Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗 @Shuntarooo3 Twitter profile

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

3 years

医学研究（特に臨床研究）は大きく5つに分類できると思います。 CQを研究にするときは、 1. 研究を5つのどれかに分類 2. Road mapにしたがい、疑問を構造化 3. 必要な変数考える 4. 研究デザイン考える（3と同時かな） 5. 解析方法考えると幸せになれるかもしれません😀

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

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2 years

ネットサーフィンを何となくしていて、良いなーと思った論文の読み方

論文の読み方 / How to survey

新入生向けの資料

speakerdeck.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

ぼくが使用している（使用を考えている）Rのpackageをまとめました！これで一通りの解析はできるはずです。特に医学系なら困ることが少なくなると思います

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 months

たびたび話題になる仮説検定やP値について以前作成した資料を公開します（ぶっ込んでみます）．端折るのは無理なので長いです．こわいよーこわいよー・検定を繰り返すことで発生する「多重性の問題」について，統計的に制御する方法と考え方で制御する方法をまとめた

仮説検定とP値｜佐藤俊太朗（生物統計学・疫学）のHP

X上でもたびたび議論にあがる仮説検定やP値についてまとめた資料です．ポイントは，P値の定義を端折るのは難しいけど，「矛盾の程度」を導入することでイメージしやすくなるかもしれない検定を繰り返すことで発生...

shuntaro-sato.studio.site

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

本日のセミナー資料の共有です。単回帰モデルから重回帰モデル、多変量回帰モデルに拡張しつつ、一般化線形モデルを簡単に説明。ここまで、モデルに対してフラットな解釈。ここからは、研究目的と紐付けた解釈の説明。そして変数選択へ。

「回帰分析から分かること」と「変数選択」

10/23にp.11をアップデート

speakerdeck.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

かの有名なirisデータセットの代わりを狙っているらしいペンギンデータセットかわいらしい。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

臨床研究初学者へ向けた本は，PE(I)COでCQを整理する，から始めているものが多いです．しかし，PE(I)COにあてはまらない臨床研究もあります．まず考えるのは，記述したいのか？予測したいのか？因果推論したいのか？因果推論の時のみPE(I)COに移ります．（PV，PPOは自作です，流行るかな？）

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

階層モデリング（混合効果モデル、mixed effect model）をアニメーションで理解できるサイト。シンプルな線形モデルから混合効果モデルまで拡張させていく過程がよく分かります😁

Visualizing Hierarchical Models

A visual explanation of mixed-effects modeling

mfviz.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

ぼくがおすすめするR本・サイトをまとめました！ご参考になれば幸いです。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

Rを使った要約，回帰分析（探索的）のまとめpackageの決定版かもしれない． tableoneのように，回帰分析の結果もうまく表にまとめてくれるし，欠測データの分布も図や表で確認できる！そして名前がかっこいい，finalfit✨‼️‼️

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

20 days

因果推論のための疫学・医学統計学（実践寄り）を作ってみました！独断と偏見に基づいています．こう見ると学部4年から修士2年ぐらいまでが渋滞を起こしてますね．もっとタイプを増やしてもおもしろいと思いました．やってみます．

黒川博文 Hirofumi Kurokawa

@kurodotty

20 days

うちのゼミ生の大学院進学者向けに、もう少し絞った因果推論のための計量経済学(実践寄り)を作ってみました！入れたかった本もたくさんありましたが、入れれず…

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

統計学寄りの言葉と機械学習寄りの用語の対応表。助かる。

Maarten van Smeden

@MaartenvSmeden

3 years

The best words trophy goes to…

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

8 months

Lancetから，過去3年間に投稿された1000本以上の統計レビューに基づいた，よく遭遇する統計的欠陥とそれを回避するための簡単なガイダンスが出てました． Recommendations for accurate reporting in medical research statistics - The Lancet

Recommendations for accurate reporting in medical research statistics

An important requirement for validity of medical research is sound methodology and statistics, yet this is still often overlooked by medical researchers.1,2 Based on the experience of reviewing...

www.thelancet.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

30年ぐらい前で止まった誤解が多いフローチャートなので使わない方が良いです。こういうのにより間違った解析が医学系でも蔓延してしまう。。

nocall.ai｜生成AI×架電自動化

@nocall_ai

2 years

統計的仮説検定や統計手法選択が一目でわかる👀 こういうの待ってたー！😭

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

7 months

『Modern Epidemiology, 4th edition』の邦訳『現代疫学』が5/30に出版されます！！！！圧巻の1308ページ！！！！カバーがかっこいい！！！！ Amazonページもできました（予約注文できるようになったらまた告知します）． #モダンエピ

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 month

各種医学雑誌の統計ガイドラインは，最近の統計手法の動向，特に「ここまでやりましょうというライン」を確認するのに有益です．リンクがわかりづらくて，毎回調べるの大変なのでまとめてみました．適当にピックアップしているので，これもあるよって教えてください．

医学雑誌の統計ガイドラインまとめ｜佐藤俊太朗（生物統計学・疫学）のHP

各種医学雑誌の統計ガイドラインは，最近の統計手法の動向，特に「ここまでやりましょうというライン」を確認するのに有益です．リンクがわかりづらくて，毎回調べるの大変なのでまとめてみました．NEJMわかりづ...

shuntaro-sato.studio.site

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

RStudioの中で、chat-GPTを使えるようにするpackage。 Shinyアプリを組んでくれたり、わかりやすいコメントを提案してくれたり、使いようによっては楽できそう。 tidyverse使うかであったり、コードのわかりやすさも制御できる。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 months

この論文は正座して精読する。ゲーム機を所有し、ゲームをすることは精神的幸福に正の効果があるかもしれない。

Nature Portfolio

@NaturePortfolio

2 months

Owning a video game console and participating in gameplay may have a positive effect on mental well-being, according to a study based on data from 97,602 people in Japan, published in @NatureHumBehav .

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 month

最近のNEJMの統計解析部分では検定についての注意書きが必ずある．それなのに「先輩・教員からP値出せって言われましたー」とよくきく．そろそろアップデートしてほしい．実はブログに，検定結果に注意を促したり，検定しない場合の論文記載例を少しずつ足していってます．

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

臨床研究で、研究目的が予測なのに、因果推論を目的にした解析・解釈をしていないか？その逆はないか、混同している研究を調査した研究。 180のうち46本（26%）が混同。混同のタイプにもいろいろある。研究の目的は明確にして、それに回答する解析、ぶれない解釈をしましょう！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

8 months

論文書いてるときは，後藤先生の臨床研究論文作成マニュアルをよく参照します．本当に良いサイトですよね．とても参考になります．いつもありがとうございます．

臨床研究論文作成マニュアル

臨床研究論文の書き方・進め方のサイトです

gotoresearch.jp

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

臨床試験のサンプルサイズ計算、無料なのでG-Powerがよく使われている。しかし、効果量使うから使いづらい（というか効果量で計算しないで、平均やら割合使って欲しい）。おすすめは、SWOGのサイト（）と長島先生のサイト（）です。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

本日のセミナー資料の抜粋を共有します。

対照群がない研究デザインで効果を推定する（時系列分断デザイン・自己対照研究デザイン）

speakerdeck.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 months

Rで臓器や器官ごとの色分け図を描きたいことありますよね．（ぼくはないです gganatogram packageを使えばできますよ．ヒト以外の動物，植物，細胞もありました． Rコードを書かないアプリもありました．

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

「生物統計家が参考にしている情報たち」をまとめました。少しずつ足していきます。困った査読対応にも使える情報も載せてます。（最初に作ったタイトル情報を引きずっているので「R」がついていますが、Rに限定していません。） #zenn

生物統計家が参考にしている情報たち（Rパッケージ除く）

zenn.dev

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

Data visualizationを網羅したサイト 1. 思い描いていた図をクリック 2. プログラム言語をクリック（もちろんRもあるよ！） 3. 特に気に入った図をクリック 4. コードがのってる！！すげー‼️😀

Mara Averick

@dataandme

5 years

🎊 Happy to see this in @infobeautyaward long list... "From data to Viz" 📊 @R_Graph_Gallery #rstats #dataviz (also comes in #Python and #d3js )

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

感度・特異度といった性能評価の講義資料作ろうと、ネットの世界にダイブしたところ、これ以上わかりやすい資料作るの無理だな、というのを見つけ、どうしたもんか悩んでいる。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 months

下の論文探していたら，こんな内容のPDFがでてきた． 15年前の記事だけど古くない．サンプルサイズが小さい場合の考え方を端的にまとめてある．さすが俊哉先生．そして豪華な対談．直接PDFリンクしかないので，「分子生物学，生化学，細胞生物学における統計のポイント」でググってください．

Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 months

ドットプロットと箱ひげ図のコンビを目にする機会が多くなったなと思う．このまま，棒グラフとひげを駆逐しろ画像は，棒グラフだとミスリードするという論文より（Copyright確認済み） Beyond Bar and Line Graphs: Time for a New Data Presentation Paradigm

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

BMJの統計編集委員が医学研究者へクリスマスレターを送ってきました。年間500本、30年間論文を審査してきた上で浮かび上がった12の統計的原則です。彼らはこの原則が「科学と世界を救う」ことを願っています。 On the 12th Day of Christmas, a Statistician Sent to Me . . .

On the 12th Day of Christmas, a Statistician Sent to Me . . .

The BMJ’s statistical editors relish a quiet Christmas, so make their wish come true and pay attention to the list of common statistical faux pas presented here by Riley and colleagues The weeks...

www.bmj.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

査読者から「（RCTの）Table 1にP値出してー」「事後的なサンプルサイズ計算してー」「正規性がー」「ステップワイズー」とか困ったこと言われたときのディフェンス論文がまとまっているサイト

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

7 months

医学統計でよく使うRパッケージのまとめを更新しました。 #zenn

医学統計でよく使うRパッケージ

zenn.dev

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

Rを使ったさまざまな書籍が無料で読めます（英語）。オーソドックスなとこだと、ggplotのトナカイ本、tidyverseのオウム本他にも、Introduction to Data Science、Beyond Multiple Linear Regression、Forecasting: Principles and Practiceとか気になる本もある。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

Rでエレガントな表を作るpackageの一つgtsummary リツイートの図は，端的にオプションの使い方を表しています．まじで，このまま論文投稿できますね😀

Daniel Sjoberg

@statistishdan

4 years

Presenting at @r_medicine with @karissawhiting was a great experience! It was my first virtual conference, and everything went so smoothly! 🕺 Check out the slides here to see new features in the gtsummary📦: (recording coming soon) #rstats

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

明日の資料とりあえずできたー！！ 80ページ、大作🌊 こんな感じになりました😀

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

Rでメタアナするための、こんな充実したきれいなサイトがあったなんて知らなかった。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

Rで解析するときは、RStudioのproject機能使おうね。フォルダの構成こんなふうにしたらいいよ、という記事。個人的にはdocumentフォルダを追加したい。関係書類をまとめて入れたいから😀 RStudio Projects and Working Directories: A Beginner’s Guide @Rbloggers より

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

統計学やってる人が一番嫌いなグラフは、3D円グラフです！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

以前もツイートしましたが、欠測に関するぱっと思いつくような疑問は、高橋先生の欠測本を読めば、だいたい解決します。まず、手元に一冊置きましょう。

欠測データ処理: Rによる単一代入法と多重代入法 (統計学One Point 5)

一般的に調査・観測データには欠測が生じることが多く,適切な欠測データの処理をしなければ,解析結果に偏りが生じることがある。多重代入法は,尤度解析法と並んで最も汎用的な欠測データ解析法であるが,これまでの書籍では理論的な解説が主で,実際の応用事例や具体的な手順の記述が少なかった。そのため,実証分析を行う社会科学者や実務者が多重代入法を実際に活用することにはハードルがあった。本書は,ワンポイン...

www.amazon.co.jp

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

またいい感じに表を作ってくれるR packageが出ている． gtsummary package 表のTitleやSub title表示させてくれたり，脚注を適当に出してくれるのにオリジナリティを感じる🧸

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

RとDAGを使って、因果推論の基礎をまとめてあるサイト。コンパクトで、図も多いので、what ifの前段階に良いかも。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 months

ドットプロットと箱ひげ図のコンビを目にする機会が多くなったなと思う．このまま，棒グラフとひげを駆逐しろ画像は，棒グラフだとミスリードするという論文より（Copyright確認済み） Beyond Bar and Line Graphs: Time for a New Data Presentation Paradigm

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

生物統計家が参考にしている情報シリーズをR版とそれ以外にわけました。

生物統計家が参考にしている情報たち（Rパッケージ除く）

zenn.dev

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

これは絶対読まねば。医学研究者たちよ、観察研究も見直してくれー🌄 Methods of Public Health Research — Strengthening Causal Inference from Observational Data | NEJM

Methods of Public Health Research — Strengthening Causal Inference from Observational Data | NEJM

For researchers using observational data, a useful way to answer a causal question is to design the target trial that would answer it and then emulate its protocol. The example of the HIV-treatment...

www.nejm.org

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

The R Graph Gallery Rで描けるいろいろな図をギャラリー形式で見られて、コードも載っているサイト（定期的にツイートされている気もするけど、自分も忘れていたので備忘録的にツイートしました。）

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

因果効果の推定方法や TMLE（Target maximum likelihood estimation）までの流れの整理論文とか読んでるとTMLE最高やんみたいな感じだけど、なんでうまくいくのかまだわからん。使うの怖い

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

2022年の机が完成した！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

多くの疫学手法を網羅的にまとめているサイト🚀 何が良いかって，簡単な説明だけではなく，これを読めというテキストと方法論の論文と手法を適用した論文が載ってある．あとは，プログラムコードも載っている．素晴らしい😀

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

細かすぎるが、これこれーってなるRパッケージ。 ggplotで透過性を指定しても結局上書きされる問題を回避。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

これは便利では。 ①Rstudioで見えるグラフとggsaveで出力したグラフの見え方が違う ②何度も何度もggsave→ファイルクリックを繰り返していた ③ggviewを使えば、Rstudio上で、出力した結果が見える。

Rosana Ferrero 📈📊🙌

@RosanaFerrero

1 year

📦 ggview te ayuda a elegir el tamaño de imagen adecuado para tu ggplot ! 😎 #RStats #ggplot2 #TidyTuesday #dataviz #datascience #programming #python #code RT @iaroslav_domin

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

統計学の基礎をブログにシリーズ物として連載始めます😀 今年度、医学部一年生に対しておこなったものです。厳密さには欠けますが、導入としてちょうどよいものを目指します🔰 題材は医療に関するものが多いですが、一般化はできると思います。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

プレセミナー『Rで実践！美しいTable & Figureを作ろう』のために、みんなで資料作ってHPつくりました！申し込んでくださった方に公開です。・めちゃくちゃ丁寧なRとRStudioのインストール・きれいな図の作り方・具体的な解析と可視化例（生存時間解析+因果推論）から構成されています。自信作🤓

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

長崎大学大学院臨床感染症学の田代将人先生とロンドン大学衛生熱帯医学の遠藤彰先生（ @_akiraendo ）との共同研究です。【目的】集団のマスク着用等の意識向上は肺炎を減らすのか？ medrxivに公開されました。 ※この論文は、まだ査読を受けておりません。 1/4

Decreased hospitalizations and deaths from community-acquired pneumonia coincided with rising...

Background The effectiveness of population-wide compliance to personal precautions (mask-wearing and hand hygiene) in preventing community-acquired pneumonia has been unknown. In Japan, different...

www.medrxiv.org

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

Rを使った生存時間解析チュートリアル端的な説明。実務で困らない程度の内容は網羅している。目次もわかりやすい粒度。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

オッズ比よりもリスク比・差が好ましいとよく言われるけど、オッズ比がリスク比より良いよ！という論文。 The Odds Ratio is “portable” across baseline risk but not the Relative Risk: Time to do away with the log link in binomial regression

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 months

n回目のポストだが，後藤先生 @GtoDr の臨床研究論文作成マニュアル，特にReviseの具体例には毎回助けられている．海外でも鍛えられた後藤先生の事例だから，ちょうど良い表現なんだと思う．信頼できる．（できたらもっと増やして🥺）

Reviseの具体例

１. 読みやすいレスポンスレターを書く査読コメントに対応するのは中々辛い作業ですが、基本的には順番に対応していきましょう。時には何回も同じことを説明する必要があり、その時には「上記に書いた通り~」と書けますし、査読者も重要な点から順番にコ

gotoresearch.jp

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

Rstudioを1.3に上げたところ，日本語が気持ちよく打てるようになりました‼️‼️‼️ 分かる人は分かるよね⁉️ あのブラインドタッチできない人はお呼びじゃない感じ‼️

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

Modern epidemiology 4thの翻訳プロジェクトがスタートしました！全43章を若手研究者で翻訳します。監訳は、 @nutrepi , @GtoDr , @koro485 ,私です。良いもの作れるように、がんばります🔥

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

これは全人類が知るべき知識だ。

Shoei

@shoei05

3 years

Rstuidoでインデント調整するときは Tab キーではなく、Windows「Control + i」; Mac「⌘ + i」が便利です。参考：

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

臨床研究プラットフォームの立ち上げを検討しています。研究が好きで楽しくて、助け合えて、切磋琢磨しあえるような集団にしたいです。医療従事者であることは求めないです。私自身、生物統計家ですし。こういうプラットフォームに興味ありますか？ご意見も欲しいです。よろしくお願いします‼️

ある。入って研究や支援がしたい。

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ある。何ができるか分からないけど入りたい

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あるけど、様子見。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

8 months

まじで勉強になりました．ぼくが考えていた外的検証は内的検証にすぎず，しかもsplitダメなんて．．．上の考え方で統計相談もしてきましたが，検定しろ有害おじさんと同じでした．すごく反省．勉強しよう．臨床予測モデル検証の要点｜Tadahiro Goto @GtoDr #note

臨床予測モデル検証の要点｜Tadahiro Goto

2024年1月にBMJのResearch Methods & Reportingで予測モデルの評価と外的検証に関するreviewが3本出たので、復習も兼ねて自分なりに整理しました。本記事ではpart 1のみ扱っています。この論文に書いてある通りに行うべき・論ずるべきか？と言われると思うところはあるのですが、予測モデルの研究を行った経験のある人や、抄読会などで何度か予測モデルの研究を扱った人...

note.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

臨床研究でCQを整理する方法について，ブログ記事を書きました．また元ツイートでも面白い（と思っている）ディスカッションをしているので，よかったらご覧ください．臨床研究をする多くの医学研究者に届けば嬉しいです😀

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

ggplotのデフォルトの色に最近あきませんか？結構有名なpackageですが，ggsciがあります． NatureやNEJM等の有名Journalの図の色にしてくれます！「これらのJournalに通すぞ‼️」という意気込みの時にどうぞ😀 色が濃いのでggsci(alpha = 0.8)と透過度を変えるのおすすめ

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

Tidylog 少し使ってみましたが，これはすごい‼️ RってerrorもしくはWarning以外のlogが出ないから，いちいち作成したデータを確認しないといけないけど（しなかったら後で痛い目をみる），このpackageはtidy familyを実行するたびに，簡単なsummaryが出力される😻 全R民は使うべき🌏🌍🌎

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

2020年に疫学における因果推論本である『Causal inference: What if』の勉強会をほぼTwitter有志でおこないました。発表資料と動画のまとめをブログにまとめていたのですが、広告が多いので引っ越して読みやすくしました。どうぞー。 #whatif 勉強会

Causal Inference: What If (the book)

Jamie Robins and I have written a book that provides a cohesive presentation of concepts of, and methods for, causal inference. Much of this material is currently scattered across journals in sever…

www.hsph.harvard.edu

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

みなさん，Twitterでの有益情報はとりあえずブックマークしちゃいますよね😉 そこで，整理するためにNotionをはじめてみました．私の利用方法は次の通りです． 1. Notionに適当なページを作る 2. Notionの拡張を入れる 3. ブックマークしたいページを開き，紐付けたいNotionページを選び，Save page

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

因果推論のテキストで使っているデータが入っているパッケージ‼️ R、Python、STATA用が用意されてます。いろいろな使い道ありますね。『The Effect』Huntington-Klein 『Causal Inference: The Mixtape』Scott Cunningham 『Causal Inference: What If?』Hernán and Robins

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

構想中の『医学統計学・疫学　初学者のための教科書』対象：医歯薬学の学部学生、医学統計学・疫学ユーザーとしての研究者狙い：・医学統計学・疫学の現代のスタンダード知識を取得できる・これらの学問を発展して学ぶためのベースを構築できる・データ解析方法も学べる（JMP）

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

傾向スコアマッチングのいくつかの問題点を克服するCardinality matchingという手法があるらしい。 Indirect covariate balance and residual confounding: An applied comparison of propensity score matching and cardinality matching

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

資料作り終わったーー！！怒濤のセミナーラッシュが終わる。しんどかった。画像は明日の。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

Wikipediaのシンプソンのパラドックスのページなんだけど、この図わかりやすいのに、相関（Correlation）のつづり間違っている（Korrelation）のがおしい

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

ggplot2のようなgtsummaryのチートシートがあれば、全Rユーザーは幸せになると思う。 I think all R users would be happy if gtsummary cheat sheets like ggplot2 were provided.

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

臨床研究でTable 1作るの面倒ですよね？ Rユーザーはgtsummaryとか使って楽できるけど，R使えない人もいる！そこで， @NorimitsuNishi1 さんが，Webアプリケーションを作ってくれました！ 1. データ読み込み 2. 適当に設定 3. Table 1作成 4. Wordやcsvファイルで出力できる

Norimitsu Nishida

@NorimitsuNishi1

4 years

機能を追加しました: Added new functionality: ・delimiterを「,」「;」「\t」から選択可能に・Be able to select the delimiter of CSV from "," ";" "\t" ・生成されるスクリプトの内容を追加・Added lines for the R script shown below the table.

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

疫学・統計セミナー第1回「データ解析と研究目的との関連」という動画を作成しました😀 Miguel先生の論文を参考に話を進めています！お時間がありましたら，是非ご覧ください‼️ （ついにYouTuberになってしまった）

データ解析と研究目的との関連

疫学・統計セミナー第1回目の動画です．ハーバード大学のMiguel教授の論文を参考に，データサイエンスでできることを「記述」，「予測」，「因果推論」の3つに分類し，解説しています．（Miguel A. Hernán, John Hsu & Brian Healy (2019) A Second Chance t...

www.youtube.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

Togo TVがパワーアップしてる🔥 PubMedで検索、Paperpile/Mendely/Zoteroで文献管理、パワポの使い方、Googleフォームの使い方、Grammaryで英文校正、Dropboxで資料管理、Google driveで資料の共有編集、Overleafで論文執筆等研究者の必須スキルが**ビデオ**で見られる！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

37歳になりました。ありがとうございます！・主著を最低2本通す・独立した研究室持つ（見通しない、持たせてください）・10km走れる体力を取り戻す・書籍を書く

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

Rで背景情報や回帰の結果をきれいにまとめてくれるgtsummary。使ってるときの「あれどうするんだっけ？」に答える、かゆいところに手を届かせるコードまとめ。 yuzaR-Blog: R package reviews {gtsummary} Publication-Ready Tables of Data, Stat-Tests and Models!

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

10 months

この記事は、全R民がリツイート、良いねして良い内容だと思ってる。解析報告書はquartoで書きましょう。きれいにまとまりますよ。日本語含めたPDFファイルをQuartoから出力する（mac）

日本語含めたPDFファイルをQuartoから出力する（mac）

zenn.dev

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

5 years

『Causal Inference: What If』(Hernán MA, Robins JM)のオンライン読書会を始めます．参加者を募集します．希望者��，このスレッドに投稿 or 私（ @Shuntarooo3 ）にDMください．オーディエンスのみも可能です．因果推論に興味のある方は是非！要項は次の通りです． (1/)

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 year

医学統計、疫学や臨床研究で・気になっている・わからないけど、なかなか聞けないことを下記リンクから教えてください。どういうことを疑問に思っているか知りたいです。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

医療データの解析に焦点を当てた，Docker fileを作ろうと画策中です．これにより，解析した環境をそのまま保持できるので，再現性の向上が期待できます．また，reporting機能を充実させ，報告書として使えるレベルのアウトプットができるはずです．そこで，よく使うpackageを教えてください！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

6 months

HP作りました．モチベーションは，・SNS経由をしないで誰かわかるようにしたい・共同研究，受諾研究，仕事依頼の導線をわかりやすくしたい研究の窓口に関しては，これからより整えていきます．今後ともどうぞよろしくお願いします！

佐藤俊太朗（生物統計学・疫学）のHP

佐藤俊太朗（生物統計学・疫学）のHPです．プロフィール，これまでの研究や業績，問い合わせ先をまとめています．また，生物統計学や疫学，統計解析ソフトRに関する記事も書いています．

shuntaro-sato.studio.site

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

10 months

Target trial emulationの概要をまとめました。

Target trial emulationの概要

目標 ①Target trial emulationのコンセプトを知る ② Target trial emulationを使っている論文を読めるようになる

speakerdeck.com

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

医歯薬学の学生に向けた統計疫学の本も書きたい。講義で使える本は意外と少ない。数式多めか、研究者向けのhow toか、ふるめの本ばかり。生物統計学と疫学に興味持ってもらえる本書きたい。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

この内容を無料で聴けることは多くないですねー🤫

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

いろいろな回帰モデルの結果の可視化を楽にするRパッケージ：ggeffects ちょっと手間かかったり，理論的に面倒なことがある下の図を簡単に作れるパッケージです．

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

ゾコーバの件。P-hackやHARKingはダメという話をやりまくるしかないな。 1時間コースでいかがでしょうか？　webで全然やりますよ。院内・学内研修におすすめです。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

因果推論するときの変数選択・DAG描いてbackdoor基準で変数選択するのは、完全な因果構造が必要なため大変・現実的な変数選択方法を提案している論文 VanderWeele, T.J. Principles of confounder selection. Eur J Epidemiol 34, 211–219 (2019).

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

介入のシステマティックレビュー・メタアナで使う、ガイドライン、評価方法、ツール、アウトプトのまとめです。勉強してて、混乱したところ落とし込みました。どなたかの道標になれば嬉しいです。 @CochraneJapan さん、 @PsgSrws さんの多大なるご支援を受けて作りました！ありがとうございます！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

複数のggplotを一つにまとめるpatchwork package 直感的に図の配置指定できるし，図のサブ番号（左上のAとか）も制御できる．

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

久留米大学のバイオ統計センター主催のセミナーで、10/14の18:00〜19:30まで、時系列分断デザインや自己対照デザインのような対照群がないデザインについて簡単にお話しします。申し込みに制限はないようです。関心がございましたら、どうぞ🙂

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

2 years

Rで多変量回帰系のforest plot描くなら、finalfitが一番きれいかなー。Coxで使えるsurvminerはカテゴリカル変数を扱いづらい。コードに癖があるのが難しい。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 months

藤井さんとも話したんですが，ggsci pakcageのobservableという色使いが・きれいな色で・あらゆる色覚にも配慮されていて，良さそうです． scale_fill_observable()やscale_color_observable()で簡単に使えます．

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

ご恵贈いただきました！一冊まるごとRグラフの本です。 Rコードもふんだんにありますが、ただhow-to本でなく、グラフの解釈や落とし穴について詳しく解説なされています。知らないコードの書き方もあって、とても参考になります😀 @RF_epidemiol @kinpodo_pub 、ありがとうございます！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

1月の日本疫学会学術総会で @koro485 さんとプレセミナーおこないます．参加登録を今日からできるようになりました！「DAGと回帰分析を用いた因果推論」 DAGは私が，回帰分析はKRSKさんがおこないます． 4000円で，学会員でなくても参加可能です！是非ご登録ください‼️

Koichiro Shiba (KRSK)

@koro485

4 years

１月の日本疫学会学術総会で @Shuntarooo3 さんと統計モデルを用いた因果推論に関するセミナーをすることになりました。初級者レベルですので、研究を始めたばかりの方もぜひ。もちろん「オンライン開催」ですので皆様奮ってご参加ください。詳細は近日中に！

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

3 years

昨日の #前処理R や反響を見てて思ったけど、Tokyo.Rならぬ、Medical.Rって需要あるんじゃないか？ Tokyo.Rほどテクニカルではなく、医療ドメインに即して、実用的かつ端的な話題で構成すれば、医療関係者に刺さると思う。それこそ、医学データを使った前処理選手権や美しい図選手権とかウケないか？

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

書籍プロジェクト始まりましたーーーー！！！！！みなさまのおかげです！疫学・生物統計学の第一選択にするぞ😀 （おこがましいですがそれぐらいの気持ちでがんばります）

Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

医歯薬学の学生に向けた統計疫学の本も書きたい。講義で使える本は意外と少ない。数式多めか、研究者向けのhow toか、ふるめの本ばかり。生物統計学と疫学に興味持ってもらえる本書きたい。

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

1 month

出先だから読めないけど読もう感度分析の意図と感覚 The Sense and Sensibility of Sensitivity Analyses | New England Journal of Medicine

The Sense and Sensibility of Sensitivity Analyses | NEJM

Sensitivity analyses are instrumental in assessing the robustness of trial findings. Thoughtful planning is needed to ensure they are conducted and reported properly.

www.nejm.org

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Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗

@Shuntarooo3

4 years

Twitterで見かけたこの図，とても良い． 2時点の対応のあるデータの図示に，とても良い．