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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

"血清製造に必要なマムシの毒を採取し、化血研に送っているのはへび研だけです。「マムシから毒を絞るだけでなく、処理もしなくてはいけない。今のところ、できるのはうちだけです」しかし、へび研の運営を支えるヘビ園の入場者は減りました。"

マイナー毒蛇から小５救う　血清開発したヘビ園に聞く対策の闇

７月末、ヤマカガシとみられる毒蛇にかまれた小５を救った血清は３０年ほど前、群馬の観光ヘビ園によって開発されたものでした。研究者の自発的な研究があったおかげの救命、だったのかもしれません。実は、国内の毒蛇対策って、全体的にも危ういようで..

withnews.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

ブラウザ上でパーツ組み合わせて生物学のイラストを作れるWebサービスBioRender 有料プランで「投稿論文での使用許可」「高解像度画像ダウンロード」「作った画像の無制限ストレージ」「背景透明化」「ラボ・チームでの共有」を可能にするというサービス設計のうまさが光る

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

筑波大の生涯メールアカウントでGoogle Driveの容量無制限が中止 (全員20GB上限) になり、ラボでも使っていたのでかなり困っている… 問い合わせたところ、個別に課金もできないので、移動しないと無理。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 months

天才がいた

SciCommIndia 🇮🇳

@SciComm_India

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Great Idea for Poster presentation...!!! Via Caroline O'Donnell/O'Flaherty Lab (Linkedin) #scicomm #scienceoutreach #sciencetalk #scienceposter

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

この数式をプログラムで表現する例題、めっちゃいい… #LADEC2021

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

東京大学大学院理学系研究科物理学専攻　教授　公募要項 "人工知能を含む「知性」の発現メカニズムを物理の根本原理から解明することを目指す「知の物理学」分野を開拓する意欲的な人材を求む。"

東京大学理学部物理学科・大学院理学系研究科物理学専攻

素粒子から光、物性、宇宙まで、あらゆる分野を網羅する、世界でも最大規模の物理学の研究教育拠点です。

www.phys.s.u-tokyo.ac.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

ABCIのスライド、２ページ目が真理すぎた

Yoshiaki Bando

@yoshipon0520

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ABCIで回そう爆速深層学習！！

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

サイエンスにおいてよいグラフとわるいグラフが対置されていてわかりやすい Friends don’t let friends …というフレーズでまとめているのも楽しい Rmarkdownでのコード付き

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

１細胞空間トランスクリプトームデータから、「周りにどんな細胞がいるか」が細胞の遺伝子発現に与える影響を推定する手法の論文が出ました🧬 助教の土屋さんが進めてきた仕事です。大学院生の堀さんも手伝ってくれました。 👇論文 👇日本語解説

細胞間相互作用による遺伝子発現を推定する解析手法を開発 | 医療・健康 - TSUKUBA JOURNAL

(Image by Meletios Verras/Shutterstock)　私たちの身体は多種多様な細胞から構成されており、それらが互いに相互作用しあって、発生プロセスが適切に進行するとともに、組織・臓器の恒常性が維持されています。この

www.tsukuba.ac.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

1 year

NGSの中で行われる化学反応の基礎について絵解きでの解説記事ちゃんとサンガー法から説明をしているのに好感がもてます「今さら聞けない」という方こそぜひどうぞ

Nature Biotechnology

@NatureBiotech

1 year

The chemistry of next-generation sequencing

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

クラスタリング、細胞型アノテーション、SNV検出までやってくれるツール。かなり便利でデファクトを取りに行こうとする感ある。ウェブサーバー

Fully-automated and ultra-fast cell-type identification using specific marker combinations from...

Nature Communications - Cell types are typically identified in single cell transcriptomic data by manual annotation of cell clusters using established marker genes. Here the authors present a...

www.nature.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 months

mRNAのポリA鎖に分岐を加えるアイデア、驚きすぎて声出た

Prof. Nikolai Slavov

@slavov_n

7 months

Engineering branches (tails) on RNA can increase its protein output by over 10 fold. Creative research from @WangXiaoLab and colleagues

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

論文出ました！「見逃されていた細胞ごとのばらつきを可視化するソフトウェアを開発」理研・二階堂研との共同研究です。 PR: 論文: Rパッケージ: １細胞RNA-seqデータから（続く

GitHub - yuifu/millefy: Millefy: Genome browser-like visualization of single-cell RNA-seq dataset

Millefy: Genome browser-like visualization of single-cell RNA-seq dataset - yuifu/millefy

github.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

６月より筑波大学医学医療系生命医科学域バイオインフォマティクス分野准教授（テニュアトラック）に着任しました。現在ラボのセットアップの段階でHPなどもできていませんが、よろしくお願いします🙇‍♀️

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

「科学が先、形式は後」Put science first and formatting later | EMBO Reports 再投稿の度に再フォーマットするのは時間の無駄なので「自由なフォーマットでの投稿・査読」を多くの雑誌で可能にしようという提案。生命科学系300誌のリジェクト率のグラフは説得力がある。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

#このプレスリリースがすごい「ゾンビ・ボルボックス法」によるボルボックスの鞭毛運動の分化の研究のプレスリリース、ボルボックスに関する知識のお得感が半端ないし、内容の「圧」と分かりやすさのバランスがすごい (再投稿)

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

研究自動化（Lab/Research Automation）の初論文がでました🤖 理研BDR高橋さん @ktakahashi74 チームとのコラボです🙇‍♂️ 論文: PR: 多種類のロボット・機器を連携させて生命科学実験を自動化する際の最適スケジューリング手法を開発しました！（続）

生命科学実験の効率的な自動化を実現するスケジューリング手法を開発 | テクノロジー・材料 - TSUKUBA JOURNAL

（Image by Visual Generation/Shutterstock）生命科学実験をロボットなどの機器を用いて自動化し、人が行うよりも大幅に効率化したり、実験の再現性を向上させたりする試みが、世界的に始まっています。実験の自動化

www.tsukuba.ac.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

実験医学 @Yodosha_EM に書いた記事を無料公開していただきました。登録無しで読めます。いま知りたい!!：厳選！ラボ活性化ツール〜Slack，zoom，Google Drive，esa，GitHub…｜2019年9月号｜実験医学online：羊土社 - 羊土社

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

機械学習の医療応用に本気で興味のある学部生の方へ🔥 #IIBMP2021 で佐藤一誠先生 @issei_sato の基調講演が聴けます！学部生は参加無料 →

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

自分はこれまでこういった科学研究向けWebサービスは「無料にしなければいけない」と思っていたけど、思い込みだったと反省しました。「無料のWebサービス」か「（やたら高い）有償ソフトウェア」以外の選択肢があることで、医学生物学向けのツール開発が活発になるといいなと思いました。

Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

ブラウザ上でパーツ組み合わせて生物学のイラストを作れるWebサービスBioRender 有料プランで「投稿論文での使用許可」「高解像度画像ダウンロード」「作った画像の無制限ストレージ」「背景透明化」「ラボ・チームでの共有」を可能にするというサービス設計のうまさが光る

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

バイオインフォマティクス、「計測手法」x「生物学的問い」x「情報科学的問題」x「アルゴリズム」で多様性が生じるイメージ研究者・研究室によってどの部分が固定的でどの分が変動的か異なる（気がする）

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

JSBi Bioinformatics Review がスタートしました🎉 ・オープンアクセスの日本語総説誌・バイオインフォの研究動向を専門家が解説🎓 ・生物学や情報科学の学生や若手研究者など、バイオインフォに興味を持つ全ての人が対象 👌 ・HTMLとPDFで読めるからスマホでもお気軽に📱

JSBi

@npoJSBi

4 years

日本語総説誌『JSBi Bioinformatics Review』創刊のお知らせ

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

日本バイオインフォマティクス学会のOxford Journals-JSBi Prizeを受賞いたしました。これまで指導いただいた先生方、共同研究者の方々、様々な機会に議論いただいた皆さまに感謝申し上げます。身に余る思いであり、今後も気を引き締めて研究を進めていければと思います。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

「コンピューターを壊す方法」みたいな講義・資料があった方がいい気がしてきた。（分子）生物学は異常を出すことでブラックボックスを理解してきたので、生物系の人のメンタルモデルに合致する気がする。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

「結局どの次元圧縮がいいの」問題にJames Zouらがメタ可視化手法meta-specを提案多数の次元圧縮可視化結果からデータ点間距離行列を作成 →行ごとに可視化結果間の類似度行列を作りPCA →PC1を重みとして、データ点間距離行列の重みつき平均 Fig. 4と5 でscRNA-seqデータへの応用デモ

James Zou

@james_y_zou

2 years

Excited to share our new @NatureComms paper introducing #meta #visualization ! We show how to optimally combine any set of #data viz (e.g. #UMAP #tSNE #PCA ) into 1 visualization to better capture true data structure. Paper Code 🧵👇

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

本日、研究室の最初の学生である鈴木さんが博士号を取得しました！指導する中で自分の方が様々な面で学ぶことが多かったように思います。5月から海外の研究所に行くとのことで、バイオインフォの研究者として活躍することを祈っています✈️

Tsukuba Bioinformatics Lab

@ozakilab

3 years

本日、博士課程学生の鈴木さんが博士号を取得しました🎉 当研究室で最初の博士です…！次の行先も決まっており（海外）、ダブルでおめでとうございます👏👏👏

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

筑波大の博士課程学生向け・研究計画書を提出（9/30締切）・290万円/年 or 272万円/年・インターンシップ等自ら積極的なキャリア開発・育成の機会の確保に努めること

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

（PIに先につぶやかれましたが）新しい一細胞RNA-seq手法RamDA-seqの論文が公開されました。尾崎は共同筆頭著者として、既存手法との性能比較およびRamDA-seqで初めて一細胞レベルでみることのできる生命現象のデモンストレーションを示しました（以下詳述）

Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer...

Nature Communications - Total RNA sequencing has been used to profile poly(A) and non-poly(A) RNA expression, processing and the activity of enhancers. Here the authors develop RamDA-seq, a method...

www.nature.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

NGS解析関連の本が色々出ていますが、MacOS Catalinaからデフォルトのシェルがbashからzshに変わったことで、色々エラーが起きるかもです（実際うちのラボで新しく購入したMac miniで起きました…） chsh -s /bin/bash でデフォルトのシェルをbashに戻せます。 #RNAseqRecipe #NGS_DAT #DrBonoDojo

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

RNA-seqデータ解析に悩んでいる方には 12/22のAJACSオンライン14 「ブラウザで完結するRNA-seqデータ解析」が本当におすすめ 💻 参加費も無料データ解析をバリバリ行う阪大の安水さん @yyoshiaki による２時間コース #MBSJ2022

ブラウザで完結するRNA-seqデータ解析（AJACSオンライン14） - NBDC

biosciencedbc.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

６日遅れですが、バイオインフォマティクス Advent Calendar 2019 25日目の記事を投稿しました！（これでPerfume観れる）ガウス過程のバイオインフォマティクスへの応用 #Qiita

ガウス過程のバイオインフォマティクスへの応用 - Qiita

この記事についてバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019 の25日目の記事です。『ガウス過程と機械学習』（持橋・大羽 2019）を読み、ガウス過程がバイオインフォマティ…

qiita.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

筑波大の久野先生()と一緒にTsukuba Bioinfo Assemblyを運営しています。「バイオインフォに取り組んだり興味のあるけど周りに仲間がいない」という学生・研究者の交流のため、zoomミーティングとSlackをやっています。どなたでもお気軽にどうぞ🍀

Tsukuba Bioinfo Assembly

tsukuba-bioinfo-assembly.github.io

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

1 year

つくば駅での産総研の一般公開の広告だけど、何人かの研究者を取り上げてマンガつくってるの、めちゃくちゃよい

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

あと、「NCBIで配列を調べたりしていて、すでにバイオインフォを使っていることに気づいた」といった旨の感想を述べている学生さんもいておもしろかったです。高度に研究プロセスに取り込まれたバイオインフォ技術はもはやバイオインフォと認識されない

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

バイオ系の学生やポスドクが、自分のキャリアにプラスしたりピボットしたりするために、インフォ系の技術や考え方が身に付く研究室に行くの、すごくいいと思います

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 months

これはよさそうウェットラボで(も)使えるよと

Subramaniam Lab

@arvind_rasi

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In our new manuscript with @klathrin_chen and Maria Toro-Moreno , we show how wet-lab research groups can use GitHub to replace electronic lab notebooks, Slack-like collaboration tools, and software package managers. Here are the first three steps:

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

「研究開発費が多い7カ国のうち、日本だけが人口当たりの博士号取得者数が減る傾向」「2000年度には日本と同水準だった米韓がこの15年ほどで倍増し、大差がついた」「政府は科学技術立国を掲げてきたが、基盤となる人材育成の弱さが露呈」

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

学術系スパムメール、とうとう "Dear Dr. Genomics" というパンチの効いた書き出しから始まっているのが来た（多分パースの失敗）

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

発表スライドを公開しました #LADEC2020

ＮＧＳデータ解析のワークフロー記述とロボット実験への応用 (2020/10/03 LADEC2020)

Laboratory Automation Developers Conference 2020 (LADEC2020) での発表「ＮＧＳデータ解析のワークフロー記述とロボット実験への応用」のスライド https://laboratoryautomation.connpass.com/event/187445/

speakerdeck.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

大学院生の田口将大さん（筑波大入江研究室・ヒューマニクス学位プログラム）と取り組んだ「液体分注ロボット @opentrons OT-2でよる酵母スポットアッセイ実験の自動化」の論文が出版されました🤖 英語論文👉 日本語PR👉

シンプルな液体分注ロボットで酵母の増殖能評価実験の自動化を実現 | テクノロジー・材料 - TSUKUBA JOURNAL

　生命科学実験をロボットやコンピュータなどを活用して自動化する「実験自動化」が世界中で注目を集めています。実験自動化が進めば、生命科学研究の効率化や再現性の向上、研究者を含む人間のリソース配分の最適化につながることが期待されます。これまでも

www.tsukuba.ac.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

1 year

めちゃくちゃおもしろいタンパク質コード遺伝子ごとの適応度をdivergenceとpolymorphismで計算し、細胞型ごとの発現で「細胞型レベルでの適応度」を算出刺激時の応答遺伝子群でも同様の解析をしているしかもこれらの適応性に新規遺伝子獲得は関連してなそうとのこと

Irepan Salvador-Martínez

@irepan_salvador

1 year

🎉Really excited to share our latest work, were we combined data from the immune @humancellatlas with population genomics data to quantify Adaptation in the Human Immune Cell landscape at the cell-type level, since we split from the chimpanzees. A 🧵:

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

【拡散希望】ゲノム上の機能エレメントの発見と理解を目指したENCODEの最新版ENCODE 3の特集が組まれ、Nature本誌・姉妹誌に17本の論文が掲載されましたこの17本の論文の輪読会を8/22（土）13時〜オンライン開催します！発表者・聴講者募集中です

ENCODE3勉強会 (2020/08/22 13:00〜)

### はじめに 2020/07/29に発表されたENCODE 3 について論文読み会を開催します。 ENCODEは2003年に開始された、ヒト及び代表的なモデル生物のゲノムにおける機能エレメントを網羅的に発見・理解することを目標としたプロジェクトであり、ENCODE 3ではNature本誌・姉妹誌に17本の論文が掲載されました。(Genome Researchなど他誌に掲載されたAddit...

connpass.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 months

DIYで分子生物学実験を体験するための教育リソース各学生が自宅で使用することを想定。LAMP、RT-PCR、酵素反応、蛍光イメージングなど。プロトコルと設計ファイルはオープンソースライセンスで利用可能。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

産総研の舘野先生( @tateno_hiroaki )との共著論文が公開🎉 （尾崎はデータ解析を担当） DNAバーコード付き糖鎖結合タンパク質で細胞表面糖鎖を捉えるscGlycan-seq これをscRNA-seqと組み合わせたRNA＋糖鎖の同時１細胞計測 scGR-seq 詳しい解説 →

Integrated analysis of glycan and RNA in single cells

Molecular biology; Molecular Structure; Molecular biology experimental approach; Cell biology; Organizational aspects of cell biology

www.cell.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

11 months

中川さんの論文、めちゃくちゃ面白いし、「RNA-seqは（遺伝子単位の発現量定量以外で）こういうふうにも使えるんだよ」という好例でもある

Shinichi Nakagawa

@smoltblue

11 months

マウスは天然の遺伝子治療薬のように働くノンコーディングRNA遺伝子を進化の過程で獲得して、多数の致死性の変異を自ら一括して治療することで生きながらえているという渾身の論文ようやく世に出ました！

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

中外製薬株式会社研究職新卒採用キャリア採用のご案内（2020-08-17） "※鎌倉研究所および富士御殿場研究所は、2023年（予定）に、横浜市に建設中の新研究所に集約予定"らしい

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

アクセプト！

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

来週の #IIBMP2021 のデータサイエンティスト養成セッション（無料）がすごくて 1. スパコンを用いた効率よい解析のノウハウ 2. 新型コロナゲノム解析 3. 生命科学ビッグデータの活用事例が誰でも全部無料で見られます…！参加登録フォーム→

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

エーザイのデータサイエンティスト募集、かなり具体的に書かれている。ちなみにこういうとき、博士課程で実用レベルでやっている学生さんだったら経験年数にカウントしていいんですかね？

ぬばた

@nubata

4 years

エーザイ株式会社では、データサイエンティストの募集を拡大しております。生物統計、ゲノム、RWD、AI、デバイスなどに詳しく、患者様のデータに真摯に向き合うお仕事に興味をお持ちのデータサイエンティストの皆様、奮ってご応募下さい。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

1 year

ヒトの遺伝子発現を制御する転写因子の結合配列の基盤データ「MOCCSプロファイル」を新たに構築し、細胞の種類ごとの配列特異性を明らかにすると共に、遺伝的変異が転写因子のDNA結合に与える影響を評価する方法を確立しました🧬(続論文日本語PR

Transcription factor-binding k-mer analysis clarifies the cell type dependency of binding specifi...

Background Transcription factors (TFs) exhibit heterogeneous DNA-binding specificities in individual cells and whole organisms under natural conditions, and de novo motif discovery usually provides...

bmcgenomics.biomedcentral.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

筑波大のシラバスおもしろい　"役に立つかどうかは将来どの様な土地に迷い込むかによるが、迷い込んでから学びはじめたのでは習得する前に餓死してしまう危険性もあるだろう。"

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

iPhoneでもJuliaBoxが動くことを確認したので、急にJulia書きたくなっても対応できることがわかった

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

ウェブで様々な遺伝子エンリッチメント解析ができるMetascape 前から公開されていたけど今月Nat. Commun.から論文が出てた

Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets

Nature Communications - With the increasing obtainability of multi-OMICs data comes the need for easy to use data analysis tools. Here, the authors introduce Metascape, a biologist-oriented portal...

www.nature.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

【プレスリリース】世界初、単一細胞での遺伝子発現制御解析に成功幹細胞、がんの成立機序解明に期待 | 日本の研究.com

2018.12.11 九州大学,東京科学大学,東京大学,科学技術振興機構プレスリリース九州大学生体防御医学研究所(大川恭行教授、原田哲仁助教、前原一満助教ら)、東京工業大学科学技術創成研究院細胞制御工学研究センター(木村宏教授、半田哲也特任助教ら)、東京大学定量生命科学研究所(胡桃坂仁志...

research-er.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

肥満の人を低脂肪食と低炭水化物食事の群に分けて12ヶ月調査したが体重減少に差は見られず、遺伝型を加味しても差は見られなかった、と。「遺伝子型に応じた食事によるダイエット」というコンセプトに対して否定的な内容。

Gene-Based Diets Don't Help Weight Loss

A new study in JAMA finds that genetic tests might not be able to determine what diet is right for someone seeking to lose weight.

www.genomeweb.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

[拡散希望🙇‍♂️] 弊研究室でバイオインフォの研究員を募集しています！・神経科学🧠とオミクス🧬の境界領域・学振PDより給与など良い待遇・ウェット出身でインフォのスキルを発展させたい方も歓迎 💬研究内容や環境など遠慮なくDM・メール・zoomでお尋ねください！

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

恐ろしい結果。ステマへのインセンティブが生まれてしまう。

Jason Sheltzer

@JSheltzer

4 years

An amazing *randomized trial* on Twitter+academia: 112 papers were randomly chosen to be shared on twitter by a group with ~58k followers or to not be shared. Papers that were tweeted accumulated 4x more citations compared to non-tweeted papers over 1yr.

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

これは本当にそう思います実験にも・自分でゼロからプロトコル作る・イチからプロトコルを再現する・キット買ってやる・共同研究・外注するといった選択肢があるように、バイオインフォでもスタートコストと自由度が異なる選択肢が色々ありますみんながTOKIOになる必要はない

Ⓝ

@iNut

3 years

スクリプト書いて独自のことをなんかやりたいとか、自分でツール作ったとか、父さんなバイオインフォで食っていこうと思うんだとかならともかく、実験してる人が年に一度のデータ解析するのにCLI覚えるのはメリットよりもコストの方が上回ると思う今はGalaxyでもnf-coreでもなんでもあるのでな、、

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

論文執筆：Google Doc、Overleaf プレゼン：Keynote 作図：Keynote、OmniGraffle ラボ連絡：Slack オンライン会議：Zoom グラフ：R エディタ：Visual Studio Code コーディング：R、Julia バージョン管理：git データ共有：Google Drive

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

世界で初めてBioJuliaを使用した論文です。特殊なスプライシング様式であるRecursive splicing（多段階スプライシング）の検出のために、BAMからイントロン領域のリード分布を抽出・加工して矩形波を探索するのに活用しました（Fig.4など）。佐藤くんを始めとするディベロッパーの方々に感謝いたします

(｢・ω・)｢ｶﾞｵｰ

@bicycle1885

7 years

へーBioJulia使ってるんやな〜(尾崎さんありがとうございます！） Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

話題の #AlphaFold2 に興味ある学部生の方へ #IIBMP2021 の企画セッション「AlphaFold2後の構造インフォマティクス」学部生は参加無料 →

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

ヒトゲノム概要版20周年へのバラバシらのコメント。少数のタンパク質への研究の集中が続いている。一方、GWASは非コード領域の重要性を明らかにし、ドラッグスクリーニングで取れてくる候補の多くは疾患遺伝子以外を標的とする。次の20年はオミクスやゲノム編集で変わるか？

A wealth of discovery built on the Human Genome Project — by the numbers

Nature - A new analysis traces the story of the draft genome’s impact on genomics since 2001, linking its effects on publications, drug approvals and understanding of disease.

www.nature.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

#IIBMP2021 佐藤先生の世界最高精度のRNA二次構造予測技術 MXfold2 はウェブサーバーで利用可能です！

RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration

Nature Communications - Accurately predicting the secondary structure of non-coding RNAs can help unravel their function. Here the authors propose a method integrating thermodynamic information and...

www.nature.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

IIBMP2018 公開企画神山健治監督（『攻殻機動隊 S.A.C.』シリーズ）と迫る近未来を描く生命情報科学プログラム/#公開企画これはすごすぎる…！

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

Accepted!

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

Julia でふつうの統計解析こういう資料があると生物系の人がJulia触りやすくなる（気がする）

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

様々なモダリティのシングルセル解析や空間オミクス解析の現状のベストプラクティス総説だけでなく。コード付きのウェブ資料を無料公開してる！

Fabian Theis

@fabian_theis

2 years

Glad to see our review on best practices for single-cell analysis across modalities out @NatureRevGenet ! In a big team effort led by @LukasHeumos & @AnnaCSchaar , we recommend workflows based on benchmarks. Paper at & extension at .

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

1 month

LLMのライフサイエンス研究への応用について一緒に研究を進めているfuku株式会社の山田涼太さんとの対談記事が公開されました

LLMがライフサイエンス研究に起こす構造的変革 ── 筑波大学バイオインフォマティクス研究室がめざす研究の自動化と知の抽出 | お客様事例一覧

ライフサイエンス研究でLLM活用への期待が高まっている。筑波大学の研究室でもLLMを用いた文献解析を進めている。AIの性能向上に伴い、研究や実験の在り方が変化する中、LLMがもたらす構造的インパクトについて、尾崎遼准教授とfuku代表の山田涼太が議論する。

fuku-inc.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

NCBIによるBLAST Dockerイメージの配布とクラウドでの利用に関するお知らせ。コンテナ利用が生物学者の間で広まる契機となりそう。

NCBI

@NCBI

4 years

The #BLAST #Docker and databases are now ready to use on Google and Amazon clouds #CloudComputing

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

昨日のシンポで東北大の西浦教授が「総合大学で新しいことをやろうとするとセンターを作るのは、総合大学なのに総合できていないから」という趣旨の発言をされていて唸った

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 months

ヒト変異の解釈を生成AIで支援するウェブツール VarChat 論文サイト: 入力：遺伝子変異座標と遺伝子記号、またはdbSNP識別子出力：LLMモデルを用いた変異に関連する記事の要約提供、最大15報の関連文献、ClinVarからの情報登録すると多言語対応

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

10 months

1月29日[月]に筑波大（＋Zoom）で、京都大学の河口理紗先生に講演いただきます！１細胞RNA-seq解析とデータサイエンスの統合、エピジェネティクス動態研究に興味ある方など、学生・教職員・他機関・企業の方などどなたでも参加いただけます🐈 参加登録はこ��らから：

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 months

[拡散希望] JST未来社会創造事業「ロボティックバイオロジーによる生命科学の加速」本格研究最終シンポジウム・2024年10月10日(木) ・日本科学未来館（現地のみ）・参加登録・🤖ロボット見学会もあり AIやロボットによる科学研究の自動化/自律化に興味のある方はぜひ！

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

10/31開催のBICCN勉強会の参加登録を開始！・米国NIHのBICCNが脳の運動野由来の大規模細胞計測データセットを公開🧠 ・同時に出版された18本のNature論文をみんなで一気に輪読する会を開催🔥 ・ゲノム・オミクスと神経科学の双方の視点から議論・発表者募集中です🙌

BICCN勉強会 (2021/10/31 13:00〜)

# スライド・録画ファイルの共有について * 参加登録したIDでログインをすると、「参加者への情報」欄が表示されます。 * そこに、スライド・録画ファイルへのリンクが書いてあります。 * 他の人にリンクを教えたり、ファイルを共有しないようお願いいたします。 # Zoom に入れない方へ * 14:19 Zoom の新しいURLを発行いたしました。アクセスし直しをお願いいたします！ * 13:51...

connpass.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

トップジャーナルに非ラストオーサーとして論文を出していると、そのジャーナルにラストオーサーとして論文が出やすくなる傾向。"The chaperone effect in scientific publishing" というタイトルが最高

Dr Gaetan Burgio @[email protected]

@GaetanBurgio

6 years

This paper says that if you want to publish in Cell, Science or Nature, the best way is to be mentored from someone that has published in those venues. Helps to acquire experience, skills and expertise required to publish in those journals #academia #PI

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

知り合いの方から「このデータベースで〜するやり方を教えて」と聞かれてTogoTVのリンクを送ったら解決。しかも少し見ない間にトップページもどんどん使いやすくなっている。いつもありがとうございます🙏

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

神保町駅、経緯はわからないけど「柱に貼られた案内表示の写真を柱に貼る」というハックが行われててびっくりした

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

#togo2020 谷内江さんの講演すごい・１億円使ったプロジェクトは１億円分のデータとラボジャーナルを生産できていないといけない・米国では研究費に13兆円使ったら、300億円くらいデータベース・データ整備（NIH NLM）に使っている

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

マグロの塩締めを試してみたけど、すごく良かったです

【塩とマグロがあればいい】調理時間15分！激安マグロが超ウマくなる「マグロの塩締め」の方法

スーパーでよく売っている、ちょっと水っぽい刺身用のマグロ。そのまま食べても普通にウマいが、じつはひと手間を加えるだけで超美味しくなるのである。それは「マグロ …

rocketnews24.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

scRNA-seqのリードカバレッジの可視化ツール、Millefyの論文をbioRxivにアップしました。リードカバレッジはRNA転写や転写後制御を反映しています。Millefyは可視化する領域で動的に細胞の順序を並べ替え、領域レベルでの細胞間リードカバレッジの不均一性を明らかにします。

Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

Our paper on Millefy, a visualization tool for read coverage of scRNA-seq data, is now on #bioRxiv Highlights cell-to-cell heterogeneity in read coverage by dynamically reordering cells using diffusion maps. R pkg and Docker image:

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 months

tidyomics BioConductorや他のRパッケージ（Seuratなど）とtidyverseをつなぐメタパッケージ Bioconductorからリリース Fig. 2をみるとわかるが、Rでのシングルセル・空間オミクスデータ解析のワークフローを変えてくれそう

tidyomics

The tidyomics ecosystem is a set of packages for ’omic data analysis that work together in harmony; they share common data representations and API design, consistent with the tidyverse ecosystem. The...

bioconductor.org

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

#IIBMP2021 佐藤一誠先生の学部生へのメッセージ・目的志向基礎研究（逆応用研究）をしましょう・＝現実の問題を直接同期として基礎研究をする・問題意識やゲームのルールが専門家の間だけでのものになっていないか？

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

2 years

『多様性の科学』を読んでて、Eran Segalの腸内細菌と代謝応答の多様性（個人差）の話が印象深かった。システム生物学をやっていた人たちが、だんだん生命システムの多様性を扱うようになってきたのかなぁと。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

RamDA-seq実験のQCのためのパイプライン「RamDAQ」を公開実験が奏功しているかの判断にはデータ解析上のQCも不可欠な時代となっています。RamDA-seqで特に注目すべきQC項目について、NextflowとDockerをベースにパイプラインを開発・公開しました。フィードバック歓迎です

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

1 year

ヒト臓器のRNA、タンパク質、代謝物のマップをつくるHuBMAPの特集大規模コンソでデータセットつくって→Natureに論文群発表シングルセル・空間オミクス＋イメージング

Nature Biotechnology

@NatureBiotech

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The Human BioMolecular Atlas Program announces the first coordinated set of papers to chart out a set of high-resolution, single-cell maps of human organs. See the collection here

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

ゲノム・オミクス界隈が10年近く前に ENCODE Project で受けた衝撃を、今 BICCN で神経科学界隈が受けている感じ ENCODE BICCN

Nature - Brain census

Launched four years ago, the BRAIN Initiative Cell Census Network (BICCN) aims to identify and catalogue the diverse cells types found in mammalian brains....

www.nature.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

つくば駅でロボットカフェの実証実験をやっていた！作者は筑波大の大学院生とのことでした。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

第五の科学、初めて知った “理論や実験、シミュレーションに続き、「データ科学」が第４の科学として脚光を浴びた。この四つを結び付けて好循環を起こす「サイバーフィジカルループ」が第５の科学として注目される”

データに次ぐ第5の科学「サイバーフィジカルループ」の威力ニュースイッチ by 日刊工業新聞社

研究に人工知能（ＡＩ）技術を取り入れ、戦略的にデータを集めて研究自体を加速させる仕組みが、技術開発を支える競争基盤になりつつある。理論や実験、シミュレーションに続き、「データ科学」が第４の科学として脚...

newswitch.jp

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

柳沢正史先生のSik3、Nalcnの発見の話からすると、人類は未だ通常の順遺伝学すら使い倒せていないとも思う "科学の仮説とは、しょせん人間が小さな頭脳で考えたストーリーにすぎません。目の前のデータがすべてで、自分の仮説をその上に置くことは許されないことなのです"

柳沢正史 - Wikipedia

ja.wikipedia.org

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

5 years

「バイオインフォ、人生の早期にTwitter始めて実名なのに顔出しするタイミングを失ってる人が多い」問題について話した

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

3 years

おもしろいアイデア！１細胞代謝物＋ゲノム細菌をドロップレット化→ウェルに落とす→ラマン分光計測→細胞溶解→ゲノム増幅

Microbiome Bot

@MicrobiomeBot

3 years

Single-cell metabolite detection and genomics reveals uncultivated talented producer

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

長鎖シーケンシング技術と主にゲノム解読での応用についての総説。データ処理やゲノムレベルの遺伝学に関する用語解説も充実。ちょっと驚いたのが Next-generation sequencing が短鎖シーケンシングのことと解説されていること。

Nature Reviews Genetics

@NatureRevGenet

4 years

Long-read human genome sequencing and its applications #Review by @glennis_logsdon , @mrvollger & Evan Eichler

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

若手研究が交付内定されました。励みになります。

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

7 years

お手伝いしていた論文が公開されました。東大大気海洋研Wong特任研究員（魚類生理学）の仕事。ウナギが淡水から海水へ移行する際の浸透圧変化の影響を軽減する仕組みに迫ったものです。尾崎はウナギゲノムのアノテーションとRNA-seq解析を担当しました。

A sodium binding system alleviates acute salt stress during seawater acclimation in eels - Zoolog...

Background Teleosts transiting from freshwater (FW) to seawater (SW) environments face an immediate osmotic stress from ion influxes and water loss, but some euryhaline species such as eels can...

zoologicalletters.biomedcentral.com

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

6 years

バイオインフォマティクス分野で最大かつ最難関のトップカンファレンスISMBのProceedingsの読み会を、8/18(土)にPFNさんのセミナー室で開催します。8/4まで参加・発表者を募集中なので、興味ある方はぜひ参加してください🐈

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Haruka Ozaki (尾崎遼)

@yuifu

4 years

サイエンス関連の求人情報のアーカイブサイト jobRxiv @jobRxiv が登場。もはや *Rxiv 的なプレプリントの意味は消失し、求人情報の流通は無料で行われるべき (予算を費やすな) という発想のようです。

jobRxiv

@jobRxiv

4 years

We want to change the way recruitment for scientific jobs is done to save labs and funders money. jobRxiv is free and easy to use If you’re currently advertising #ScienceJobs , please post them on jobRxiv now! #OpenScience