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Shinya Fushinobu

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Structural Enzymology at UTokyo 🇯🇵

Tokyo, Japan
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Shinya Fushinobu
4 years
去年、自分で作ったこの帽子をかぶってサンディエゴ の球場に行った僕。 ビール売ってる兄ちゃんに「you are kidding!」と思いきり笑われた。
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Shinya Fushinobu
4 years
「研究者ならノーベル賞くらい取ったらどうだ」の声に驚いて振り向くと、
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Shinya Fushinobu
2 years
12年前に、日本人の腸内細菌は海藻を分解できる遺伝子を持っている、というニュースが話題になりましたが、この研究はずっと続けられていて、今月、さらに詳細な続報が出ています。 #glycotime #cazymes Cell Host & Microbes誌
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Shinya Fushinobu
2 years
駒場に来たらここの写真撮りたくなるんだよね。いつまであるのか(笑)
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Shinya Fushinobu
4 years
同僚の五十嵐圭日子さんがFacebookで公開した記事がヤベェくらいいいこと言ってるので研究者の皆さんはぜひ読んで欲しい。 塩水に浸かった紙の研究。そりゃー地味だよねー。でも誰かがやらないと文化財を守れなくなる日もくるんだよね。
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Shinya Fushinobu
3 years
酔って上機嫌になると面白い昔話をしてくれる先生はよくいたけど、何度か聞くと「あ、このネタ前にも聞いたな」となる。 とある先生が千鳥足で帰られた後にそこの准教授が「○先生のネタは12種類あって3つが頻出だけど今夜は珍しいのが聞けた」って言ってた。少し前に亡くなった有機化学の先生の話。
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Shinya Fushinobu
2 years
学生諸君よ。落ちているのはUTokyo Wi-Fiではない。本郷キャンパスの有線ネットワークそのものだ。
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Shinya Fushinobu
2 years
ヒトと動物腸内細菌のカルチャーコレクションを広く調べてて、やっぱり海苔のポルフィラン資化能を持つのはかなりレアみたい。アガロース資化菌も少ないけどそこそこいる。カラギーナン(CGN)資化菌は多いらしい。CGNを含む紅藻は欧州や中国で紀元前200年頃から食べられてるって。へー。
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Shinya Fushinobu
2 years
アミノ酸のL-体とD-体の異性化を触媒する酵素(ラセマーゼ)の研究で有名な京都大学の先生の名字が「左右田」だったことの面白さに今まで気づいていなかった。不覚。
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Shinya Fushinobu
2 years
アミノ酸���連酵素(アミノ酸ラセマーゼ等)の泰斗、左右田健次先生の「生化学」誌94巻3号(2022)での巻頭言(アトモスフィア) 断想:ホモキラリティーの破れ
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Shinya Fushinobu
2 years
メタゲノム配列の海藻の多糖分解遺伝子クラスター(PUL)の世界的分布(Fig. 7)が面白い。PORのPULは西洋に比べてアジア(特に日本)で圧倒的に多い。そんなに俺らって海苔好きなのかなぁ? まぁ、食卓にいつも味付け海苔を置いてて、時々パリパリ食ってますけど。。
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Shinya Fushinobu
3 years
「幸せが壊れるときにはいつも血の匂いがする」 東原研(生物化学研究室)の新しい研究成果。 東大の農学部の生命化学・工学専修(応用生命化学専攻)ではこのような研究をしています。
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Shinya Fushinobu
3 years
何かを調べる時にまずググる、という時代において、学会や分野のプレゼンスを示すには、学会誌をwebで無償公開することがとても大切だと思うんだけど、そうは思わない人もまだ多いのかな。特に、和文誌は、専門家が日本語で解説してる資料が貴重なので、特に重要かと思うのだ。
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Shinya Fushinobu
3 years
...6年間解けなかったアシメ12分子(超?)の結晶構造がMOLREPであっさり解けました。。すごすぎ。
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4 years
生物工学会の『生物工学基礎講座-バイオよもやま話-』が無料で公開されてます。読むべし、読むべし、読むべし!
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3 years
【朗報】学生年会費 無料 日本生化学会
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3 years
日本語で科学を語れることのありがたさを、多くの日本人は実感してないのかも。
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Shinya Fushinobu
3 years
αFold2で予測した構造をもらったので、明日、位相が解けてない回折データのMR templateとして試してみる。今は、むしろ位相解けてからが本番なんだけど、これがすんなり行くようだったら大分楽になる。
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Shinya Fushinobu
3 years
高エネ研にいた犬は高エネ犬と呼ばれていた🐕
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Shinya Fushinobu
5 years
みんないろんなこと言っているけどなぜこの人の名前が出てこないんだろう。僕はこの人がセンター試験を廃止しようと言ったからこうなってるんだと思ってるけど違うのかな?
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Shinya Fushinobu
4 years
欧州の学会でポスター発表したら超有名な英国の教授が基質結合部位の図をひと目見て「この阻害剤効くんじゃない?」と言ってくれたので、帰国して実験したらそのとおりだったので謝辞に入れた例。
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5 years
論文のタイトルと要旨を書くコツ! JBCのtech editorのMartin Spiering @Spieringmj さんのノウハウが詰まっています! (本人に許可を得て翻訳したものです) よろしければASBMBに入会してJBCに良い論文を投稿してください!
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Shinya Fushinobu
3 years
DeepL翻訳が元の英文にない「(笑)」を入れてきた実例を確認した(笑)
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Shinya Fushinobu
4 years
どんだけ「デキる」若手でも、その組織に移ってからちゃんと論文として成果が出るようになるまでは5年ぐらいはかかるってことは強調したい。若手の任期を設定する上でとても重要。 妥協しない成果を出そうと思ったら、そりゃ、そのくらいの時間はかかるよ。
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Shinya Fushinobu
3 years
博士に行こうかどうか迷っていた時に父に相談したら 「進矢、サラリーマンいうのはあんまりええもんじゃないぞ」と言ってくれたおかげで踏ん切りがついた。今の僕があるのは父のおかげ。心の底から感謝している。
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Shinya Fushinobu
4 years
教員をすぐにフォローバックする、今どきのタフな東大生たち。こうでなくちゃ。
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Shinya Fushinobu
7 months
最終講義のタイトルに「魅せられて」が多い問題
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Shinya Fushinobu
2 years
追悼:大村恒雄 生化学界はパイオニアの一人を失った。 大村はシトクロムP450を発見し、この研究を記述した1964年のJBCの論文は、少なくとも12,700回引用されている。大村は米国生化学・分子生物学会の名誉会員であった。 In memoriam: Tsuneo Omura ASBMB Today
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Shinya Fushinobu
10 months
うちの研究科も、ネーミングライツを導入。農学部2号館の化学第3講義室(通称化3)がYamasa Lecture Roomに。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
読売新聞夕刊に取り上げていただきました。ありがとうございました。 ※精製したのは、正確には、私たちの研究室の佐藤優太君です。
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Shinya Fushinobu
4 years
『人が「最先端」の科学に溺れていることを強く感じました。』 という言葉を最先端の研究「も」やってる五十嵐くんが言うのがメッチャカッコいい。くー。嫉妬だわ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
研究者は気楽な稼業だぜ。ええ、とっても幸せですよ!あなたも研究者になればいい! ビートたけしが素人に「芸人はしゃべってるだけで金がもらえるから楽でいいな」って言われた時、「楽だよ、お前もやれよ」って答えたエピソードほどに意地悪じゃないよ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
AlphaFold2祭りで、みんな、位相決めそこねてるデータセットを結構抱えてることが明るみに出てきた。。そらそうだわな。タンパク質のX線結晶構造解析、そんなに簡単じゃないよ。僕らが発表してるのはうまくいってる例だけ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
衣類の生乾きの臭いの鍵成分はMoraxella osloensisが発する4-メチル-3-へキセン酸。 浴室のピンク色の汚れはMethylobacterium 属細菌が優占種のバイオフィルム。 これらの微生物の制御技術開発の話 #農芸化学
@jsbba_katosei
日本農芸化学会「化学と生物」オンライン
3 years
化学と生物 Vol.59 (2021) No.8 [解説 日用品・食品の開発につながる微生物制御の基礎研究] を公開しました。(会員限定)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 months
人類がタンパク質の立体構造を知る前は「美しい」対称性を持つと考える人達が多かった。代表的なのが「シクロール仮説」(1枚目の図) で、実際にケンドルーがミオグロビンの立体構造を発表した時のモデルが2枚目の図。 当時の人々の落胆は想像できる。 図はWikipediaとScience Musium Londonより
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
東京大学基金からの年賀状がきた
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
このツイートから30分以内に講演依頼が来たので驚いた人。
@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
父さんな、「AlphaFold2の予測精度に驚いた人」の講演で食っていこうと思うんだ
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
エクセルのマクロで酵素の動力学定数を自動計算できるスプレッドシートがJ. Appl. Glycosci. @applglycosci 誌で公開されました。 ・普通のミカエリス・メンテン型 (Km, Vmax) ・基質阻害(不競合型) ・シグモイド型(ホモトロピックなアロステリック,n固定と変動) (続)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
ストライヤー基礎生化学 第4版の売れ行きが結構良いらしい。 個人的には、ヴォート基礎生化学よりも、読み物としては断然面白いので、オススメです。 買ってくれると、僕も、少し嬉しいです。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
デキるやつは、どんなに忙しくても単に「忙しい」なんて言わない。 「完全に飽和してる」ってメールに書いてて、シビレたぜ。好きだわー。そういうの。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
農芸化学界隈の人なら、なぜヤマサがシュードウリジン作ってるか分かる。関東支部参与会で何度かお話ししたことがある。 5’-イノシン酸と5'-グアニル酸のうま味の発見 國中 明 ヤマサ醤油(株)研究開発本部 化学と生物 47(4), 283-285, 2009
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
LC-MSのメタボローム解析で、イタリアの赤ワインの産地を同定できたそうです。
@DrRubidium
Raychelle Burks
4 years
"Oh, so you thought we wouldn't be able to distinguish single-cultivar, single-vintage Italian red wines from each other? WRONG. We did it and we mapped it. Stay mad." (what I imagine Arapitsas et al said when submitting to @JAgFoodChem )
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
@HattoriM あー。カナダから来た教授をもてなそうと、大学の構内にある店で売ってたメチャクチャ高い和菓子(きんつば)を出したら、微妙な表情をしてたのが忘れられません。 和菓子の良さが世界に伝わるのはまだまだ先になりそうですね。 ていうか、中国で獺祭、人気なんですか?
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
第一段階で我らが生命化学・工学専修に志望を提出してくれた駒場の東大生のみなさん、ありがとう、愛してるぜ!
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
科研費の結果をTwitterに書くやつは素人。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
日本RNA学会 - mRNAワクチンと基礎研究 投稿者 泊 幸秀(東京大学 定量生命科学研究所)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
父さんな、「AlphaFold2の予測精度に驚いた人」の講演で食っていこうと思うんだ
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
N末端SKIK-tagってかなり効くみたいです 「N 末端 SKIK ペプチドタグは大腸菌および酵母における 難発現タンパク質の発現量を増大する」 加藤晃代・永井里美・中野秀雄 生物工学 97 (2), 2019
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
査読なしで論文がバカスカ出るようになると、ひどいのだらけになると思うよ。。もうなってる、という人もいるかもだけど。 親切な査読者に教えられて育てられたという経験もあるので、ピアレビュー(匿名の査読)=時代遅れのネガティブコントロール、とバッサリ切る気にはなれないな。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
研究の興味、モチベーションは人によって違ってて当然だし、そうじゃないと思うならば、学者として偏ってて不健康だよね。気軽に「ニッチだ」「終わった分野だ」って言うのはおそらく自分の研究が人々の興味のど真ん中にいると信じているわけで、すげーとは思うけど、あまりにsimple mindedだと思う。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
6 years
これは痛恨だ。。 一応フォローしておくと、内容はとてもしっかりしたものです。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
ストライヤー基礎生化学 第4版 前の日本語訳は11年前の第1版だったから一気にver.が3つもアップグレード。今回は私も翻訳に関わらせていただいたので、フライングでゲット。フォロワーの皆さんも、購入していただけると個人的にちょっとだけ嬉しいなぁ(笑)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
東大の保険センターのサイトで運良くワクチン接種予約が取れた人、必ず、予約番号とパスコードが表示されたページを閉じる前に印刷するかスクショ取るようにしてください! メモでの提示は不可、予約完了後にメールの返信はないそうです。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
OA publishingに120万円払う金があったら、それでもっと実験していいデータ出すべきだよね。Nature 姉妹誌のネームバリューに金を払うのは、ブランドのバッグを持って見せびらかすのとどこが違うのか?
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
若い頃からの人生三大目標として ・Natureに論文を載せる ・タモリ倶楽部に出演する ・探偵ナイトスクープに出演する というのがあったが、コンプリートは難しくなった。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
圧巻の大特集。 生命科学やってる人なら、きっと自分に関連する記事が見つかるはず。 Computation Resources for Molecular Biology Edited by Rita Casadio, David H, Mathews, Michael J.E. Sternberg JMB 434 (11), June 2022
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
精製されてれば280 nmが良いけど、感度はBCAがいちばん。Bradfordはタンパク質による染まり具合の差が大きい。 しかし、280 nm吸光のタンパク質定量を学生さんが「ナノドロップ」って言うのはなんとかならんのか。
@onoda_hiroki
Hiroki Onoda
2 years
サンプルの特性によるという結論ではありますが、皆さんが一番信頼しているタンパク質濃度の定量方法を教えて頂けると助かります。個人的な市場調査です。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 months
100を超える日本酒が集まってます!これが #農芸化学 の底力! #jsbba2024
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
1 year
「ヴォート生化学」の執筆者として有名なドナルド・ヴォート先生の追悼記事。共同執筆者の奥様(ジュディス・ヴォート)についても書かれている。 写真の背景の本棚に、東京化学同人の日本語版も写っていますね。 In memoriam: Donald Voet
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
修論審査会で思わず「..という胸熱な表現が..」と口走ってしまった。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
みんな、口には出さないだけで、神社で手を合わせる時は必ず、研究費採択されて欲しい、って祈ってると思うよ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
1 year
日本応用糖質科学会の学会賞をいただきました。お世話になった皆様に深く感謝いたします。頂いた額には、澱粉の偏光顕微鏡写真が七宝焼でデザインされています。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
フォロワー1200人程度でイキっているわけではなく、うちの専修には、僕の4倍のフォロワー数を誇る「真のαツイッタラー」がいますから。。
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Shinya Fushinobu
4 months
深海微生物のゲノム情報から未知の糖分解酵素グループを多数発見 ―新規酵素探索における深海微生物資源の有用性を実証― JAMSTECプレスリリース 2024.05.10
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
アクセプトきたぁ。。ありがとうございます。
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Shinya Fushinobu
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HAPPY
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
生体分子構造解析学特論:資料 故・渡邉信久教授(名古屋大学シンクロトロン光研究センター)の残された講義資料です。珠玉。 タンパク質(生体高分子)の結晶構造解析を志す学生さんは目を通してみてはいかがでしょうか。これから授業をする先生も。。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
Twitterで「コーヒー1杯くらいの報酬でも貰えれば査読頑張れる」って書いてるの時々見るけど(僕もそう)最近導入されつつあるのが査読者の名前が公表されると言うもの。そんなん要らないよ! 著者が払うAPC(出版費用)の1/1000程度でいいから欲しいって言ってるのにいっこうに考慮されないのは悲しみ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
森脇君(akaラボォさん)がうちの専攻唯一のバイオインフォのラボの助教になってもうすぐ4年。俺たち内部の人間は彼が努力してるのは知ってたけど(ただのTwitter芸人じゃないよ)、それが世に出るまでには結構なタイムラグがある。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
「AlphaFold時代にこそ重要性を増す」 という枕詞の汎用性の高さ
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
船底に付着する生物を防ぐ防汚剤として、フジツボのオクトパミンレセプターを活性化する化合物(Medetomidine)が上市されました。 この分野において、天然物の探索研究は生分解性や低毒性という観点からも重要視されて活発なのだそうです。
@jsbba_katosei
日本農芸化学会「化学と生物」オンライン
4 years
化学と生物 Vol.59 (2021) No.1 [解説 海洋生物の付着防止技術研究の展開] を公開しました。(会員限定)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
一つ言っておくならば、理学部・生物化学科で、ゲノム編集(CRISPR-Casの構造生物学)で現時点で一番勢いのある成果を出している先生(准教授なりたて)は、農学部の生命化学・工学専修(農2)の出身です。 進学選択は点数や噂に振り回されずに、自分が本当に勉強したい分野を「直観で」選びましょう
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
2 years
共著論文、公開になりました。 ビフィズス菌の酵素から、結晶構造を手がかりに、新しい糖鎖結合ドメインを発見しました。 Katoh, T., Yamada, C. et al. A bacterial sulfoglycosidase highlights mucin O-glycan breakdown in the gut ecosystem. Nat Chem Biol (2023)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
6 years
??「研究内容教えて」 ボク「酵素の研究してます」 ??「酵素ドリンクってダイエットにいいらしいですよね」 ボク「」
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
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うちの4年生が描いた澱粉 #五月祭2023
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
構内に埋設されている老朽化した水道管からの漏水が三四郎池の水源になっている、という調査結果があるらしいのですが、本当なのでしょうか!? しかしいい写真ですねぇ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
すごいな。この壮大な学生さん達との対話の記録は今もまだ続いていて、サーガのようになっている。面白い。 こういう先生いいよね 🙂
@MasatoNakamura
マサトせんせー🗽🇺🇸Masato R. Nakamura
4 years
今日流体力学の講義で学生が小テストの内容に文句を言ってきたので工学的な説明をしてからこう諭した『もし君が将来機械工学の技術者として就活してテスラやスペースX、NASAの面接を受けてこんな回答をしたら、君は不合格どころか笑われる。君には凄い技術者になってもらいたいんだ』 本当なんだよ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 months
ラボォさんの後任を募集中。連絡先はワシ。
@Ag_smith
Yoshitaka Moriwaki
4 months
東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 生物情報工学研究室の助教のポスト公募です。7月1日必着です。 大学公式: JREC-IN:
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
東大の文学部の現役の教授に「寺田寅彦」先生がいらっしゃる、という事実はどれくらい有名な話なのだろうか? ご専門は比較文学・比較文化(19世紀後半におけるフランス文学と美術の関係、特に自然主義運動)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
大腸菌のgeneticsは先達の膨大な知見が積み重なっている。 Escherichia coli and Salmonella : cellular and molecular biologyという本にぎっしり情報が詰まっていたはず。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
5 years
え、北大のど真ん中走るの!?
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
ちゃんと論文だして、できればその分野の国際学会に出席して、直接話して交流していれば、いつかいいこと(海外からの共同研究のオファー)がくる。今回HypBA1で実感した。 国際学会に行っても同国人で固まって通じない言語(日本語)で話しているのは海外の人から見たら少し気味が悪いと思うんだよね
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
6 months
この写真使っちゃダメってことですね(笑)
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@NobuKoba1988
高等夢眠
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ワシに言えるのはPIがラーメン屋みたいなポーズでデカデカとラボHPのトップに映ってたり理想のラボに関するポエムが書いてある所は避けろという事だけじゃ
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 months
Fushinobu, S. Taking a walk to find new mucinases. Nat Catal 7, 345–346 (2024).
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
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PI「分かりました。それでは、マリオブラザーズの対戦で著者順を決めましょう」 若者「スーパーですらないの? オッサン、勝つ気満々だな。。」
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
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1988年から続けられている有名な大腸菌の長期進化実験が、次の管理者へとバトンタッチを。 Legendary bacterial evolution experiment enters new era
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
1 year
こないだの台湾の学会でオフィシャルが撮ったアルバムの中に自分が質問してるところの写真があった。さすがに上手い人が取るといい感じ。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
3 years
若い人には、学会に参加したら必ず企業展示会にも顔を出すように、ということは強調しておきたい。 なぜかって? まぁ察してくださいな。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
学会の統合の話をすると、必ず、文化が違う、とか出自が違う、みたいな話になって、それは僕もよく分かるんだけど、似たような学会が多すぎるし、そろそろ運営にも駆り出される僕たち団塊ジュニアにとっては統合して欲しいと思ってる人は多いハズ。下の世代にとってはもっと深刻な問題だと思う。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
6 years
3年ほど前に書いたアホっぽい文章がwebで公開されてた。まさに黒歴史。
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
4 years
コロナ下、上海はどう日常に近い状態に戻り、日本はどのくらい続きそうなのか|Macky. J #note
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
10 months
まだ公式の情報や報道が出てないようですが、お知らせします。 別府輝彦先生が11月10日に行年89歳にてご逝去されました。まさに微生物学の泰斗。最近までその眼力と智力は衰えませんでした。学生時代に東大で微生物学の講義を受けて、3月の文化勲章の受賞特別講演も拝聴できたのは有り難いことでした。
@sugargroove
Shinya Fushinobu
1 year
微生物とは 「微生物という生き方」 のことだ (別府輝彦, 2023)
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@sugargroove
Shinya Fushinobu
1 year
HAPPY
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