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Yoshitaka Moriwaki

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3 months

かつて私がパソコンのことで困ったとき、助けになったのはどこかのおっさんの書いた備忘録的ブログ記事でした。今では私がどこかのおっさん。書くのはもちろん備忘録的なブログ記事。なぜなら、私もまたどこかのおっさんだからです（進次郎構文）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

Wikipedia「平家物語に祇園精舎の鐘の声とあるが、インドの祇園精舎に本来鐘はなかった。しかし日本人の団体が1981年に祇園精舎に鐘をプレゼントしたので今は存在する。」これもうわけわからんな？

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Yoshitaka Moriwaki

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5 months

文学→{論文、申請書、etc.}

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Yoshitaka Moriwaki

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2 years

財務省や文科省はノーベル賞が基礎研究に与えられた点でもめっちゃ不満顔してそう（最近応用応用ばっかり言ってる）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

昨日の獣医さんたちの会話 A「（ヒトの）ちっちゃい男の子って電車🚃好きですよね。あれなんでなんだろう？女の子はそうでもないことが多いし。」 B「サルの実験だけど、どうやらオスは電車に限らず『なんか細長いやつ』が本能的に好き、という論文があるらしくて、修学旅行先での木刀も同じ理屈かも」

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

7 months

ん？この制度、もし大学卒業後にまだ扶養に入ったままになることが許されるなら、大卒後即新卒入社する風潮が変化して、ゆっくり会社を選べるようになるとか自分探しの旅とか大学院進学とか寝そべり族とかが社会的に許さ��るようになる……？？？

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Yoshitaka Moriwaki

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26 days

研究って、本当に楽しい！𝑺𝑪𝑰𝑬𝑵𝑪𝑬 𝑻𝑶𝑲𝒀𝑶

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Yoshitaka Moriwaki

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8 months

この時期によく観測されるやつ

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Yoshitaka Moriwaki

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3 years

うちらの学会ではスーツを着用しないよと言ったら「意味がわからない。学会でスーツ着用はマナーでしょう」って反応したワシと同専攻の昔のB4もいれば「裸でなければいいじゃん。服で発表内容が変わるんか？」っていう物理・数学専攻のベテランの反応もあるわけで、このへんは分野の文化の違いよね

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

この修論書く時期毎年言ってるんだけど、MS Wordは神ツールなのでもっと神のことをちゃんと勉強するべき特にWordのスタイル機能と見出し機能、図表番号の自動ナンバリングと自動参照機能の4つを知らずにWord使って論文を書こうとしてWordはクソとか言っちゃうのは神に対する冒涜

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

単位が足りなくて卒業直前に学生本人に電話がかかってきて驚く事例、聞いたことがないわけではないが、そのうち1件は当該学生が「これは私の運命ですね、じゃあ留年じゃなくて退学するッス」ってさらっと本当に辞めた事例を知ってる。そのときワシはとんでもねえ大物やなと感心した。

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Yoshitaka Moriwaki

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6 months

この論文すごいなと感じる際、そこには未知への感動と既知への安堵という両面がある。

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Yoshitaka Moriwaki

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2 years

数学者相手のデートだと「それって0に近づけたらどうなるの？」「無限大になるとどうなるの？」だけ言ってれば勝手に色々喋ってくれる上に大満足されるからチョロいみたいな話が

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

6 months

ある学生の修論のwordファイルのファイルサイズが200MBを超えていて、保存ボタン押してから保存完了するのに1分くらいグルグル回ってるケースに今年遭遇したのですが、原因はいくつかの画像のファイルサイズが15MBになっており、さらに調べてみると（続）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

26 days

𝑺𝑪𝑰𝑬𝑵𝑪𝑬 𝑻𝑶𝑲𝒀𝑶のフォントではなく𝙎𝘾𝙄𝙀𝙉𝘾𝙀 𝙏𝙊𝙆𝙔𝙊を使えとのお達しがありました

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

ワシ、ウェブブラウザのタブを同時に開いている数が10を超えることないんだけど（いらないものは消していく）、ナウなヤングたちは普通に50個100個くらい開いたままなのを見ると、メモリが少なかった時代に生きた人間として「これが時代か……」ってなる（適当）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

8 months

この間の学会で「修士の学生？それとも博士課程？」と聞かれた　13マスもどる

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Yoshitaka Moriwaki

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2 years

論文添削中の光景

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

26 days

𝑺𝑪𝑰𝑬𝑵𝑪𝑬 𝑻𝑶𝑲𝒀𝑶 𝑪𝑨𝑵𝑴𝑨𝑲𝑬 𝑻𝑶𝑲𝒀𝑶 𝑺𝑯𝑼𝑻𝑶𝑫𝑨𝑰𝑮𝑨𝑲𝑼 𝑻𝑶𝑲𝒀𝑶

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

27歳、学生です。 ↑これが堂々と言えるメンタルでないと博士課程を生き抜くのは難しい（当然の帰結）

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Yoshitaka Moriwaki

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1 year

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

三角関数ってのはものの例えで、要は真面目に数学を勉強して働くより、同じ数字遊びなら、社会人の時の蓄えや親族から受け継いだ資産の運用テクを学んだ方がもっと簡単に儲かるんだから、これからの若い人たちはみんなそうしなよ、って言いたいのが真の狙いなんでは？と思った

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

6 months

この時期に使えるやつ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

8 months

UTokyoアカウントでのGPT-4が利用可能になってるありがとうUTokyo

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

大学院生になるためにはまず出願書を期限内提出しないといけないわけだが、これがまた意外と難関で、ふつうに出し忘れて隠れ院死した（orしそうになった）例は見てる範囲でも3件あった　院試合格後の手続き期限切れ院死も含めて

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

6 months

その画像はまずイラレで図を描き（1MBくらい）、それをパワポに貼り、そこで文字や矢印オブジェクトを追加してから、それらをまとめてパワポからwordにコピペしたところファイルサイズが爆増していた（15MB）ということだった

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

10 months

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

やりました！！AlphaFold2の完全動作完了です！！！！ ……そして……恐ろしいことに……未発表の結晶構造データで試してみたのに予測構造が実験結果と寸分の狂いなく本当に一致している……（画像なし）同日発表のRoseTTAFoldさんはそこそこ外してたのに

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

長年たけのこの里派でしたが、キーボード打ち込み業が激しくなってくるにつれ、きのこの山はクッキー部分が露出していてそこを触れば手が汚れないということに感銘を受けてから、きのこの山に改宗したワシ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

10 months

阪神がもしアレした場合の大騒ぎに対応するよう大阪府警が繁華街を中心に1300人待機する厳戒態勢を敷いているのを聞いて「じゃあオリックスがアレしたら何人必要？」と尋ねたら「オリックスファンは数が少ないし、みんなお行儀が良いので警備いらん」と返された話好き

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 months

AlphaFold3論文のRef: 14にワシのツイートが入ってる┌(┌ ºωº )┐ﾁｰﾝ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

NTTは民間企業でありながら法律（日本電信電話株式会社等に関する法律・第一条）によって研究することを強制されている日本で唯一の企業って聞いたことあるゾ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

使いやすい画像

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

【プレスリリース】早起きは三文の損: 朝型人間の夜ふかしと、夜型人間の早起きが生産性低下と関連ようやく時代が追いついたか……

【プレスリリース】早起きは三文の損: 朝型人間の夜ふかしと、夜型人間の早起きが生産性低下と関連 | 日本の研究.com

2022.03.28 東京医科大学プレスリリース概要人間には「体内時計」があり、かつ、この時計には朝型/夜型などの個人差があります。朝型の人は体質的に早寝早起きになり、朝から調子が良く、逆に夜型の方は体質的に遅寝遅起きとなり、午後の方が調子が良いという特徴があります。この朝型/夜型傾向を主とした...

research-er.jp

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

アツゥイ！

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

10年くらい昔、計数工学とかの理論・計算系のある助教の先生が言っていた「研究の結果だけ言えば、一般的な修士学生が2年で出す結果は、自分の2週間〜2ヶ月のがんばり以下。ただその学生の経験値はしっかり貯まってるので、博士以降も続ければ時間がかかった分の元が取れる。」ってのは、（続）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

AlphaFold2 can also predict heterocomplexes. All you have to do is input the two sequences you want to predict and connect them with a long linker.

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

6 months

インパクトファクター欲しいおじさん

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

東京大学　全学的なSlackの試行運用開始および説明会開催のお知らせ待ってました

全学的なSlackの試行運用開始および説明会開催のお知らせ

目次: 1. 概要; 2. UTokyo Slack説明会の開催について; 3. 詳細および問い合わせ先...

utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

5 months

>結婚相談所で理系の男性を希望したら、やってきた男が農学系だった…やってきた男性が農学専攻でドン引きしたなんだァ？ぽめぇ…

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

「6年解けなかった構造があっさり」──タンパク質の“形”を予測する「AlphaFold2」の衝撃　GitHubで公開、誰でも利用可能に > 伏信進矢教授は「6年間解けなかった分子の結晶構造があっさり解けた」とコメント。

「6年解けなかった構造があっさり」──タンパク質の“形”を予測する「AlphaFold2」の衝撃　GitHubで公開、誰でも利用可能に

米Alphabet傘下の英DeepMindが、遺伝子配列情報からタンパク質の立体構造を解析するAI「AlphaFold2」をGitHub上で無償公開し、ネット上で注目を集めている。

www.itmedia.co.jp

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

おかあさんといっしょの体操のお兄さん（まことお兄さん）は博士号持ちやで

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

研究者の心を代弁するポケモンというコンテンツ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

病院「こちら処方箋でーす」ワシ「薬局ってどちらですか？」病院「皆さんあちらの方に歩いていかれますねー」これなんで三店方式にしてんの？

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

大学の研究室でゴキブリの研究をしてる人、ぼくと教授のみすごく面白い

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

東大入学式の祝辞、スティール氏みがある

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

大学院は大学の中の組織の1つであり、大学院生も学生であることを考えると、「大学生」って大学院生も含まれていいよなと思う

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

DeepMindのDemis Hassabis氏・13歳でジュニアのチェス世界ランカー・17〜20歳頃はゲームデザイナーで、ともに開発した「テーマパーク」は数百万本売れた・20代はゲーム会社を経営・30前後でAI開発のために脳神経科学の博士課程に入り、いくつかの有名な業績を残す・34歳でDeepMind社を立ち上げる

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

この感じだといずれこの科学技術の有識者枠に有名YouTuberとかTikTokerとかが入ってきてもおかしくないなあ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

ツイッター上で新入生のフリをしてはしゃぐ東工大の教授・助教・准教授たちおそろしいぞ……

ツイッター上で新入生のフリをしてはしゃぐ東工大の教授・助教・准教授たち

ふわああぁ！いらっしゃぁい！よぉこそぉ↑大岡山へ～！どうぞどうぞ！ゆっぐりしてってぇ！いやま゛っ↓てたよぉ！やっと新入生が来てくれたゆぉ！嬉しいなあ！

togetter.com

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

> つまり、DeepLといったようなAIベースの翻訳ツールを使う際に「翻訳が間違っているとわかるだけの英語力」が必要なのと同様に、AlphaFold2を適切に使うには、そのために必要な素養を適切に身に着けている必要があるであろうということです。これ

タンパク質立体構造予測プログラムAlphaFold2の非専門家向け活用法第1回「予測の良し悪しの判断」｜上海老師

構造生物学界隈のみならず、生命科学研究者やAI研究者の界隈すら超え、一般のニュースにもなっているタンパク質立体構造予測プログラム「AlphaFold2」について、構造生物学を専門としない生命科学研究者を主な対象として、note記事を3回くらいに分けて書いてみたいと思います。生体高分子の立体構造データベース「Protein Data Bank」に登録されている実験構造は今や18万を超えていま...

note.com

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

ノーベル化学賞が化学やんけ！！

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

13 days

サウナが好きな人ってこの天然サウナ環境でも難なく整えてるんだろうか

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

逆に考えるんだ大学院博士課程に進んで30過ぎたいい男が意外と残ってると考えるんだ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

AlphaFold2さんで複合体予測ができました。やり方は予測したい2つの配列を入れて間を長いリンカーでつなぐだけです。

Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

ふと思ったがAlphaFold2使ってちょっとしたバグ技使えるんちゃうかと思ったのであとでやる

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

10 months

論文のリバイズ作業の理想（左）と現実（右）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

ワシのツイートがNature系列誌のreferenceに載って認められるなんて、これが一番びっくりやで🤪

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

世界中の研究者「へぇ〜TwitterのYoshitaka Moriwakiって人が複合体予測できることに気付いたんだ　どんなひとなのかTwitter見てみよ」(ﾎﾟﾁ（ワシの普段のツイート）「あっ……」こんなんどうしようもないやん

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

8 months

こないだミネソタ大学の教員方と色々お話しする機会があったけどワシ「最近はChatGPTのおかげで英語論文書きやすくなりましたねー」准教授「我々もめっちゃ使い倒してるよ」ワシ「え？現地の方々も使ってるんですか？」准教授「そらそうよ。論文表現とか参考になりまくりよ。」へぇーってなった。

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

環境構築ってそんな難しくないんだけど、巷の情報にはとりあえず「.bash_profileにexport PATH追記しとけ」「condaいれとけ」「pipつかえ」が溢れてるので、それらが複数混ざった結果意図せず環境破壊が起きたときへの対処法が本とかに書かれてないのが難しいんよね

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

ここ半年くらいほとんど研究というよりは勉強してばかりなんだけど、大学学部でやるべきだった基礎の学び直しと新分野の論文を読んで体系だった勉強を、今ここでやらないともうこの先絶対やれるチャンスがないよなという勘が働いているので、今やれていることには満足している

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

こちらは兼務の方で、本務は御茶ノ水駅の近くにある東京医科歯科大・難治疾患研究所の准教授（任期付き）です。本日からよろしくお願い致します。

Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

ご報告本日から1年間農学生命科学研究科の農学（共同）研究員となりました。

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

この歳にして、みかんの白い筋の正式名称がアルベドであることを知る

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

5 months

Dr. すきとほる | 疫学専門家

@iznaiy_emjawak

5 months

「研究者が金儲けなんて…」って思う人は、レオナルド・ダ・ヴィンチが金稼ぎのためにミラノ公国の君主に送った全力靴舐め打算120%の手紙を読むと驚愕しますよ。徹底した「軍事に役立ちまっせ」アピールで顧客のニーズを刺し、「芸術がやりたいねん」という本性は最後の最後でチラつかせるだけ、そして

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

7 months

> 実験は簡単で、小さな金属製の容器にアルミホイルと一滴の水、そして二酸化炭素を入れて機械でシェイクしただけです。（略）その実験の最中、パソコン画面上の分析グラフで天然ガスのメタンが生まれた証拠が現れたときの感動は忘れられません。？？？

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

> （東大の）農学部の権力は絶大。東大は、農学部の意向に反するような決定はできない。これマジ？やはり時代は農学やな（適当）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

博士課程の入試は、今は内部の修士課程からであれば、修士論文さえ出せば事実上合格になることが多いので、就活を名目として修士の2年間まるで研究せず、サークル活動に打ち込み、修士論文は実質10ページで提出し、それでいて博士課程に進学しようとした例も（うちの専攻じゃないけど）あるからね・・

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

7 years

調べてみたらカイジの借金額は第1章「エスポワール」開始時点で385万円、第2章「鉄骨渡り」開始時点で600万円、第3章「沼」開始時点で1000万円前後だったし、ほーんって感じだった（D進並感）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

AlphaFold2解体新書コミュニティ AlphaFolder #AF2zadankai

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

7 years

第一種のみ借りるとして学部卒業時点「240万円」修士卒業時点「460万円」博士卒業時点「900万円」おっ、カイジの借金額みたいやな？

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 months

ラーメンハゲは名言の宝庫

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

9 months

なんなら実験系の研究室に入った学生で初日から研究室に来なくても「リモートを認めないのは時代にそぐわない！多様性の時代！」って言って実験をせず卒業を要求する学生もいるらしい

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

修士の修了式の日の研究室卒業生の記念撮影のとき M2のAさん「はじめまして、Aです。」 M2のBさん��はじめましてー」 N2のCさん「はじめましてー」

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

DeepMindチームの論文に引用されるワシのツイート……

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

今日も1日

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

インパクトファクターが欲しいんだよおじさんが喜んでそう

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

いま大学に残っている研究者勢、師が世界的研究者のブルーブラッドか何でもできるストロングスタイルか将来設計という考えが皆無のオプティミストサバイバーのいずれかなのでは

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 months

最近の書類仕事ばかりやってるなかで気付いたラーメンハゲの名言

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

記事書いた：AlphaFold (ver.2) インストール事前に色々知っておくと良いTIPSを入れました

AlphaFold (ver.2.3.2) インストール - Qiita

2021年7月16日午前3時頃（日本時間）に公開されたAlphaFold ver.2（以下、断りがない限り単純にAlphaFoldと書く）の論文について。論文は https://www.natur…

qiita.com

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

大学ってなんで授業をする教員と研究者が兼任するのが当然なんやろ？兼任することで最新の知識を提供できるメリットもあるけど学部授業担当の専任教員がそこそこいてもよくなーい？とは思う（※人件費とか予算は無視して）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

マクマリー有機化学（英語版）が無料？

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

自分の院試のときは先生「なぜ大学院に進学するんだい？」ワシ「研究やってみたら思ったより楽しかったからもうしばらくやってみたいと思うようになったからですねえ」先生「へー」なおワシはその後M1が終わるまで研究で何の成果も得られなかったんですけど

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

今日も1日

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

ご報告本日から1年間農学生命科学研究科の農学（共同）研究員となりました。

Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

4 months

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

ワシ「ColabFoldはブラウザでこのウェブサイトを開いてアミノ酸配列打ってボタンを押せば動くので簡単でおすすめです」？？「大変恐縮ですが、もっと丁寧な説明をお願いできますでしょうか？実験研究をしてきた我々にはパソコンは難しいもので」というやりとりを10回くらいしててうーんってなってる

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

2 years

M2の頃博士進学を決めたワシ「ワシが会社で働くとか無理無理かたつむりやわ」

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

事情を知る内部生は誰ひとり卒研配属で行きたがらない研究室のことをスリザリンって呼ぶ（出典不明）

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

本日22時からAlphaFold2座談会というタイトルでTwitterスペースやろうと思います。興味があればどうぞ。初めてのスペースなのでうまく使えるかわかりませんがよろしくお願いいたします。

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

9 months

なんかトレンドに上がってる

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

3 years

ここまで有機化学勢がウキウキしてるタイムラインは2010年以来じゃよ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

1 year

そろそろ名古屋の学会の宿とらなきゃ

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Yoshitaka Moriwaki

@Ag_smith

6 months

敵「農学部なのに物理やる意味ある？」

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