لاتقل أهمية الآثار الإجتماعية لزواج الأقارب عن الآثار الصحية، تجنب زواج الأقارب يؤدي إلى تغيير التنظيم الداخلي للمجتمعات وينهي بنيتها القبلية وتصبح الأسرة هي الأساس وتتشكل التجمعات حسب المصالح والمعتقدات بدلًا عن القرابة، وهذا إلى ولادة المجتمعات الحديثة