さかん　ゆー @SaKanYoo1 Twitter profile

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さかん　ゆー

3 years

1. 暗黒の細胞死、エレボーシス論文 @PLOSBiology 。神戸大学生のハンナと @HIroshi5Nishida がメインでやった仕事。これまでアポトーシスによって制御されると考えられていた腸のターンオーバーが、アポトーシスではなく、全く新規の細胞死（エレボーシスと命名）で起こる。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

論文何本書いても忘れること。数字と単位の間は基本スペースをいれる: 2 ml, 24 h, 5 min。でも、%と℃だけ例外: 5%, 37℃ 9以下の数字はスペルアウトする: Nice cells, three replicates。ただし、単位がついているとスペルアウトしなくてもよい。 10以上は、文頭じゃなければスペルアウトしない

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

9 months

英語を添削していてちょくちょく遭遇すること。そして、これは、ChatGPTでもDeepLでも英文校正でもおそらく見逃されること: There were no effects in both groups. 両方のグループで効果がなかったって言いたい時が多いけど、これだと、部分否定で片方には効果あったとなる。"in either group"が適切

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 months

大学院ラボ選びは、研究テーマより、・PIとの相性・PIの教育精神・学生筆頭の論文が出てるか・学生の進路/卒業年数が大事。と思うのだけれど、皆さん、研究テーマ一択になりがち。テーマで選ぶ危険性は、テーマなんてポシャる可能性高いし、そもそも魅力的なテーマは既に他のラボメンがやってる

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

8 months

論文を読んだら論文の書き方は勉強できるけれど、研究の進め方はわからない: 論文のウソは、論文を書いている時点で全ての結果がわかっているのに、わかっていない体で、リザルトが俯瞰的かつ臨場感をもって論理的っぽく書かれること。データの順番も実際に行われた順番とは違う。現場はもっとカオス

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

9 months

論文を書くときは、文学作品ではないので、一文一文が一つの解釈しかできないような書き方をすべき。「この関係代名詞は片方にかかるのか両方にかかるのか」みたいな、読み手に解釈のスペースを与える文章は書かない。あと、なんでもかんでも "and"でつなぐとブサイク。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

4歳児にハエ遺伝学の英才教育🪰

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

何本か論文書いた人には当たり前だけれど、「探索的な研究活動を行うプロセス」と「論文にまとめて論文を通す」というのは似て非なるもの。後者は多分に戦略的な要素が多い。このあたりの事情を純粋な学生さんに伝えるのは若干罪悪感を感じたりするけれど、ある程度戦略的にならないと論文が通らない。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

"さようなら"は、"左様ならば是にて御免”という武士言葉に由来するということで、めっちゃジャパン感のある表紙 @embojournal 細胞死を起こすSayonara遺伝子の発見death。 Thanks to @TeamSciStories

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

科研費の審査員は、この審査基準を見ながら採点するから、この審査基準を熟読するとよいとのアドバイスをいただいた。

審査・評価について｜科学研究費助成事業（科研費）｜日本学術振興会

日本学術振興会の科研費に関するページです。

www.jsps.go.jp

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

研究で一番大事かつ難しいのは、よい問いをたてること。解決力がキットやAIで陳腐化する中、問う力は益々重要。学校の勉強は、すでに「よい問い」があるし、へたしたら、大学院、ポスドクも、すでによい問いが準備されているかもしれない。独力で問いを立てることが、本当の意味での研究の始まり

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

1. 細胞死の定説にサヨナラ！過去20年以上ショウジョウバエには存在しないと考えられてきたBH3-only proteinを発見し、サヨナラと命名。京大博士学生の池川さんがとても頑張った仕事（学位おめでとう！）

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

論文が出始めて認めてくれる人より、論文が出る前から認めてくれている（信じてくれている）人の方が、ダントツで信頼できるというか優しさを感じる。僕もそういうことをできる人間になりたい。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

8 months

研究者と直接会って話すことの意義は、論文やトークからは伝わってこない「不完全さ」を肌感覚で理解できること。論文やトークで完璧っぽいストーリでも、直接話すと色々「実はね、、、」みたいな感じで不完全さを教えてくれることが多い

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

研究者なら、誰でもインパクトのある研究をしたい。そのためには、真に新しい発見をする必要がある。僕の観測範囲では、真に新しい発見がなされるのは４つのパターンがあった。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

大腸菌でのトランスフォーメーションとか調べていたら、半年くらい前の論文で、トランスフォメーションでシングルコロニーにプラスミドひとつしか入らないっていのはウソ、っていうのがあるんですね。。。

High rates of plasmid cotransformation in E. coli overturn the clonality myth and reveal colony...

Scientific Reports - High rates of plasmid cotransformation in E. coli overturn the clonality myth and reveal colony development

www.nature.com

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

論文出ていない時は、複数のプロジェクトをやっていると、手を広げすぎ、と言われる。論文が出始めると、計画的にうまくやっている、と言われる。というわけで、何を言われようと自己責任で自分の信じる道を突き進むのがよい。（論文出る前から応援してくれる応援団がいると、元気100倍だけれど）

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

24 days

個体老化（aging)と細胞老化（senescence)は、日本語ではともに「老化」だから近年混同されがちだけれど、全く違う概念。細胞老化は、本来、培養細胞の分野で「分裂細胞が分裂できなくなる」現象を説明する概念で、生物の老化とは別物。個体老化中に細胞老化が起こるのは全然自明じゃない

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

9 months

同様に、All conditions didn't work.　とあると、これは、書き手は、「どの条件もうまくいかなかった」と言いたい時が多いけれど、読み手は、「全部はうまくいかなかったけれど、一部はうまくいった」という部分否定でとることが多い。"None of the conditions worked"とか明確に書くとよい

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

金曜の集まりで聞いたんだけれど、組織から細胞バラす時に、37Cだと遺伝子発現変わって気持ち悪い時は、ヒマラヤの氷河のバチルス由来のプロテアーゼがよいとのこと。これなら、４Cで使えて、結構いいらしい。シグマでも売っている。元論文は、たぶんこれ。僕らも使おうかな

Dissociation of Tissues for Single-Cell Analysis

It is now a routine to carry out single-cell RNA-Seq to define the gene expression patterns of thousands of cells, thereby revolutionizing many areas of research. Projects are underway to use these...

link.springer.com

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

8 months

独自性のある研究を行なったり、独自性のある論文を出すことは正直そこまで難しくないと思う。刹那的閃きでなんとかなる。難しいのは、一発屋にならずに、独自性のある研究を起点として新しい潮流を生み出すこと。これは難易度が圧倒的に高い

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

ジンベエザメのロドプシンの１アミノ酸置換が、タンパクの安定性を少し下げる代わりに、青の光を吸収しやすくなった。深海だと温度が低く暗いからこのトレードオフがよい、という話。同じアミノ酸が人の夜盲症に関わっている。 PNASにフィギャー１枚というのが大変かっけー。おめでとうござます！

𝙎𝙦𝙪𝙖𝙡𝙤𝙢𝙞𝙭 - shark & ray genomics & beyond

@Squalomix4earth

2 years

Published in @PNASNews Our in-depth research of whale shark vision based on genome informatics and in vitro experiments-'Whale shark rhodopsin adapted to deep-sea lifestyle by a substitution associated with human disease' @Squalomix4earth @KurakuLabMSM

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

面白い研究をやっていく上で大事なのは、「違和感を大事にする」こと。データがでて、小さな違和感を感じる。僕の経験上、「やりぃ、大発見！」みたいなのは、ほとんどなく、だいたい小さな違和感があって、その違和感を時間をかけて育てていくと、徐々に新しい何かが生まれる、みたいな研究が育つ。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 months

PhD取得するまでに、少なくとも自分の携わっている限局した分野では、知識や研究立案能力でPIを超えることは必須だと思う

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

ラボの学生のハンナさんが撮った写真なんだけれど、ハエ遺伝学の神髄がつまってる。この写真で10個フェノタイプ見つけたらセミプロ、20個いったらあなたすげぇプロあるよ。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

6 days

偉い先生が、「PIたるものは1-2時間でサクッと数ページの申請書や報告書を作文できなきゃね」と言ってたけれど、そういう能力をもった人は強い。そもそも、それができる人は、書いてアウトプットする行為が好きなんだと思う。僕は基本、論文読んで妄想する方が好きなインプット派

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

9 months

論文をレヴューする時の心がけ 1. 合理的なレベルの批判性で読む 2. 全体の流れと細部の両方に注意する一方、全体のロジックをより重視 3. 本旨から逸れる実験は要求しない 4. 懲罰的にならない（実験を初めから全部やり直す、みたいなことを求めない） 5. 著者にとって遂行難航な実験を極力求めない

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

1 year

今年大量発生のカメムシがいたのでハエトリソウにあげた

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

8 months

GFPだけれど、PFAだと大分蛍光維持され、メタノールだと一瞬で変性して消える。pHは、ライブの話で、酸性では初めは可逆的に蛍光が消えて（この段階では固定すると蛍光が上がる）、次に酸で不可逆的に蛍光が消えて、最終的に多くの場合分解される。酸で蛍光消えず、分解もされない無敵タンパクがTOLLES

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

昨日高校で「実験ばかりしていたらいつの間にか研究者になった話」をした。質疑応答で「学歴至上主義についてご意見を！」と聞かれて面食らった。研究者は学歴より研究内容が大事、と無難に答えたけれど、正直、高校生にああいう質問をさせてしまうような教育業界（日本社会？）のラン��主義はつらい

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

どこの雑誌に論文を出しても内容がよければ認められる、っていうのは長期的には完全な正論なんだけれど、誰かのキャリアや進路がその論文にかかってくるとそんなことを言っていられない、というのはアカデミアのジレンマ。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

いわゆる「研究が爆速で進む人」というのはこのあたりの事情をわかっていて、探索的プロセスと論文に通す作業が密に連関していて、無駄が極度に少ない。ただ、一方で、無駄もある程度あった方が、深い理解につながるよね。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 months

学生やポスドクは、ネットワーキングを目的とした意識の高いネットワーキング活動は不要だと思う。そんなことより、論文をちゃんと出して、学会で鋭い質問を何個かする方が、断然将来につながる

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

良い問いをたてる一つの方法として、定説を疑う、ってことがある。問題は、どうやって定説を疑うか。実験・研究してる中で、「あれっ、これって、これまで知られてることと何か違う気がする、でも自分が間違ってるかも、でも何度やっても違うな」みたいな、弱い「ひっかかり」を見逃さないことが大事

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

コロン(:)は、「すなわち」: The 2020s suck so: Covid and Putin suck. セミコロン（;)は、対比・順接・逆説なんでもあり: Cancer invaded the tissue; the tissue died. Cancer invaded the tissue; the tissue responded to it. セミコロンをエレガントに使えたら、一番それっぽく見える。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

1. やっとwhite論文がオンラインになった @NatMetabolism 。関学修士の佐々木さんがメインでやった仕事。内容は、トーマスモーガンが100年以上前に初めて見つけた変異体の責任遺伝子のwhiteが、葉酸を介して老化時の幹細胞の過増殖を制御するということ。下の絵は by @ucchy_v4

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

1. 論文ってどうやったら書けるんですか、ってたまに聞かれる。アドバイスは、1)1-3個のお気に入りの論文を深く読み込んで、そのスタイルを真似る。2)いわゆるvomit方式で、頭の中に思い浮かぶことを吐き出すように猛スピードで書き出し、全体像を完成させる。あとは修正を繰り返す。これで論文できる

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

前も書いたけれど、フツーの人が、インパクトのある研究をやるには、誰も疑問に思っていないことを疑問として提案する、ドグマを否定する、の二つがある。もう一つは、皆が疑問に思っている未解決問題をぶっちぎりの知能かテクで解決だけれど、これは一番難しい。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

今回の論文、自分史上最も苦労した。Elife review > reject＞Reviseして再度elife＞editor kick > Revise原稿をPlos geneticsにtransfer＞ 1stドラフト扱いでめっちゃ厳しいレヴュー＞避難＞Natureメタボ＞Revise > 2nd revise > なんとリジェクト > アピール > 復活! >3rd revise >アクセプト。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

大学院/ポスドクラボを選ぶ時の基準・サイエンス・PIとの相性（お互い様）・ラボの論文発表スタイル（大谷 or イチロー）・ラボの教育方針（放牧系か熱血指導系か）・ラボを出た人の進路好みは人それぞれ。サイエンスだけで選ぶのは危険。でも、考えすぎず、自分の「直感」が一番大事かも

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

バークレーにいた時、ノーベル賞をとったランディさんとランチをする機会があって、ジョブサーチの時に何を一番見るの？って聞いたら、論文とかじゃなくて一言、"difference" って言ってた。まぁそういうことのようです。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

発生中の幼虫の餌を薄めるとある時点までは発生が遅れるんだけれど、いわゆるクリティカルウェイトをこえると、餌を薄めると発生が遅れるどころか、早まる。これ、ずっと不思議だったんだけれど、そのメカニズムの一端がわかったという話。ってか、一番驚いたのは、論文にtwitter accountがのること

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

10 months

ラボ最初の研究員の、PI栄転が決まった。何の実績もない、ラボが立ち上がったばかりのノルかソルかわからない時期にリスクをとって参入してくれて、ラボを色んな方面で盛り上げてくれて感謝。というわけで、研究員募集します！（はい、これを言いたかったんです）楽しく研究しよーぜ

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

実験科学で道を切り拓くには、「まあとりあえずやってみるか」って深く考えずに動けるフットワークの軽さ（"やる気”ってよく言われる）と、立ち止まって深く考える能力、この一見矛盾する態度を自分の中で両立させるのが大事だと思う

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 months

将来PIを目指すなら、ポスドク先は、トップジャーナルをバンバン出してるけれどPIがほとんど出てないラボより、中堅誌だけれどPIをコンスタントに輩出しているラボが断然よい。後者は、放置/放牧系が多い印象。若手PIはトラックレコードがないので、ハイリスクハイリターン💰

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

これがプロの技。一部解像度が低くて、心の目を使ってるあるです。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

アカデミアのネガティヴな話が色々流れてくるけれど、基本的に、ハッピーな状況の人たちは、自分たちはハッピーだ、って声を大にして言わないよね。でも、僕自身は、研究者になってとてもハッピーな人生だと思う。未だに、実験・研究を楽しくやってお金もらっていいんですか、って感覚。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 months

ジャーナルクラブの発表は、もちろん自分の研究発表よりも難しい。以下の点が大事 1. 自分のお気に入りの論文を紹介する 2. 著者としての立ち位置で発表する一方、批判的視点も忘れない 3.(これが一番難しいけれど）その論文の分野での立ち位置がわかるようなイントロ・バックグランド紹介

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

USではプレゼンの授業があった。「よいプレゼンは、ワイングラスのようなものだ」と教えられる（ウソです）。でも、ワイングラスのような形を意識すると、よいプレゼンができるのは本当。ポイントは、広い話から入ってそれをすぼめて、最後に開く、ということ。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

24 days

細胞老化の難しいのは、神経とか分化した多くの細胞が、post-mitoticかつbeta-gal positiveで、細胞老化と細胞分化の切り分けは実は極めて難しい。なので、分化細胞の”細胞老化”みたいなことをディスカッションするには、そもそも分化と細胞老化の違いとは、みたいな話を突き詰める必要がある

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 months

ハエトレナイソウ。捕虫葉を閉じれない変異体

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

生物の発生時間を遺伝的に伸ばすのは簡単だけれど、短縮は難しい。一方、寿命は短縮させるのは簡単だけれど、伸ばすのは至難。「壊れる系」フェノタイプは簡単にでるってことだけれど、よくよく考えると、人生のどこかの時点で、物理的な時間の生物学的意味が変わることは興味深い

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

今日はハエの日。英語のtwitterで知ったんだけれど、ハエ業界で最も有名な変異体w1118の名前は、11/8に単離されたかららしい。ルービンの元論文（）にも由来は書かれていないけれど。こんな日は、僕らのwhite論文（）読もう！ Drawing by @ucchy_v4

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

人体最大の臓器は皮膚ってよく言われるけれど、実はこれは間違いで、皮膚の表面積はたった2 m²くらい。で、一番は、腸なんですよね、というわけでもなく、実は肺なんだって。腸が30 m² で、肺が70 m² くらい。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

よく話題になるけれど、「すべてのトークをジョブトークと思ってやりなさい」というのはたぶん本当。ノーベル賞のランディも言っていた。でも、ラボミもジョブトークと思ってやろうぜ、とかいうと、パワハラとか言われそうですね。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

1. ガラクトースセンサーの開発 @PlosBiology 。神戸大学生 @hitsujican の仕事。GALDAR1/2は、酵母GALシステムをまるっとハエに移植。GALDAR3はGAL4-UAS非依存的なセンサー。グルコースフラックス解析にも応用可能。GALDARを使って腸幹細胞が糖を取り込まないことを発見

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

僕の観測範囲では、Nature, Scienceに論文でも、圧倒的に４のパターンが多かった（表面的には、1-3のどれかの形式をとるけれど）。すなわち、どんな陳腐な発想の実験でも真面目にやって素直な心でデータを解釈するのがよい。でも、1や3を初めから狙ってローテクでやるのは超クールだと思う。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

4. 陳腐な疑問や銅鉄実験からスタートするが、スタンダードなテクニックもしくは新しいテクニックで、思いもかけないデータがでて、それで疑問を「再発見（再定義）」して、方向転換して研究を進めていく。売り出す時は、1-3のどれかの形式をとる。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

ラボに学部生の頃から出入りしていて、修士・博士をとったIさんが今日で卒業。最後の最後まで実験を完遂。ラボ３人目のPhD。４月からは大手製薬で働くから、マジメな外見になるとのこと（？）。ラボメンが去る時はいつもちょっともの悲しいけれど、出ていく若者の前途は洋々。応援してます！

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

1. Src論文がオンラインに＠elife。神戸大博士学生の西田君の仕事。癌遺伝子は細胞増殖を促すといわれるが、実は多くの場合、細胞死も促進する。よって、真の癌化には細胞死の抑制が必要。今回癌遺伝子Srcが細胞増殖・細胞死を駆動する機構を解明。餌で細胞増殖だけ制御可能

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

吉森先生のオートファージーの本。彼の研究人生と大隈先生の偉人変人伝に絡めてオートファジーの話。めっちゃオススメ。彼がどうしてアヒルをいつもプレゼンで出すのか、ようやく理解した。「研究の善し悪しは、役に立つかではなく、ワクワクするかどうかで決まる」は名言。

生命を守るしくみオートファジー老化、寿命、病気を左右する精巧なメカニズム (ブルーバックス 2190)

2016年にノーベル生理学・医学賞を受賞した大隅良典氏と共にオートファジーの研究に携わり、この分野の第1人者としてさらにオートファジーの役割やさまざまな病気や老化などとの関連を解明し続けている著者が、この細胞の驚きのメカニズムを詳しく解説します。私たちの体の中では、タンパク質の分解と合成が毎日繰り返されていますが、その細胞のリサイクルシステムとも言えるしくみを担う主なものにオートファジー(...

www.amazon.co.jp

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

虫嫌いで、一年前はハエを触れるか自信のなかった学生さんが、ハエを頭につけて卒業式！しかも、羽が曲がったCyoバランサー！すげぇ

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

1. 誰も「疑問」の存在に気づいていなかったことを、それが疑問であることを提案し、スタンダードなテクニックであることを示すこと。人々の反応は、「それ、気づかんかったわ」。これはかなりかっこいい。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

ラボを立ち上げ以来、久々にポスドク研究員を募集します。テーマは、ダイナミックな組織恒常性維持のメカニズムを明らかにすることです。具体的には、最近僕らが見つけたエレボーシスという現象を研究する人、もしくは、エクソソーム的な何かを研究する人を募集。興味ある人はDMかメールください。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

論文書く時に、ラボメンバーによく伝えるハエの遺伝子表記の運用ルール: 核酸は斜字、タンパクは最初だけ大文字。核酸は文頭でも大文字にならない！ hedgehogは、𝘩𝘩 で、Hh。ちなみに、この運用ルールはモデル生物によって違う。ヒトは、全部大文字で𝘚𝘏𝘏 で SHH。マウスは、𝘚𝘩𝘩 で SHH。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 months

PI的には、「真に教育的であること」と、「研究をバリバリ進めていくこと（そしてトップジャーナルを目指す）」ことは、両立しうるけれど、相反することが多い。これは、結構悩ましいところもあるのだけれど、どこに妥協点をおくかは、学生次第。僕は基本、学生の意向を最優先

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

論文をレヴューするようになってから実感したのだけれど、簡単な実験要求をただ説得力のない言い訳反論だけでリバトルするのは、一番レヴューアーがイラッとする。反論して実験しない時は、それ相応の説得力・誠実さ、そしてレヴューアーに対する（表面的であっても）感謝が大事な気がする。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

1 year

1. ショウジョウバエを用いて癌が個体に与える影響の解明。研究員の岡田さんの仕事。神経軸索制御で有名なネトリンが、いろんな細胞の癌から出て、それが脂肪・肝臓組織に働きかけ、脂肪酸代謝を抑制。これにより全身が衰弱する。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

プレサブミッションって同時に複数のとこに聞いてよいし、使い勝手のよいシステムだと思う。僕らも、最近は何箇所か同時に聞いて、一番エディタが興味をもってくれたとこに投稿する。ジャーナルによって反応は千差万別。ちなみに、雑誌のフォーマットなど全く気にせず投稿する

Presubmission Presuppositions

Look, we get it. The submission process is not very pleasant. In fact, it is sometimes downright unpleasant. You need to keep track of all your login information, make sure to include the favorite...

www.cell.com

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

2. これまでハエでもヒトでも腸の細胞はアポトーシスで死ぬことでターンオーバーするというのが定説だった。ただ、僕らが調べる限り、いくらアポトーシスを阻害してもターンオーバーには影響しないし、アポトーシスを起こしている細胞を検知するのはとても難しいという状況だった。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

2. 世界中の皆が疑問の存在に気づいていたけれど、テクニカルに難しくて、それを新しいテクニックで打ち破ること。人々の反応：「すげぇ」。真の天才か、分野外の人によってなされる印象。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

1 year

多くの論文はパッケージング次第で、かなり印象というか掲載される雑誌のレベルが変わる（超例外的な大発見だとパッケージングとか関係ないけれど）。「どう建て付けるか」っていうのは、とても大事。建て付け力を上げるには、色んな論文を読むと同時に自分のデータを色んな角度から見るのが大事

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

4.この細胞が非常に興味深い特徴をもつ：扁平で、細胞骨格がなく、核膜や細胞小器官や蛍光タンパクを消失。ATPも消失。DNAニックも存在。この細胞は最終的に消えてなくなるため、新しい細胞死だと結論し、エレボーシスと命名（エレボスは古代ギリシア語で「暗黒」を意味）。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 months

USにいた時、複数の偉いPIsが「全てのトークをジョブトークと思ってやりなさい」と言っていて、それは、いつどこで誰が評価しているかわからない、ってことだと思うけれど、同様に、学生・ポスドクのうちに学会で"よい"質問を何度かするのは大事な印象。そういうのって意外に気付かれるし、評価される

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

3. 従来の定説を疑って、定説がまちがっていることを示す。従来の定説がドミナントで、その期間が長ければ長いほどよい。これも個人的にかっこいいと思う。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

レヴューアーに細胞の死とは何なのか問われている (major point)。哲学的というか、定義によるっしょ、と思う。赤血球は、核も細胞小器官もないけれど、少しは解糖系が動いているらしく、生きてると考えられる（寿命は3-4ヶ月）。皮膚角質化や水晶体は、細胞死なのか、最終分化なのか。細胞の死とは?

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

「子供の科学」に暗黒の細胞死、エレボーシスがデビューしましたデス。僕はこの記事に全く関わっていないのだけれど、大人向けの新聞よりもレベルが高い、というか正確な記述。姪・甥に買おうかな😀

山本健人(Takehito Yamamoto, 外科医けいゆう)

@keiyou30

2 years

「子供の科学」最新号の特集「すごすぎる！人体」の監修を担当しました。付録で人体スケルトンポスターが付いています。科学少年のみんなにオススメです！

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

2 years

エレボーシスの話をすると、しばしば「で、それって結局哺乳類でどうなん？」って聞かれる。この論文完全に見逃していたのだけれど、マウスでもアポトーシスは、腸の細胞ターンオーバーには不要とのこと。正確には、アポトーシスを阻害すると、アポを介さない細胞除去が増える

Executioner caspases 3 and 7 are dispensable for intestinal epithelium turnover and homeostasis at...

Apoptosis is widely believed to be crucial for epithelial cell death and shedding in the intestine, thereby shaping the overall architecture of the...

www.pnas.org

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

9. エレボーシスによる組織恒常性維持

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

8 months

以前、えらい人に、君の申請書にはエネルギーの充満を感じない、と言われたことがある。申請書の正解は未だにわからない。余白なく文字詰め詰めでエネルギーが充満したものがよいっていう人と、数多くの審査する審査員が読みやすいようにスペースをあけて、情報を詰め込まない方がよいっていう人がいる

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

7 months

誤解を恐れずに言えば、よい研究/発見とは、一般性・汎用性が高いもの。ただ、多くの場合、一般性・汎用性は時の洗礼なしにはわからない。CRISPRもオートファジーもアポトーシスも一般性・汎用性が後に判明したから、結果論として偉大な研究/発見になった。リアルタイムでの判断は至難（iPSとか例外）

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

余談3　こんな一見明らかな現象が何十年も見つからなかったのは、アポトーシスのドグマが強すぎたからだと思う。また、エレボーシスを起こしている細胞では、Ance以外は全部ネガティヴなシグナルで、今回Anceというポジティヴなシグナルがあったからこそ突っ込んでいけたというのは大きい

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

1 year

大学院生、ポスドクの時によく思っていたのは、自分が好きな研究・実験をしてお金をもらえるなんて信じられない、ってこと。ラボ始めて、若干仕事感がでてきたけれど（汗）、それでも、こんな好きなことやって生きていけるなんてハッピー、っていうのが今でも感じること

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

10 months

一般論として、PIがポスドク終えてラボを始めた直後のラボに入るのは、ハイリスクハイリターン。リターンは一番美味しいところがとれる可能性、リスクは独立ラボとしての生産性が未知。PIと話してお互いの感性がフィットしそうなら、ありな選択かもね。成功例・失敗例の両方、同じくらい見聞きした。

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

4 years

このあたりの経緯とか論文の始まりとかを全て赤裸々に書いてみた。リヴァイズで戦っている人は元気がでるかも（？）。

White論文 — The Yoo lab

ようやくwhite論文がNature metabolismに発表となった。2015年夏にラボを立ち上げてから、僕がコレスポラストの最初の論文。一応、2016年にPlexin論文をファースト・コレスポとして出しているのだけれど、世間的にはこれはラボ発の論文とはカウントされないらしい。理研でもちょっとは実験したのだけれどね。今回のNature metabolismの論文は、愛着もあるし、自分史...

www.yoolab.website

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さかん　ゆー

@SaKanYoo1

3 years

僕もUSに行った当初、"You might want to ---?"とか言われて、いや別に結構ですけど、って思ってた。これは基本、命令文。あと、"Why not ---?"　って言われて、知らんがな、とか思っていた。これは、ほぼ Let'sですね。