです。笑

Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

実物大のトーマスに乗車できるイベントのチケットの販売が開始されていました。ワシントン州には7月に来る予定。息子がトーマス大好きなので連れて行きます！

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

De novoタンパク質設計を専門にする研究所に来て2ヶ月経って、なんとなく現状が掴��てきました。とても魅力的な分野であるのは間違いないのですが、同時に現在の技術や方法論で出来ることとできない事もなんとなく分かるようになりました。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

引っ越しに際して持っていた本をほぼ処分したんですが、捨てる前に持っていた本をリスト化したいなー(けど面倒だな)と思っていたら「ブクログ」がめちゃくちゃ役に立ちました。本の裏表紙のバーコードを読むだけで本の情報が読み込めてあっという間に200冊弱のリストができあがりました。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

3 years

シアトルに引っ越して数日で気付いたこと。��本(大阪)と比べると 1. なんでも高い(肉とか果物は比較的安い) 2. リステリンの味が違う(日本の方が甘くて美味しい気がする) 3. スーパーの冷食コーナーはめちゃくちゃ充実してて助かる個人の感想なので一般化しないでくださいね(リステリンはガチです)

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Masa Somiya

@MasaSomiya

4 years

さっきのツイートに関連して、鳥居先生のツイートを思い出しました。米国の例ですけど、基礎研究への政府投資は単純に儲かるんですよね。まぁNIHの助成は基本的に生物医学研究だし応用よりの研究が対象で、さらに米国のようなエコシステムが出来上がっている場合限定ですけど。日本の数値が知りたい

Prof. Keiko Torii

@KeikoUTorii

7 years

大学での研究トレーニングは、データの読み方や論理的思考の訓練となる。全ての人々に備わるべき力。政府だって国民が賢く論理的な方がいいに決まっている。さらに、基礎研究に投資した公的資金は、より大きな経済効果を起こす。米国ではNIHによる$1の投資が$2.15の産業利益を生むとの試算。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

10 months

MDPIの雑誌に限らず「論文を採択して掲載料を取る」事が商業出版社にとっての強力なインセンティブになるので、論文のクオリティに関わらず、かつ外部査読者のコメントを無視して採択しまくれば出版社が儲かるという単純な構図に、研究者が無償でのっかっている構図は問題だと思います。

はじめまして平岡です

@HiraokaYasushi

10 months

MDPIというだけで全て拒否するのは科学的なのか？論文の役割は何か。MDPI論文を査読して感じるのは、誠実に書かれているということ。データに忠実な節度ある表現と節度ある査読が大切ではないか。トップジャーナルにありがちな派手な虚飾、虚飾を誘発する査読のほうが有害ではないか。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

8 months

エクソソームや細胞外小胞の効能を謳った医療行為に対する注意喚起や、研究分野の現状と将来展望をまとめた見解が、日本細胞外小胞学会JSEVから出ています。全く提言の通りですし、学会の見解を公式に出してくださったのは大変ありがたいと一会員として思います。

Kiyotaka Shiba

@KiyotakaShiba

8 months

"Position of the JSEV on Therapeutic Applications of EVs" at

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

エクソソームを含む細胞外小胞を真面目に研究している現役の研究者として申し上げると、「コロナ・ワクチン後遺症に対して有効性が最も高い幹細胞培養液エクソソーム」というのは完全な嘘ですね。エクソソームが何らかの疾患に対してヒトで有効だというエビデンスは１つもないはずです。

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Masa Somiya

@MasaSomiya

2 years

そうそう、元ツイートのリンク先のCDCの記事は2019年作成のものですが内容は今でも通じます。巷には「エクソソーム含有製品」が出回っているようですが何らかの効果や安全性が認められたものではありません。

ドクターK＠眼科医パパ

@doctorK1991

2 years

ちなみに、FDAに認められたエクソソーム点滴はありません。もう一度言います。 There are no FDA-approved exosome products.

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