Dean of BAU Pharmacy; Prof
@TIPBAU
; TÜBA Academy Medal; Canadian Inst. Health Res.;Alberta Innov. Health Sol. and Max-Planck Soc. Fellows | CEO İstanbul MedChem
Arastirma grubumuzun da dahil oldugu COVID-19 Platformu altında 7 aşı projesiyle kimyasal ve biyoteknolojik yöntemlerin uygulanacağı 7 ilaç geliştirme projesi yer alıyor.
SARS-CoV2 hedef yapılarının daha iyi anlaşılması ve COVID19 için ilaç geliştirme çalışmaları yapan diğer araştırmacılara yardımcı olmak için tüm simülasyon dosyalarımızı açık hale getirip herkesle paylaşıyoruz:
Klinik Faz-2 çalışmamızda (Montelukast'ın COVID19 hastalarında kullanımı) çalışmaya dahil olan gönüllü hasta sayımız 100'ü geçti. Şimdiye kadar aldığımız sonuçlar umut verici, preklinik sonuçlarımızı destekliyor.
Yurutuculugunu yapacagim TUBITAK-1004 (Mukemmeliyet Merkezi Destek Programi) cercevesinde sundugumuz COVID19 proje basvurumuzun kabul edildigini buyuk bir mutlulukla ogrendim. Kisa zamanda guzel sonuclar almayi umdugumuz projemizin hayirli olmasini diliyorum.
@Bahcesehir
@TIPBAU
COVID19'a karşı yaklaşık 3 hafta önce sanal tarama çalışmalarımız ile belirlediğimiz bir molekülün uluslararası bir ilaç firması tarafından bizden bağımsız bir çalışma ile birkaç gün önce Faz-3 çalışmalarına başlaması kullandığımız algoritmanın doğru çalıştığını kanıtlıyor.
Avrupa Birliği -HORIZON2020 🇪🇺Innovative Training Network (ITN) programı kapsamında başvurduğumuz projemiz hakem değerlendirmeleri sonucu 97.2/100 puan alarak desteklenmeye hak kazandı.
@Bahcesehir
@TIPBAU
#BAU_Pharmacy
#DurdagiLab
COVID19 ile ilgili ilaç tasarımı için ilaç-protein etkileşimlerinin çok iyi anlaşılması gerekir, bu nedenle simülasyonlar yapıyoruz. Bu alanda çalışan diğer araştırmacılara yardımcı olmak için bir başka çok önemli simülasyon dosyamızı tüm araştırmacılara açık hale getirdik:
COVID19 ile ilgili şu ana kadar yaptığımız tüm simülasyonlarımızın analizlerini
#23Nisan
' a kadar tamamlamayı ve sunmayı hedefliyoruz. Bu alanda dünyada en fazla süre simülasyon yapan Lab'lar arasında olduğumuzu söyleyebilirim
Kolon kanseri ve meme kanseri gibi farklı kanser hastalıklarının tedavisinde ilaç geliştirmede önemli bir hedef olan MDM2 inhibisyonunda sanal taramalar ile 500bin molekül arasından bulduğumuz ve in vitro testler ile doğrulanan 6 öncü molekülümüz ile ilgili çalışmamız yayınlandı
Bu ortak calisma sadece arastirma gruplarimiz icin degil Turkiye icin cok onemli bir kilometre tasi olma ozelligi tasiyor. Protein Data Bank (PDB)'e yuklenen bu yapilar COVID19'a karsi ilac gelistirme calismalarinda cok daha dogru sonuclar alinmasina yardimci olacak
2023 TÜBA Uluslararası Akademi Ödülü'ne Sağlık ve Yaşam Bilimleri kategorisinde layık görüldüğümü bildirmekten büyük bir onur ve mutluluk duyuyorum. Bu prestijli ödül için, TÜBA Başkanı Sayın Prof. Dr. Muzaffer Şeker'e ve TÜBA Akademi Konseyi Üyelerine içtenlikle teşekkür ederim.
Bugün, araştırmacı olarak yer aldığım 3 TÜSEB projemizin kabul edildiğini öğrendim. Kabul edilen projelerin biran önce başlaması için heyecanlıyız; projelerden insanlık için faydalı sonuçların elde edilmesini umuyorum.
İlaç tasarımı alanında en iyi dergilerden olan Wiley grubuna ait "Chemical Biology & Drug Design" dergisi Temmuz2020 özel sayısını BAU Drug Design kongremizde sunulan çalışmalardan oluşturdu. Bizim için büyük gurur!
@Bahcesehir
@TIPBAU
@turkerkilic
@tunc_bozbura
@sirin_karadeniz
"Frontiers in Chemistry" de bugün yayınladığımız ve patent başvurusunu yaptığımız moleküllerden DRG-BCL2-1 ismini verdiğimiz molekül hücre canlılığına etkisini ilk birkaç saat içerisinde gösteren güçlü bir BCL2 inhibitörü olarak bulundu.
Migren tedavisinde önemli bir hedef protein olan CGRP'nin ilaç etkileşim mekanizmasının aydınlatılmasına yönelik gerçekleştirdiğimiz çalışma alanın önemli (Q1) dergilerinden Computers in Biology and Medicine'dan kabul aldı.
#drug_design
#cadd
#migraine
@DurdagiLab
@TIPBAU
Gelistirdigimiz hiyerarşik hibrid sanal tarama algoritmasi basarili sonuclar vermeye devam ediyor. Bu algoritma ile taradigimiz 500bin molekul arasindan sectigimiz 6 molekul MDM2 inhibitoru(anti-kanser ajan) olarak bulundu.Calisma Wiley'in prestijli CB&DD dergisinden kabul aldi.
TÜBİTAK, TÜSEB ve BAU BAP projelerimizde 1 PostDoc, 2 PhD ve 3 MSc bursiyerleri görev alacaktır. Hesaplamalı Biyoloji ve ilaç tasarımı konularına ilgi duyan araştırmacılar özgeçmişleri ile başvuru yapabilirler: serdar.durdagi
@med
.bau.edu.tr
#drugdesign
#durdagilab
@TIPBAU
Anti-kanser molekül belirleme çalışmalarımızda kendi geliştirdiğimiz ve uyguladığımız sanal tarama algoritmalarından başarılı sonuçlar aldık. İn siliko ve in vitro çalışmaları içeren çalışma sonuçlarımız "Frontiers in Chemistry" dergisinde bugün yayınlandı🖥️💊
COVID19 nedeniyle uzaktan calismada enuygun alanlardan birisi "computational biology",evden laboratuvardaki is istasyonlarina ve sunuculara baglanarak lab'dayken yapilabilecek tum isleri uzaktan da lab'da calisir gibi yapabiliyoruz.Uzaktan erisim icin tum duzenlemeler yapildi💻🖥️
ilk defa Turkiye'den iki arastirma grubu ortakliginda COVID19'da ilac calismalari icin cok onemli bir hedef proteinin (SARS-CoV2 MPro) X-isini kristal yapisi statik ve dinamik olarak aydinlatildi.
@DurdagiLab
@HasanDeMirciLab
@TIPBAU
@Bahcesehir
COVID19'da virus yasam dongusunde cok onemli bir protein olan SARS-CoV2 main protease X-isini kristal yapisinin aydinlatilmasi(fizyolojik kosullara yakin sicaklikta) ve yapisal/dinamik ozelliklerini
@HasanDeMirciLab
ile birlikte acikladigimiz makalemiz preprint olarak biorxiv'de!
Sanal tarama ve in vitro çalışmalarımızla Parkinson hastalığında ilaç tasarımında önemli hedef proteinlerden olan hMAO-B'e karşı bulduğumuz yeni inhibitörlerimiz ile ilgili yayın ACS'in prestijli dergisi JCIM'de bugun kabul edildi
@TIPBAU
@turkerkilic
Alzheimer hastalığına karşı metin madenciliği ve sanal tarama yöntemleri ile 212bin molekül arasından aktif ve toksik olmayan molekül olarak tespit ettiklerimizi molekül veri bankalarından alıp in vitro testlerini yaptık. Simülasyonlarımızın doğru molekülü bulma oranı: %86.
Alzheimer hastaligina karsi yeni molekul calismalarimiz "Combined Molecular Modeling and Cholinesterase Inhibition Studies on Some Natural and Semisynthetic O-Alkylcoumarin Derivatives" isimli makalemizde, yakinda "Bioorg Chem" dergisinde (impact: 3.93)
COVID19 tedavisinde onemli hedef proteinlerden olan TMPRSS2'e karsi sanal ilac yeniden konumlandirma calisma sonuclarimizi preprint olarak ChemRxiv'de yayinladik.
TÜSEB proje başvurumuzun kabul edildiğini büyük bir mutlulukla öğrendik. TÜSEB'in hesaplamalı yapısal biyoloji alanında proje çağrılarına yer vermesi çok önemli. Bu alanda yapılan çalışmalar büyük ivme kazanacak.
@Bahcesehir
@TIPBAU
@turkerkilic
Basit ama önemli bir sorunun cevabı için doktora öğrencim
@habibhobo
ile 3 yıldır uğraştık:Antihipertansif ilaç hedefi AT1R dimer formlarda hangi ara yüzeylerden etkileşir? Bu soru için sayısız simülasyon yaptık,cevabı bulduğumuzu düşünüyoruz, çalışmamız bugün JCIM'den kabul aldi
MD Anderson Cancer Center ve ÇOMÜ ortaklığı ile gerçekleştirdiğimiz ve meme kanserine karşı in vivo hayvan deneylerinde de başarılı sonuçlar veren yeni hit molekül sonuçlarımız preprint olarak bioRxiv'de yayınlandı
Bugün beyaz önlük giyme törenimizde, “BAU TIP en fazla bilimsel makale yayınlayan öğretim üyesi” ödülüne layık görüldüğüm için çok teşekkürler..
@TIPBAU
@turkerkilic
GRC CADD 2019 toplantısı; Bilgisayar destekli ilaç tasarımı alanındaki en önemli toplantı..Bahçeşehir Üniversitesi olarak Türkiye’den katılan tek grubuz; bir bakıma Türkiye’yi temsil ediyoruz
BAU Bilime Katkı Ödülünü almaktan dolayı çok mutluyum. Bu süreçte bana her zaman destek olan sevgili eşime ve değerli aileme teşekkürü bir borç bilirim. Bu ödülü pandemi döneminde kaybettiğim ve eksikliklerini gün geçtikçe daha fazla hissettiğim anneme ve babama ithaf ediyorum.
Dun yaptigim sunum dosyasi TUBITAK COVID19 portalina eklendi:
TUBITAK COVID19 sanal konferansi ile ilgili tum bilgilere asagidaki linkten ulasilabilir:
#COVID19
için yaptığımız çalışma sonuçlarımızın başka araştırma grupları tarafından izlenmesi ve kullanılmasından son derece memnunum. İlk sonuçlarımızı 3 hafta önce paylaşmıştık. Bu sonuçlar yaklaşık 3500 araştırmacı tarafından okunmuş ve 900'den fazla kez indirilmiş.
"Citizen Science" bilimsel bir geçmişe sahip olun ya da olmayın COVID19 icin ilac tasariminda sizin de faydaniz olabilir. Ornegin Foldit platformu kullanilarak cozulen bulmacalar ile COVID-19 tedavisinde ilac hedefi için enuygun olan proteinin 3D
Laboratuvarımızda çalışmalarını yürüten BAU TIP lisans öğrencimiz
@duaakanan21
gerçekleştirilecek AACR-2021 (American Assoc. Cancer Res.) kongresinde sunacağı çalışma "Scholar-in-Training Award" ödülüne layık görülmüştür.
@turkerkilic
@TIPBAU
@BAU
@sirin_karadeniz
TÜBA-TÜBİTAK 100. Yıl Bilim Ödülleri töreninde, Sağlık ve Yaşam Bilimleri Kategorisinde TÜBA Akademi Ödül Madalyası Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip Erdoğan tarafından tarafıma tevdi edildi. TÜBA 2023 Uluslararası Akademi Ödülüne layık görüldüğüm için çok mutluyum.
Sinirbilim doktora programımızın ilk öğrencisi, öğrencim Busecan Aksoydan doktora tezini başarı ile sunarak mezun oldu. Laboratuvarımızdan PhD ünvanı alan 5. öğrencimiz!
@TIPBAU
@BAU
Yaklasik 220bin molekulu kapsayan kutuphaneden in siliko metodlar ile tarayip USP7 inhibitoru olarak belirledigimiz 18 molekulden 7 tanesi in vitro etkinlik testlerde de basarili bulundu. Belirledigimiz potansiyel antikanser molekuller uzerine calismalarimiz devam edecek.
7 yıldır aralıksız düzenlediğimiz ilaç geliştirme alanında en önemli uluslararası kongrelerden biri olarak gösterilen 7. uluslararası BAU ilaç tasarım kongremiz 3 gün dolu dolu geçen bilimsel şölen ile tamamlandı.
@TIPBAU
@turkerkilic
@EnverYucel
Yarın yapılacak sanal konferansta Laboratuvarımızda TÜBİTAK COVID19 Türkiye Platformu çerçevesinde gerçekleştirdiğimiz proje sonuçlarımızı paylaşacağız
TÜBİTAK-2218 Programı kapsamında (Yurtiçi Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı), Laboratuvarımızda çalışmak isteyen, programa başvuru yapmayı düşünen adaylar bana CV'lerini gönderebilirler: serdar.durdagi
@med
.bau.edu.tr (Burs miktari: 6000 TL/ay; araştırma desteği: 60.000 TL)
Kabül edilen AB (Horizon Europe) projemizi Valencia'da konsorsiyumun diğer üyeleri ile bir araya gelerek başlattık. Projede amacımız retina hastalıklarının RNA tabanlı tedaviler kullanılarak iyileştirilmesi, 4 yıl sürecek projede 10 doktora projesinin tamamlanmasını hedefliyoruz
Veri paylaşımının bu dönemde ne kadar önemli olduğu, sadece 5 gün önce paylaştığımız simülasyon sonuçlarının 150'den fazla araştırmacı tarafından kullanılması ile gösterildiğini düşünüyorum.
Hasan Demirci Hoca ile ortak çalışmamız: "Near-Physiological-Temperature Serial Femtosecond X-ray Crystallography Reveals Novel Conformations of SARS-CoV-2 Main Protease Active Site for Improved Drug Repurposing" Structure dergisinde kabul edildi.
Uzun süredir üzerinde çalıştığımız ve 200bin küçük molekül arasından moleküler modelleme yöntemleri ile BCL2 inhibitörleri (antikanser moleküller) olarak bulduğumuz 5 bileşik elimize ulaştı; preklinik testlerine başlıyoruz..
Güzel haber!
@TIPBAU
öğrencilerimiz
@duaakanan21
ve
@KananTarek
ile gerçekleştirdiğimiz COVID-19 çalışmamız J. Mol. Graph. Model.'de kabul edildi: "Transcription Factor NF-κB as Target for SARS-CoV-2 Drug Discovery Efforts Using Inflammation-based QSAR Screening Model"
Orkide Coşkuner hoca ile ortak yayınımız "Structures of MERS-CoV Macro Domain in Aqueous Solution with Dynamics: Impacts of Parallel Tempering Simulation Techniques and CHARMM36m and AMBER99SB Force Field Parameters" PROTEINS'den az önce kabul aldı.
Yeni makalemiz JMGM'de "topical perspective" olarak seçildi ve yayınlandı. İn siliko ilaç yeniden konumlandırma (drug repurposing)
@TIPBAU
#durdagilab
#drugdesign
Sadece araştırma grubumuz için değil, Türkiye için tarihi bir an; Türkiye'de hazırlanan numuneler (SARS CoV2 Main Protease/ligant kompleks yapılar), Linac Coherent Light Source (LCLS)'de X ışını yapıları çözülüyor!
@EnverYucel
BAU Eczacılık Fakültemizi klasik eczacılık eğitiminin ötesinde özellikle bilgisayar destekli ilaç tasarım çalışmalarına odaklanarak, bu alanlara hakim üstün nitelikli öğrencileri yetiştirmek ve uluslararası standartlarda ArGe çalışmalarının gerçekleştirilmesi amacıyla kuruyoruz.
Geliştirdiğimiz sanal tarama algoritmasını antikanser molekül geliştirilmesinde önemli hedef proteinlerden olan BCL2'da uyguladık. 200bin molekül arasından BCL2 inhibitörü olarak belirlediklerimize in vitro testler yapıldı. Algoritmanın molekülleri doğru olarak bulma oranı: %83.
Yeni makalemiz "Synthesis, molecular docking and molecular dynamics studies of novel tacrine-carbamate derivatives as potent cholinesterase inhibitors" medisinal kimyada prestijli dergilerden olan "Bioorganic Chemistry" de kabul edildi.
Nöroscience doktora programımızın ilk öğrencisi Busecan doktora yeterlilik yazılı ve sözlü sınavlarından başarı ile geçti..Tebrikler
@TIPBAU
@turkerkilic
Laboratuvarımızda eğitimini tamamlayan, eş danışmanlığını yaptığım Gulşah Aydın, doktora tezi savunmasını jüriye online yaptı. Gülşah, laboratuvarımızdan mezun ettiğimiz 4. doktora öğrencisi oldu
@TIPBAU
28 Mayıs (Cuma), 17:00'de İstanbul Bilgi Üniversitesi'nin ev sahipliğini yapacağı webinar'da COVID-19'a karşı laboratuvarımızda gerçekleştirilen ilaç geliştirme çalışmalarını sunacağım. Seminer kaydı:
Bu yıl migrene karşı CGRP hedefli küçük molekül keşfine yönelik yapmış olduğumuz çalışmanın yayınına çok önemli dergilerdeki makalelerden atıflar alıyoruz. Bu çalışmayı daha önce TÜBİTAK-1001 projesi olarak önermiştik ancak panelden geçememişti.
aylarca hazirlik yaparak toplam degeri yaklasik 3.2 milyon TL olan 2 buyuk avrupa birligi (H2020) projesi yaz, sadece %5 ile proje gecmesin; H2020'de tecrube kazaniyoruz; pes etmeden tekrar ve tekrar proje yazmaya devam edecegiz..