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@torusengoku

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Protein crystallographer at Yokohama City Univ. Interested in structure-function relationship of proteins that regulate eukaryotic gene expression.

bluesky: torusengoku
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6 months
Our new paper is out! We report the human Bre1 complex (aka RNF20-RNF40) structure bound to the nucleosome, providing insights into its H2BK120-specific monoubiquitination, regulation, and possible paralog-specific function. Congrats @thiamine_0024 !
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7 years
薬学会の企業ブース
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5 years
多くの生物学者は、高度に抽象化されたこの図を理解できる。
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3 years
英文校閲に出したら "The University of Tokyo" の "The" を削られた
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3 years
Togetterにした 論文の読み方について - Togetter .
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4 years
COVID-19へのアビガンの効果を示した論文が取り下げ。おいふざけんな、取り下げの理由書けよ著者と編集部
@georgebest1969
岩田健太郎 K Iwata
4 years
おっと。何が起きた。 WITHDRAWN: Experimental Treatment with Favipiravir for COVID-19: An Op...
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3 years
論文の読み方についての有益なつぶやきをまとめようとしています。有益情報をお持ちの方、また有益なつぶやきを見た方、どうかお知らせください
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2 years
登大遊さんの資料より
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3 years
【募集】はじめて英語で論文を書く人におすすめする文献・資料・リソース
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1 year
JREC-INあほなのか?
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@mahimahi
Y. Kawahara
1 year
mercariの研究者募集はJREC-INにも募集が出ているけど、なんとJREC-INの仕様上記入できる年収の最高額が1000万までらしい。研究業績次第ではこの金額は軽々超えることもあると思います。
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4 months
本当かな?と思ってPubMedで調べたら、確かにdelveは最近になって急増していた 1枚目 delve 2枚目 examine
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@umiyuki_ai
うみゆき@AI研究
4 months
delveという英語があって、「掘り下げる」という意味らしいが、あんま聴きなれない単語だ。しかし、2022年以降、医学論文でdelveという単語が使われてる割合が急激に増加。なぜdelveってワードが医学研究者の間で急激に流行りだしたのか?というミステリー。実は、ChatGPTが口癖のようにdelveって単語
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2 years
うわっ…私の論文、"on the other hand" が多すぎ…
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4 years
本研究の着想に至った経緯なんて書かせんじゃねーよと憎しみに似た感情を毎年抱く
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5 years
どうしてこんなに早くHIV protease阻害剤の治験が始まったのか疑問だったけど、SARSの時にすでに有用性が見られていたのね
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2 years
学生さんぽい人たちが電車で近くに座って授業や試験の話してて「生化学どう?仙石先生の」「ダメ、俺あそこ0点」とか言い出して私はポケゴどころでない
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21 days
Nature Communicationsは高い掲載料を取るくせに編集作業を全然やらないジャーナルだと思っている
@doctoryuri1205
yuri
22 days
15 wordsは流石に草
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1 year
タコは触って味を確かめるらしい。化学触覚受容体、そういうのもあるのか
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5 years
普通の人が資産運用で99点をとる方法とその考え方
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3 years
何の思い出だ?
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3 years
生物学の情報収集にツイッター役立つよ? ひろゆき「バカほどツイッターやインスタで"正しい情報"を調べようとする」(プレジデントオンライン) #Yahoo ニュース
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9 months
精密工学会誌って真面目で堅実な内容が並んでるように思えるけどどうしてこんなインタビューを行ったんだろう
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2 years
こわい "They do not provide any probability estimates, so significance, in a statistical sense, of the result is zero." "A prime example of how not to do statistical analysis with model comparison." "I think it is unfair to your colleagues to send such a paper for review."
@mojin
mojin
2 years
Natureでレフェリーレポートが公開されていて、レビュアー2のコメントがすごいと話題になっている
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3 years
『調査チームは2007~19年の間に出された調達案件のタイトルと概要に「PCR」という単語が入っているデータ1716件を抜き出した。』 PCRなんてどんな生物学研究にも使う汎用性の高い実験技術だよね?こんな解析に意味はあるのかなあ
@AkiraIgata
井形彬(Akira Igata)
3 years
武漢のある湖北省で、2019年夏~秋にPCR機器の調達が急増していた新データが発表。「中国がコロナについて報告した時期よりも相当前からこのパンデミックが始まっていた」と結論付けるこの報告書を詳細解説しました。本日、世界各国メディア一斉先行公開(日本時間4時)です。
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3 years
ジョコビッチが投資したバイオ企業QuantBioRes、コロナウイルスをレトロウイルスの一種としている。一行目からアウト(リンク先PDF)
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2 years
2つのキットでミニプレして比較した(カプセルじゃないLB培地を使用) このラボに来てずっとミニプレの収量が悪いなと思ってたらこれだった
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3 years
うち最近ミニプレの収率が低下してて、調べたらライセート中プラスミドのほとんどがカラムを素通りしてたんですよ。これどなたか原因わかりますか?
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3 years
ニホンリスのゲノム読むやろ(特にPol IIサブユニット遺伝子)
@livedoornews
ライブドアニュース
3 years
【むしゃむしゃ】毒キノコのテングタケをほおばる二ホンリス、神戸大研究者が論文公開 それなりの毒への耐性があると考えられている。人間にとって有毒なキノコをリスが食することについて、克明な写真や詳細な観察ができた例は世界的に珍しいとのこと。
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2 years
昆虫細胞でのタンパク質発現実験に再現性がなかった原因が、「細胞を超音波破砕すると目的タンパク質が壊れる」だったらしい。細胞を破砕せずそのままSDS-PAGEサンプルバッファを加えて流すとバンドが見えた。そんなことあるのね
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1 year
もうみんな平気でAlphaFoldの複合体予測構造を使ってる
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5 years
科研費申請書類、「着想に至った経緯」を書かせるのが気に食わない。そんなのどーでもいいじゃんよ。また、同じテーマを継続してやってきた研究者に有利になりがちで、テーマ・分野変更を阻害する要因にすらなると思う。
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3 years
来年度から生化学会は学部学生・修士学生の年会費無料
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5 years
「うるせえ引き出しにエビ詰めんぞ」って言ってみたい
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4 years
来たか! SARS-CoV-2のRdRPとRNAとレムデシビル代謝物の複合体構造
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@nob_mai
NobuoMaita
4 years
7BV2 The nsp12-nsp7-nsp8 complex bound to the template-primer RNA and triphosphate form of Remdesivir(RTP)
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5 years
旭化成の株価
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5 years
⚡️ "構造生物学研究でよく使うウェブサービス"
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6 years
「機能が分らんタンパク質の構造を解いたが、やっぱり分らんままだった。変異体を作ろうとしたらタンパク質が不溶性化した。おしまい」という悲しい論文を見た
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3 years
"分析を行った担当者は「中国はアメリカと比べても研究者の数や研究費の伸びが大きく、この数年で勢いを増している。日本でも研究時間や博士課程学生の数を増やすなど対応が求められる」と話していました。" いやそこは研究者数や研究費を伸ばすところやろ
@nhk_news
NHKニュース
3 years
中国が自然科学の論文の「質」で初の世界1位 日本は10位 #nhk_news
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2 years
ヤフオクでBiacoreが1000円で出品されてます
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2 years
リロ氏の動画は言葉の壁を越える力があると思うけど、海外ではどれくらい知られてるんだろう
@ly_rone
リロ氏/LiloSHI
2 years
チキンカレーチキンマシマシをハイボールでキメるだけの動画
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5 months
ペプチドリームの株主総会に来ているが、事業報告のやる気がない。でかい表を見せながら録音済みナレーションを流すだけで、いま何の話をしているか分かりにくい。ときどきスライドにない数字も読まれるがさっぱり意味がとれない。
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3 years
はじめて英語で論文を書く人におすすめする文献・資料・リソース
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5 years
生物学研究をはじめる学生さんにおすすめするソフト Microsoft Office Microsoft OneNote PyMOL Inkscape GIMP Mendeley 他にあったら教えてください
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3 years
おもしろ予想構造
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9 months
新幹線で移動しているが車内では「タンパク質」「カルシウム」「感染した細胞」などのワードが漏れ聞こえている
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4 years
組織が構成員に治験参加を求めるってどう考えてもおかしい。正常な判断が働かない組織なのか 参考例 キセナラミン事件 "名古屋市に本社を置く興和株式会社が,風邪の新薬・キセナラミンを自社社員に内服させ,その副作用で17人が入院,1人が死亡する事件"
@BiotechMania
BiotechMania
4 years
常に歴史は未来への警告 キセナラミン事件 1965年、興和がかぜへの新規抗ウイルス剤の主に安全性を調べるため「上司により強制的に人選が行われ」密かに約200人の社員に二重盲検臨床試験を行い多くの健康被害が出た。 社員の愛社精神を利用した非倫理的な人体実験に近い。
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2 months
日本の研究費を調べてみたら多くが外国に流れていた、とかにならないかな。APCとか試薬とか機器とか
@HiraokaYasushi
はじめまして 平岡です
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研究費はさまざまな産業に回り、経済効果を生む。日本でも、これを定量的に可視化する必要があるな。
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6 years
大阪大学の方が作られたと思われるInkscapeの資料 12/11 Inkscape講座~論文・プレゼンに! リンク先はPDFです
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3 years
AlphaFoldで複合体構造予測してそれっぽいのが出たので調べたら直近論文の生化学的データとぴったり一致していた。すげえ
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7 months
私が関わる生物学実験ってあんまり危険なことしないけど ・液体窒素と液体エタン ・強酸と強塩基 ・オートクレーブ ・遠心機 は怖い。他にあるかな?有機水銀はもう使わないし
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6 years
⚡️ "生物学の研究を将来やりたいと思っている学部生に薦める勉強"
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5 years
えらいせんせから「お願い」というタイトルのメールが届き何かと思えばポケモンGOのフレンズ申請のお願いだった
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2 years
想像以上に犬みたいだった
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2 years
私もDeepLとGrammarlyを使ってます。英語がぜんぜん浮かばないときは適当な日本語をDeepLに入れて返ってきた英文をたたき台にする。自分で作った英文をDeepLで英→日→英とかけて返ってきた英文を参考にしたりもする。気に食わない表現があればクリックして現れる別案に変えたりする。
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3 years
モデルナの発表スライドはとても面白いから興味ある人は見るといいよ リンク先はPDF 下図は今年5月のもの。変異のワクチン逃避能予想
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1 year
「その風貌から間違いなく気軽に話しかけない方がよい人だろうと思い」 実験医学8月号
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わたし論文で "significant" という言葉は統計的有意差を示す文脈でのみ使うようにしてますが皆さんはどうですか
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2 years
バカなのでチューブにラベルをせずにサンプルを入れて遠心してどれがどれか分からなくなった
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みなさん落ち着いてください。私のボーナスは、あなたのお寿司ではありません
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4 months
やりたい研究をやるための勇気と覚悟→ 「このアイデアを確かめたくて我慢ができなくなった近藤さんは、本庶さんに内緒で自宅で実験を始めてしまいます。」
@seikawakate
生化学若い研究者の会(生化学若手の会)
4 months
生化学若い研究者の会関東支部です。6/1(土)に「関東支部 初夏のセミナー」を開催いたします! 今回は大阪大学生命機能研究科の近藤滋 教授に「やりたい研究をやるための勇気と覚悟と楽しさについて」でご講演いただきます。詳細は添付のポスターを御覧ください!
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4 months
つよいrebuttalをみた
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1 year
今日の授業で「水溶液中と脂質二重膜中でタンパク質の構造は変わるか?」と質問を受けて、「その両方に存在し得るタンパク質はそもそも少ない。たぶん構造は変わり得るだろうが具体的な例をすぐに出せない。」と答えた。TLの諸賢はよい例をご存知ですか?
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3 years
ミニプレ問題まとめ 培地にLBカプセルを使うとミニプレの収量が落ちるとの情報(多数)。今回はこれか?メーカー問い合わせ中。他メーカーのLBカプセルでも同様の問題が起こるという情報あり。カプセルの素材がプラスミドのカラムへの結合を阻害するんですかね。ミニプレの原理に詳しい方の意見求む
@torusengoku
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3 years
うち最近ミニプレの収率が低下してて、調べたらライセート中プラスミドのほとんどがカラムを素通りしてたんですよ。これどなたか原因わかりますか?
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3 years
間違えてプライマーを逆向きに注文したことにシーケンス後に気付く。なんでPCRがかかってコロニーまで出るんだよ!
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5 years
生化学会の企業ブースで水素水を発見
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3 years
ここまでやるのか
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10 months
遅ればせながらAlphaFold latestすごいな。リガンドも抗体も核酸も高精度に予測できる?
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@demishassabis
Demis Hassabis
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Excited to share major progress on next generation of AlphaFold! Together with @IsomorphicLabs , we’ve significantly advanced accuracy & expanded coverage beyond proteins to other key biomolecular classes. Continuing to accelerate science at digital speed
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2 years
今日は大学の卒業式でした @thiamine_0024 くんは医学部の実習の合間をぬってクライオ電顕を用いて新規構造を決定しました!えらい。頑張って論文書かないと。 @saya_urori さんは卒業発表が認められて理学系卒業研究優秀発表賞を受賞しました!
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1 year
ヒストンのリジン残基のアセチルメチル化が転写開始点のマークになる まじかー
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5 years
Nature, DNAコドンのうちTCG, TCA(ともにSerをコード)とTAG(アンバーストップコドン)を持たない大腸菌を作成。将来、これらのコドンに新しいアミノ酸をコードさせる遺伝暗号拡張が容易に。 どこまで減らせるのかな。
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6 years
3月いっぱいで理研を退所し、4月から横浜市立大学医学部に勤務します。構造生物学的手法を用いて真核生物の遺伝子発現機構を理解し、その制御手段を開発する研究を行います。
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5 years
構造生物学研究でよく使うウェブサービス PubMed Google Scholar Google Translation Life Science Dictionary NCBI BLAST Protein Data Bank UniProt Benchling 他にあったら教えてください
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3 years
出産に健康保険が適応されないのって現代日本でもっとも意味不明なことの一つだと思う
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4 months
Natureではコードを非公開にしてもいいかはエディターに決定権がある。なるほど投稿規定に反していない。さすが商業雑誌、ウケる論文は特別扱いする コード非公開にする(まともな査読ができない)なら、そもそも論文投稿すらせずブログとプレプリントでよかったのでは。
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3 years
これでBってけっこう辛いな
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5 years
アミノ酸ごとのヘリックスとシートの作りやすさ傾向表を見てる。他のやつは何となく理由がわかるけど、AspとGluはさっぱりわからん。どうしてお前たちそんなにヘリックスを好むの
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4 years
富山来てるな ・いまだに感染者は報告されず ・アビガンは富山化学と富山大学が開発 やはり人類を救うのは富山、約束された地
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11 years
トリカブト保険金殺人事件すごい。トリカブト毒とフグ毒は拮抗するため同時に投与すると即死しない。半減期の短いフグ毒が分解するとトリカブト毒で死ぬ。この時間差を犯人はアリバイ作りに利用するが見破られる。 http://t.co/BUYSCdyUiG
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1 year
学術論文で "novel" は使わないほうがいいという意見がありますよね。皆さんはどう思います?
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4 years
【急募】CRISPR特許争いの現状についての解説
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4 years
仙石徹(sushi) ではない
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2 years
Our paper is out in Nature Catalysis @NatureCatalysis (3rd paper by collaboration with Suga Lab at Univ. Tokyo ). Congrats to Yuchen (UT @UTokyo_News_en ) and Hamada-san (YCU @YCU_koho )!
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4 years
C型肝炎治療薬とかどうですかね。めちゃ凄いと思うんですが
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6 years
学生実習でPyMOLの使い方を話そうと思って資料を準備していたが、阪大の鈴木先生のサイトが充実しすぎており、もうこれを見てひとつひとつやってもらえばいいじゃん、という気になっている。
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1 year
思い出?
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6 years
【募集】生物学の研究を将来やりたいと思っている学部生に薦める勉強 何がありますかね?私は ・細胞の分子生物学を読む ・バイオインフォ・プログラミング くらいしか思いつきません。教科書のお薦めもあればぜひ
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6 years
共同研究者から実験データが届いた
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1 year
二次構造をとらせるようにしたらmRNAワクチンの抗体誘導能がすごく上がったよという話。こんなに二次構造をとってると翻訳されにくいんじゃないかと思うけどそうでもないのか?組替タンパク質の発現効率向上には使えるのかな。
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5 years
マジかよ  横浜市水道局から開示された文書一覧 横浜市水道局がNMRパイプテクターを導入したので,関連する測定結果等に関わる文書全て,という範囲で,情報開示請求を行った結果,開示された文書。開示は2019年7月。
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3 months
焼肉に見える High-resolution in situ structures of mammalian respiratory supercomplexes
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2 years
ImageJによるバンドの定量法 (日本語版)
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3 years
ぼんやりプライマーをつくってPCRかかんないなーと思って確認したら自己相補的だった
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7 years
話題のImPACT山川PMの博士論文要旨が胡散臭い。「脳に発現する光受容体遺伝子クローニング→遺伝的サービスイノベーションと名付けた経営戦略フレームワークの形で提言」とか。あと別研究で「Science掲載決定」とあるが論文見当たらず
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