Shinichi Nakagawa @smoltblue Twitter profile

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

8 months

マウスは天然の遺伝子治療薬のように働くノンコーディングRNA遺伝子を進化の過程で獲得して、多数の致死性の変異を自ら一括して治療することで生きながらえているという渾身の論文ようやく世に出ました！

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

英語の発表準備のおすすめ - 話し言葉で原稿を書く - GoogleのText to Speechで好みの人に喋らせる - Soundflowerをインストールし出力を2chに設定 - Quicktimeの新規オーディオ収録で入力を2chに設定 - もう一度Googleに話してもらってQuicktimeで録音開始 - 保存したファイルをエンドレスで聞く

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

29 days

ちなみに実験医学6月号の尾崎さんのこの記事すごく役にたつ。僕はR派だけど。友にやってもらうためのプロンプトは一緒。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

僕が個人的にいつも思うのは 1. 国内の学会は英語化しないほうが良い 2. 定期的にアジア連携の英語の国際学会が日本で開催されるようにするのが良い 3. 学会を英語化しても英語のコミュニケーションは上達しないの3点です。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

就活から戻ってきた大学院生の研究の多くは絶望的に未完成です。ただ、そこから半年強、驚異の追い込みを見せ、卒業する頃にはなかなか立派な形に��で持っていく人が多いのも事実です。何かを成し遂げたという自信を持って就活してもらうことができないというのは、とても歯痒いです。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

毎年この時期になるとM2の学年の学生の多くが研究室から文字通り「消え」ます。数ヶ月、完全に中断します。この状況を当たり前だと思うのは、そろそろやめた方が良いのではないかと強く思います。いっそ卒業時期を半年早めて9月にして、修論の成果を武器に就活してもらうとか。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

論文書くとき参考になる。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

なんと！

Wonder of Science

@wonderofscience

4 years

Colored droplets in corn syrup seemingly blended together can be returned to their original state by reversing the direction of mixing, a form of laminar flow called "Stokes flow". Credit: UNM Physics & Astronomy Source:

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

巨大（10-20 kb）なプラスミドはトランスフェクション効率が非常に悪く細胞も死にやすいけれども、小さい (3 kb) プラスミドを一緒に入れると効率が激上がりするという、えっ？本当？ちょっとためしてみようか？の論文。

Claudia Kutter

@ClaudiaKutter

4 years

We do not know how this works but speculate that small vectors overcome limiting biophysical barriers (membrane permeability) and cellular responses (blinding DNA sensors causing programmed cell death). 4/4

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

一般市民代表うちの奥さんに説明するために、小保方さんのNature誌の画像の切り貼りと石井さんのOncogene誌の切り貼りの違いを説明する図を作ってみました。石井さんが良いのなら小保方さんが良いという事にはなりません。 http://t.co/Zw7ueHoGJO

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

昨年度大学院を卒業した院生のアンケートの結果が出ていたのですが、能力をつけるのに役に立ったというので圧倒的な支持を得ていたのは、研究室における研究活動ならびにディスカッションでした。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

自分のとっておきプロジェクトを10人に話して10人に面白いと言われたらやらないほうが良い。誰も面白いと言わなかったらやり方を変えたほうが良い。1人だけ面白さが分かってくれる人がいたら自信を持って進めれば良い。理研のH野さんに伺った金言。

さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

論文出ていない時は、複数のプロジェクトをやっていると、手を広げすぎ、と言われる。論文が出始めると、計画的にうまくやっている、と言われる。というわけで、何を言われようと自己責任で自分の信じる道を突き進むのがよい。（論文出る前から応援してくれる応援団がいると、元気100倍だけれど）

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

社会的ニーズに合わない学問を切り捨てて行くと短期的な繁栄は望めても絶滅（没落）しやすい社会になってしまうのではないかというのが生物屋の直感ですが、その感覚は中央教育審議会大学分科会の方々とは共有できていない様な気がします。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

夏休みヨコハマ恐竜展。入り口のパネルにまで影響が？？？「物的証拠のない科学は個人的意見でしかありませんし、個人的意見は、たとえ、それが研究者の意見であったとしても、科学ではありません。」 http://t.co/30vxcGLDB7

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

二つ目はプロモーターのメチル化解析。残っているデータからは作図が不可能であることが認定されました。これも小保方氏が単独で実施した実験です。この図では論文にならないからという指摘を受け、追加実験をするのでなく、「書いちゃった」。絶句。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 months

筑波の島田さん、丹羽さんたちの超力作。パット見は寄生バチの毒見つけました、で、それだけなら、ふーん、で終わりなんですが、よくよく読んでみると、え、ちょっと待って、と耳を疑うような超絶面白い実験の連続で、(1/4)

Parasitoid wasp venoms degrade Drosophila imaginal discs for successful parasitism

Parasitoid wasps, one of the most diverse and species-rich animal taxa on Earth, produce venoms that manipulate host development and physiology to exploit host resources. However, mechanisms of venom...

www.biorxiv.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

一つ目は、STAP幹細胞の増殖曲線の図についての不正認定。この実験を実施するためには３日ごとに小保方氏自身がラボに来て作業をしなくてはならないのに、そのデータを取ったとされる時期には出張で留守にしていた期間がある。客観的にそのデータを得ることが不可能であることが証明されました。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 months

学会のポスター賞、全部見れるわけないよね、ということで、目立つポスターに投票が集中する一方、ほとんど誰も見に来ないポスターもでてきてしまいがち。でどうするかなんですが、

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

11 months

科学技術の発展は先人の発見の上に成り立つもので、遡れはそれはきりがないので、Nobel Prizeは故人には与えられないというのが大原則。でも、mRNAワクチン開発に不可欠だった2つの基礎研究の成果ー5' mGキャップの発見とΨの発見は、これを機会に大いに脚光を浴びで良いことかと思います。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

三つ目は会見で日経の古田さんが指摘されていた点ですが、STAP（幹細胞ではない）のCHIPのサンプルも小保方氏が単独で用意したものであったこと。STAPは増殖しませんから、CHIPをするためにはかなりの回数の実験の実施が必要。そしてCHIPのinputデータはESと完全一致。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

外部委員会はESを混入した人物を特定することができないという結論でしたが、11 jigen氏の指摘も合わせ、これだけの事実が積み重なっていれば、ESを混入した人物が小保方氏ではないということを示す合理的な理由は存在しない、と考えるのが妥当です。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

PhDを取っても就職できず苦労した話は巷に溢れているけどPhDを取って希望の職に就職できた人の話は全く聞かないのはなぜかちょっと考えてみたけど、多分それが当たり前すぎるから。今日の卒業式、数は少なかったけど、博士課程を卒業したみなさん、とても良い顔をしてました。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

DeepLが（現地点で）徹底的に苦手なのは専門用語を正しく訳すことで、その誤りに気づかないようであればDeepLを使うのは危険です。逆に言えば専門用語がしっかりわかっていれば論文を読むのはそれほど困難ではなく、一番ラクなのは日本語の教科書でみっちりと基礎知識をつけることかと思ってます。

Hiroki Gotoh＠静大４年目

@Cyclommatism

2 years

一方で、卒研生や修士課程の学生がdeepLで論文を読むことの是非はまだ判断つきかねてます。英語力の伸びはほぼ期待出来ませんが、多くの先行研究を網羅しやすくなるメリットはあるように思います。皆さんはどうしてます？

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

レフリー #1 のコメントが神がかっている。自家蛍光の可能性を指摘し、ES細胞のコンタミの可能性を指摘し、その可能性を否定する唯一のデータであるTCR組換えゲル写真の不自然さを指摘し。洞察力が半端でない。査読する時は、かくありたい。 http://t.co/Rli5LGD4sO

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

タンパク質がコードされていない領域のKOマウスを作ったら表現型が出て、よく見たら新規タンパク質がコードされていたという面白い発見 - 変異マウスの解析はやっぱり大事 - まだアミノ酸配列やドメイン構造で機能予測できない未知のタンパク質がある - 生物を作るパーツのリストアップは終わってない

Irene Miguel-Escalada

@irene_miguelesc

5 years

Noncoding deletions reveal a gene that is critical for intestinal function

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

このタイプの電動ピペット数年経つと極端に吸いが悪くなることが多く、電池を変えてもダメで、

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

STAP問題に関して外部調査委員の方々による調査結果の報告が本日ありました。相当ひどいことをしているだろうなという疑いが強かったわけですが、ここまでひどかったのかと戦慄する内容でした。僕自身驚いた点が３つあります。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

生命科学の分野で言えば、ポスドクの頃とかは、正直、「いまどきバクテリアを研究していてなにか分かるの？」と思っていました。昨今のCRISPR-Cas9の研究の隆盛を見るにつけ、多様性こそが次の繁栄を生むのだなあとつくづく思うわけです。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

ヘヴィさんこと東北大の岩嵜さんに北大でRの使い方の集中講義をしていただきました。自己流で強引にやっていたデータ整形がtidyverseで魔法のようにエレガントにできるのをみて目からうろこ。モデリングも含め、基礎を学ぶことの大切さをひしひしと。

Rにやらせて楽しよう — データの可視化と下ごしらえ 2021 北海道大学

heavywatal.github.io

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

つまり、相当の回数実施した実験のその全てにおいてESを混入がなされていたことになります。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

1 year

京大の北畠さんのお手製SLiCE論文ついに公開になりました。LysateにSLiCEの活性がない大腸菌をスクリーニングしてSLiCE液の有効成分遺伝子を同定し、お手製のSLiCE作れましたよというすごい論文。実際使ってみたのですが、普通にGibson Asseblyの代わりに使えてます！

Quick and affordable DNA cloning by reconstitution of Seamless Ligation Cloning Extract using...

Molecular mechanisms underlying the widely accepted Seamless Ligation Cloning Extract method were elucidated. A novel protocol was developed for quick and affordable seamless DNA cloning. Commercial...

onlinelibrary.wiley.com

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

リコンビナントを取ろうとすると全然取れなくて気合を入れて10L培養、なんて言うのはよくある話ですが、「超天然変性タンパク質」をタグみたいにして使うとあら不思議簡単に取れることありますよ、という泊研からの論文です。お助けヒーロタンパク質です。

Fusion with heat-resistant obscure (Hero) proteins have the potential to improve the molecular...

Although recombinant proteins are widely used in biotechnology and pharmaceutical industries, improving their solubility and stability is often a challenging issue. We recently discovered a class of...

journals.plos.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

1 year

こちらはゲノムシークエンスといえば荒川さんの、自作AMPureによるDNA精製の記事です。DNA精製といえばエタ沈かシリカカラムに頼りっきりでしたが、これは手軽だしそもそもコスト的にも安そう。

磁気ビーズによるDNA精製 | 学術変革領域研究(A) 非ドメイン型バイオポリマーの生物学

「エタチン」と言えば分子生物学を実習レベルであれ経験したことのある全ての日本人が知る専門用語だろう。エタノール沈殿の略語である。塩とエタノールによるDNA析出作用を用いて、溶液中のDNAを選択的に取り出す手法で、常温で15分くらいでやったり、-80˚Cで1時間置いたり、ラボごとにさまざまな流儀がある。一方、DNAシークエンシングの現場ではエタノール沈殿ではなくPEG(ポリエチレングリコール)...

nondomain.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

冨山和彦さん、舌鋒鋭いですが、「4年間もレジャーランドで遊ばせているだけだ。」みたいな発言を頻発するあたり、自分が大学に在籍していたン十年前のイメージをいつまでも引きずっているんだろうな、という印象。今の学生さん、すんごい勉強してます。

アニ

@gorotaku

6 years

例の「G型L型」が散々叩かれたことを随分根に持っているのか、ひたすら大学への憎悪を扇動するような言説を振りまいている。 / “異見交論43 国立大への税金投下に「正当性なし」冨山和彦氏（経営共創基盤代表取締役CEO） : 異見…”

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

1 year

理研の新しい若手向けPI制度。その名もECL。ウエスタン試薬ではありません。TLの給与は約1000万/年。研究費は1~4000万/年。任期7年。ULの給与は約850万/年。研究費は1000万/年。任期5年。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

理研の懲戒委員会が今後どのような判断を下すのかは分かりませんが、現時点において小保方氏が全く非を認めていないということは同業者として、また、一庶民として、絶対に許せません。しかし、非を認めた上で、反省し、新たに研究に取り組むのであれば、その機会は奪われるべきではないと思います。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

1 year

Genes to Cellsに非ドメイン生物学についての総説を書きました。配列から機能がわからない新規遺伝子ってまだまだたくさんあるよ、生物のパーツの記載はまだ終わっていないよ、というメッセージが伝われば幸いです。

Nondomain biopolymers: Flexible molecular strategies to acquire biological functions

This review challenges the long-held belief in molecular biology that the functionality of biomolecules solely hinges on conserved sequences and their resultant structures. Instead, we explore the...

onlinelibrary.wiley.com

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

ほとんど支持されていないのが、いわゆる大学院講義。講義の必修単位が多すぎるという声がアンケートでは目立ちます。研究時間とのやりくりが大変だったという声も。これは僕も同じ感覚です。講義が悪いんじゃ！という意見もあるかもしれませんが、どれだけ工夫を凝らしても講義は所詮座学です。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

北大は今年からPythonを習う情報学が必修科目になったらしい。すばらしい。むしろ僕らが置いていかれないようにしないと。。。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

Heroタンパク質をタグとしてつけると精製困難なタンパク質のリコンビナントがあら不思議簡単にとれますという泊研からのプレプリントです。

Stabilization of recombinant proteins by fusion with heat-resistant obscure (Hero) proteins

Although recombinant proteins are widely used in biotechnology and pharmaceutical industries, improving their solubility and stability is often a challenging issue. We recently discovered a class of...

www.biorxiv.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

miRNAは論文工場の標的になりやすく、標的配列を持つmRNAががん細胞で上がった・下がった、miRNAのoverexpressionとknock downで表裏が取れた、という棒グラフのデータを出されたら、多分実験したらそうなるし矛盾はないので、査読に回ると落としようがない。lncRNAも同様。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 months

まずもって、雑誌が増えすぎて、論文数は超インフレ。論文の一本あたりの平均の価値はだだ下がり。そのくせ要求されるデータの数は時代の進歩もあって増えまくり。すこぶる不健康。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

学術変革「非ドメイン型バイオポリマーの生物学」が始まります。一次配列からは機能予測が出来ないRNAやタンパク質がまだまだあるよね、ということで、それらの機能を分子・細胞・個体レベルで階層横断的に明らかにしてゆくことを目指しています。

令和3年度科学研究費助成事業「学術変革領域研究（A）」新規の研究領域について：文部科学省

www.mext.go.jp

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 months

ChatGPTさん、タンパク質の配列を投げて、アミノ酸組成のグラフ作って、と頼んでみたら、合点承知とかえしてくれた。講義資料づくりが捗る。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 months

兵庫県立大の今高さんからはN末端のお話。タンパク質のN末端はmRNAの5'に負けず劣らずいろいろな攻防が行われているというのはあまり教科書にも詳細がのっていないのであまり意識はしませんが、N末タグをつけて痛い目にあったという話は、たしかによく聞きます。

N末 | 学術変革領域研究(A) 非ドメイン型バイオポリマーの生物学

タンパク質のN末にもドラマが展開する。AUG = Metではあるが、Metそのものにはあまり意味はなく、多くの場合除去される。タンパク質によっては2nd アミノ酸も除去され、おまけにアミノ末端がアセチル化される。beta-アクチンはN末がアセチル化されなかった場合アルギニンが付加され、繊維化に影響を与えるとされている。このN末の攻防を試験管内で研究するために我々は再構成翻訳系を利用している。...

nondomain.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

使用後のキムワイプ箱はゲル撮影装置にもなる。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

ChatGPTに科学技術予算の配分について聞いたらまさに我が意を得たりの答えが帰ってきた。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

さすがにこの資料には吹いた。過学習というかなんというか、そもそも相関係数0.19って。。「教員の負担感の軽減にはコピー機が効果的との調査結果がある」

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

奈良県立医科大学の森英一朗さんや九大の松本有樹修さんと「従来の常識の枠に収まらないバイオ分子」について隔月でわいわい話すランチョンフォーラム「タタバイオ分子クラブ」を始めます。第1回のwebinarは11/15。登録はこちらから！学生さんも大歓迎です。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

8 months

なお、この論文のpdf、50日間は無料でこちらのサイトからご覧いただけます。進化に興味のある方、RNAの機能に興味のある方、ぜひご覧ください！

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

1 year

東大薬学の篠田さんからは、先程の安原さんの話題にも関連しますが、細胞自動セグメンテーションについて。TrackMate-Cellposeというツールが超絶便利なようです。

細胞自動セグメンテーションAI | 学術変革領域研究(A) 非ドメイン型バイオポリマーの生物学

2022年は画像生成AIのMidjourneyや対話型AIのChatGPTなどの登場で、人工知能に明るくない私ですら、その急激な発展を目の当たりにした年でした。生物学の研究領域においても人工知能との融合が叫ばれている様相です。ただ、実験プラッテでピペットマンを握っているだけではなかなか融合できないようで、その恩恵にあずかることなく2023年を過ごしていました。そんな牧歌的研究者な私でしたが、...

nondomain.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

とある総説を書くのにタンパク質のドメイン構造を書く必要に迫られて、fastaファイルさえあれば簡単にggplotでかけるみたいだったのでネオタクソノミグログにまとめてみました。このブログいつまでかきこめるんだろう。。。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

なんで私がXXに？なのですが、今年度より、日本RNA学会の会長を務めさせていただくことになりました。クソ長い挨拶を聞かされるのは嫌いなのですが、クソ長い挨拶文を書いてしまいました。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

Zoomと同じようなミーティングができるGoogle meetのcaption機能がすごい。英語で喋るとリアルタイムで字幕で表示。専門用語でなければ変換率ほぼ100%。めっちゃ日本語訛りで発音しても正しく変換されるので発音の練習には使えなさそうだけど、相互理解の助けになるのは間違いない。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

科研費に加え、給付型の奨学金の拡充も喫緊の課題なのではないかというのが、久しぶりに大学に戻って感じたことでもあります。２０代の学生さんは４０代のおっさんが５年かけても学びきれないことを１年経たずに身につけます。その貴重な時間をアルバイトに取られるのはあまりにももったいない。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

bioRxivに出てた泊研の坪山さんのHero論文、PLOS Biologyからpublishされたようです。全長にわたって構造を取らないHeroタンパク質群。様々なタンパク質保護活性や病原性凝集体形成阻害活性、寿命延長活性があるのも驚きですが、個人的には圧巻はFig4D。

A widespread family of heat-resistant obscure (Hero) proteins protect against protein instability...

This study shows that a family of proteins that remain soluble after heating to 95 ºC (“heat-resistant obscure" or Hero proteins) are widespread in flies and humans, serving to stabilize various...

journals.plos.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

ポスターはもちろん @tokurontinus 安定のパワポアートです

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 months

ちなみに普通のクローニング（2フラグメント）でいいのなら、このブログでも触れられていますが、京大北畠さんのExoIIIとExoTのSLiCEがコスパ最高です。NEBのbuffer4を適宜薄めて付属のBSAとまぜまぜするだけ。

Quick and affordable DNA cloning by reconstitution of Seamless Ligation Cloning Extract using...

Molecular mechanisms underlying the widely accepted Seamless Ligation Cloning Extract method were elucidated. A novel protocol was developed for quick and affordable seamless DNA cloning. Commercial...

onlinelibrary.wiley.com

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

新規"超天然変性タンパク質"群の驚くべき性質 from 泊ラボ - 病原性凝集体の形成を阻害する活性がある - 全長に渡って天然変性 - ボイルしても失活しないし溶けている - ハエの寿命が延びる

A widespread family of heat-resistant obscure (Hero) proteins protect against protein instability...

Proteins are typically denatured and aggregated by heat. Exceptions to this principle include highly disordered and heat-resistant proteins found in extremophiles, which help these organisms tolerate...

www.biorxiv.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

STAP騒動の顛末について僕がずっと考えていた事をまとめました。野依理事長が論文は撤回すべきであるという考えを持っておられる事を公にされたらしいので、ようやく仕事に戻れそうです。STAPが存在していても、撤回されるべき論文ですから。 http://t.co/njmwxH0orR

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

これって多分すごい重要で、チューブのタッピングのやり方からピペッティングの際のピペットマンの角度、速度、ありとあらゆるパラメーターが実験の上手い下手を決めている。岡田（康）さんの名言「あたりまえのことはプロトコールには書いてない」。

Genki Kanda

@Kd_Gn

6 years

ロボット実験だとありとあらゆるところが設定パラメータになりえる。 CO2インキュベーターの扉をゆっくり閉めるのも雑に閉めるのも全部数字に落とせる。超こまかくて地味だけど、実験が上手い人と下手な人の差はこういうところに現れる...のか？みたいなのも検証できる。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

何か新しい施策が出るたびに一番効果があると現場の人間が思っている研究室での研究活動の時間がどんどん削られてしまうのは残念。半年卒業式を前倒ししても良いから、大学を卒業してから、大学院を卒業してから就職活動なりインターンを行うようすれば効果絶大のような気も、、、

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

矢印のところに黒いカスがたまっていて接触不良を起こしていたらしい。キムワイプで拭いたら超絶復活した。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

以上、たぶんこれがSTAP事件に関するコメントの最後になると思いますが、現時点で僕自身が思っていることをまとめてみました。最後になりますが、あと、繰り返しになりますが、非を認めた人が再出発することは、何があっても妨げられてはいけないと思います。非を認めた人ならば。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 months

もともと、地方の大学でもスパイスがピリリと効いた個性的な研究をしている人がたくさんいたのが日本の研究の良いところだったはずなのに、気がついたら東大と京大と理研の人だけ、という事になりかねないのではという危機感が。法人化にまつわる諸問題が一番の原因でしょうが、

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

塩見の春さんがRNA学会の会報に寄せられたエッセーがとても刺激的です。タコの話に始まり、衰退しつつある国という意味でのJapanification、それにからめた昨今の生命科学の昨今の潮流に関することがらなどなど。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

研究をしているといろいろな喜びがありますが、うちでもやってみたら再現できたよ、と言われた時の嬉しさは、初めてそれを見つけた時と同じぐらいの嬉しさがあります。それを共有していくことが、サイエンスだと思うんですが。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

沖縄発（というか航空便）で、なぜ研究材料が普通の宅配便で送れないのだろう？精製抗体とかDNAとか、日常的に飛行機に乗せているお肉・野菜・乗客よりはるかに感染性や危険度の低い「サンプル」が規制のため送れないというのはとっても不便。#河野太郎案件で一発解決は無理にしてもなんとか、、、

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

1.については、母国語でサイエンスを語ることが出来るという環境自体はとても貴重なものであるということ、やはりその機会はどこかで作っておいたほうが良い、という、昭和生まれのオッさんの発想です。令和生まれの人が大半になる頃には状況は変わるかもしれませんが。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

7 years

大学院の修士2年になると皆さん就職活動で研究室を離れます。平均で4ヶ月、長い人で半年ほどでしょうか。現状の人事採用システムでは仕方がない事のようですが、これって、とってももったいない事のような気がします。本来ならば受けられるはずの研究・教育の機会を自ら放棄しているわけですから。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

大塚さんのiGONADの詳細プロトコール、Nature protocolsで公開されました。ミニプレップ並みの時間と手間でゲノム編集マウスができてしまいます。ニワトリエレポ以来の（それ以上かも）衝撃です。小さなラボでも手軽に変異マウス解析が可能に！

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

これも既に指摘されている事ですが、重要なので。「STAP細胞が存在しない」ということを言い切る事は出来ませんが「STAP細胞が作られた事実は無い」ということは、既に多くの客観的事実によって示されています。「本人が信じているのだからやらせてあげれば」というのは道理が通りません。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

古市さんから教えていただいたmRNAに関する読みもの。リポフェクションの発明からmRNAの基礎研究、さらにはmRNAワクチン開発まで、とても読みやすく解説されています。特に"Discovery"の章は勉強になり、講義にも役立ちそう。

mRNA is central to production of proteins in the body which makes it an ideal tool for therapeutics...

How mRNA has revolutionised the development of vaccines and could change the therapeutics landscape

www.whatisbiotechnology.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

不必要にでかいpdfファイルはMacのプレビュー> 書き出す> Quartzフィルタでファイルサイズを小さくする、を選べば簡単に小さくできるらしい。とある論文のレビュー用のpdfがなぜか240MB超えでびっくりしたけれども4MBまで減った（目に見える劣化なし）。

Macの「プレビュー」でPDFを圧縮する

Macの「プレビュー」で、PDFの圧縮バージョンを作成して、記憶領域を節約します。

support.apple.com

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

「研究者に安定したポジションを！」という声への反論として、「サボっていても安定なポジションが欲しいのか!」というニュアンスの声がよくありますが、そこそこ頑張っていてそこそこ成果も出ているのにクビになる、という状況はやはり何とかしないといけないと思います。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 months

エンハンサーによる転写制御についての、東大定量研の深谷さんのおもしろ総説。古典的なループモデルから深谷さんの最近の転写バーストやcondensateのお仕事まで。 Regulatory landscape of enhancer-mediated transcriptional activation: Trends in Cell Biology

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

9 years

阪大の不正経理の件。執行機関でのチェックを一層厳しくするよりも、繰越の簡素化や基金化をしたほうがこの手の不正には絶大な効果があるはずなので、そういう方向で議論が進んでいく事を望んでいます。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

4 years

ポスター全体を選択するとフリーズしそうになる。。。 @tokurontinus

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

「非ドメイン生物学」の公募研究の応募が始まりました。BLASTしても機能がわからない「へんてこ」な遺伝子産物、既知の遺伝子産物でも光が当てられてこなかった謎の領域、そういったものに注目した研究をされているかたのご応募をお待ちしております！400万円/年、18件です。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

オンラインのポスターで悩ましいのが、悪意のある人によるスクショ＆二次利用ですが、MacのAutomatorで標準機能でpdfに簡単に透かしを入れられるのは便利でした。パワポでも気になるときは全てのスライドの前面に透明度1%ぐらいの透かしを入れておくという手もあるのかも。

Macの標準機能だけで、PDFに社外秘やロゴマークなどの透かし（ウォーターマーク）を入れる方法

新しくアプリを入れることなく、Macの「Automator」という簡易型プログラムを使います。プログラムと言っても誰でもカンタンにできますので、手順を詳しく図解入りで説明します。なお、これ以降の説明では、「透かし」や「ウォーターマーク」を「透かし」で呼ぶこととします。

yama-mac.com

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

近藤さんこれ解説してーこんな綺麗な反応拡散波があのカエルの卵にあるなんて知らなんだ。

Morgridge Institute

@Morgridge_Inst

5 years

ICYMI: Congrats to the winners of the Cool Science Image Contest, including our own @henryhetired of @huiskenlab with Ani Michaud of @CMB_UWMadison for their timelapse video depicting waves of proteins undulating throughout a single frog cell

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

久しぶりにRNA-Seqの再解析したのですが、fasterq-dumpとpigzの組み合わせでサクサク快適にfastq.gzを用意できるのをいまさら知りました。この手のツールはたまに知識のupdateをしないとダメですね。

SRA Toolkitのfasta-dumpを高速化した fasterq-dump - macでインフォマティクス

2019 4/29 複数ファイルダウンロード例、8/13 ダウンロード例のコード修正、12/18 インストールエラー修正、12/21 実行例追記 2020 1/21 ダウンロード例のコード修正、4/1 リンク追加 2023/07/22 docker イメージ例追加タイトルの通りのコマンド。使い方だけ簡単に紹介します…

kazumaxneo.hatenablog.com

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

STAP疑惑に対する理研の当面の対応が発表されました。研究者の間で守られてきた数々の規範（ただし法律には書かれていない）をことごとく踏み荒らした関係者が、なぜここまで鄭重に扱われるのか。僕には到底理解の出来ない対応です。 http://t.co/s2YoIPE6Kj

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 months

こちらも基生研の片岡さんからはパ液滴観察から鞭毛虫観察まで、パンチ穴シール大活躍の顕微鏡観察法です。たかがブログ、されどブログ、軽いタッチから意外と重厚なボリュームの実験ハック。

パンチ穴シールを使って顕微鏡観察 | 学術変革領域研究(A) 非ドメイン型バイオポリマーの生物学

自分で採った生き物で研究してみたいと思いつつも、なかなかそこまで手が回らない基生研の片岡研介です。私はテトラヒメナ（Tetrahymena thermophila）の純系という、実に扱いやすい繊毛虫の株で研究をしていて、最近になるまで野生のテトラヒメナを見たことがありませんでした。数年前にちょっと見てみようかと、その辺の池の水を覗いてみたのがきっかけで、最近では暇を見つけては野生のテトラヒメ...

nondomain.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

11 months

キャップ構造は惜しくも昨年ご逝去された故古市泰宏博士と故三浦謹一郎博士が大きく貢献された発見です。カイコに感染するウイルスを材料にした研究から始まったというところが、一見何の役に立つかわからないところから大発見につながる基礎研究の醍醐味。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

神田さんはとても文章が上手いと思います。「無競争で既得権維持の運営費交付金」という文言を見れば、これって悪いよねそうだよねとなりますが、運営費交付金はインフラ整備・維持に必要なもののはず。「道路が壊れても、あなたの町は生産性が低いから直しませんよ」という政策は正しいの？

山形方人(nihonGO)

@yamagatm3

5 years

週刊経団連タイムス：財務省から科学技術・イノベーション政策について聞く (2019年3月7日 No.3399)

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 months

実はひっそりと次々と更新されてるノンドメインブログの紹介です。まずは横市の鈴木さんの「遺伝子クローニングとコストダウン」。TAクローニングにしろIn-Fusionにしろ、薄めて使う、半分の量で使う、は鉄則ですね。

遺伝子クローニングとコストダウン | 学術変革領域研究(A) 非ドメイン型バイオポリマーの生物学

　みなさん、日頃どのように遺伝子をクローニングされていますか？遺伝子クローニングが思い通りにサクサク進むかどうか、遺伝子クローニングの効率は実験の進捗に直接的に影響する要素です。ちょっと遺伝子を乗せ換えるだけのはずなのに、思いもよらぬトラブルで実験が遅延してしまうと、なんとも言えぬストレスですよね。　私が研究をはじめた13年前頃には、制限酵素消化とライゲーションが遺伝子クローニングの主流だっ...

nondomain.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

PhDコースで学ぶ重要なことの一つが、データの取り方や解釈を間違えていると仕事が次のステージに進まないってこと。そのまま進めるとおかしなことばかり出てくるし、やり方を見直さないとダメ。こういう記事を目にすると、国公一種にPhD枠をつくってほしいなと、切に思う。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

10 years

農工大の助教の方が、大学院時代に発表した論文でいわゆる「末端コピペ」があったことを自ら表明し、Oncogene誌の論文取り下げを申し出た上、学位論文の一部でもあるので学位剥奪もあるとコメント。STAPとは対極的な判断ですが… http://t.co/yexPxbyX3P

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

7 years

ついに出た熊大の太田さんのリボゾーム論文。リボゾームを取り込ませるとMEFが多能性を持つ細胞に変わるという驚きの論文。常識を覆す発見はなかなか既存の権威者には受け入れられないのかなあと想像。。。

Shinichi Nakagawa

@EnShinichi

7 years

Is there any RNA-related issue that is more surprising than this? Astonishing result from Kunimasa's lab. Ribosome Incorporation into Somatic Cells Promotes Lineage Transdifferentiation towards Multipotency

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

免疫沈降だって条件を変えればどんなタンパク質だってくっつくし、相互作用因子が取れたことにしようと思えばいくらでもできます。でも仕事はそれでは進まないし、次の展開も望めない。いろいろな指標を恣意的につくっても実践的にはなんの役に立たないというのを徹底的に叩き込まれるのがPhDコース。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

3 years

東大定量研泊さんのノンドメインエッセー。セレンディピティーが生まれるところにはわけがある、というのは本当にそう思います。古市さんがよく使われているYMW (Yatte Minakereba Wakarandehanaika)も、僕が大好きな標語です。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

6 years

E9.5-E13.5までのマウス胚1細胞RNAseqやっちゃいましたサイト。Allen Brain Atlasもそうですが、こういうツールが自由に使えるようになって無くなる仕事と無くならない仕事があって、たいていは無くなって欲しい仕事が無くなるので、技術の進歩はすごいなと思います。

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

5 years

北大薬学部若手のホープ横井さんのメダカ論文です。愛情ホルモンとも呼ばれるオキシトシンシグナルが欠損すると、オスでは親密だった異性への好みが増し、メスでは逆に親密だった異性への興味が失われる。同じホルモンなのに、不思議。

Sexually dimorphic role of oxytocin in medaka mate choice | PNAS

Oxytocin is a central neuromodulator required for facilitating mate preferences for familiar individuals in a monogamous rodent (prairie vole), irr...

www.pnas.org

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Shinichi Nakagawa

@smoltblue

2 years

羊土社さんから相分離関連の実験のプロトコール本が出版されます。この分野の先駆者、加藤研の秘伝プロトコール他、実験の具体例が満載です。