Hideaki E. Kato @emeKato Twitter profile

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Hideaki E. Kato

1 year

Our paper is finally out in Cell! During the revision, we solved one more structure (H225F or KALI), performed more electrophysiological, computational, spectroscopic, and biochemical experiments, and conducted optogenetics experiments using KALI. (1/n)

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

病院カフェで寿司を買い、箸が切れていた為フォークで食べていたところ、隣のテーブルに座った日本人男女の会話が漏れ聞こえてきた。「日本人か中国人か韓国人かはこっちに長く住んでるとすぐ分かるよ。例えばほらアレ。日本人は絶対フォークで寿司食べたりしないからね…」いや、僕、日本人。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

biologyやってると言ったら入国審査官に「遺伝子弄られた中国のbabyのことどう思う？ethicsがどうのとか必要性が無いとかっていうけどさ、別に害を加えようとしたんじゃなくてその逆なんだからクビとか死刑とか言われる必要ある？」と聞かれ、入国審査でそんなsensitiveな話を振らないでくれ…と思った

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

なんか学部1, 2年生を対象に授業を行なっていると、遺伝子操作といえばCRISPR-Cas9だと思っており、逆にplasmidを用いた遺伝子導入やタンパク質発現に驚いている人がそれなりに多くてこちらが戸惑っている。これがgeneration gap...

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

これから海外PDをする人に助言できる程のことは何もないが、強いて言うなら彼らの言う「メールが埋もれていて読んでなかった」はガチなのでメールの返信がなくても押し掛けてみようと言うことである。コラボ先ボスのメールボックスに未読メールが30万あったのを見た自分が言うのだから間違いない。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

先輩( @kkanata )に唆されてやっつけで作りました。コラ画像を作成したのは人生で初めてです。。#全部同じじゃないですかクソコラグランプリ

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 months

本日付けで東京大学先端科学技術研究センターの教授に着任しました。所内の先生方とも色々面白いコラボが出来そうで楽しみです。改めて気を引き締めて頑張ろうと思います。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

色々な巡り合わせの結果、東京大学総合文化研究科（駒場）の准教授として研究室を立ち上げることになりました。（エイプリルフールネタじゃないですよ）着任は今日からですが、本帰国は5月中旬を予定しています。大学院生やポスドクさん大募集なので、興味ある方は是非メールかDMで連絡して下さい。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

Natureなうなう。留学後初の1stオーサー仕事。人生初の2連報、それも両方Nature Articleで、更にレビュー以外では初のココレスポ、ということで忘れられない論文になりました。全てのコラボレーター、特にYoonとKarlには感謝しても仕切れないです。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

1 year

内閣府「大学の評価疲れ申請疲れに対する方策に関するアンケート」というものが届いたので見てみたのだが、分量が多すぎて途中でギブアップ。。最近この手のアンケートが色々なところとか来るので、そろそろ（自分を含め）アンケート疲れを起こしている人も多そう。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

@HattoriM 他のも早いですが、最後のやつは時空が歪んでいるとしか思えないスピード。。まだbiorxivにも出てないんですよね？

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

某大統領のおかげでアメリカからDNAやタンパクを海外のコラボ先に送る際は新しいexport licenseが必要になったらしい。説明によると、申請から入手まで2週間-6ヶ月かかる上、ライセンスなしでサンプルを送ったPIが既に2人刑務所行きになった上多額の罰金を取られた模様。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

生命科学系研究者であれば誰もが一度は聞いたことがあるであろうDNA染色用蛍光色素、DAPIの開発にまつわるお話。読み応えがあって面白かったです。

Daniel Fürth

@furthlab

2 years

Williamson’s and Fennell’s paper that first demonstrated DAPI could be used for fluorescent staining of DNA was published 1974 it only has 460 citations to date. None of the authors on the paper is the person, Otto Dann, who first made DAPI. 1/2

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

おお。遂に1/25に出るみたいですね。題名からだと少しわかりづらいかもしれませんが、「Projections」の和訳本です。訳あって一足先に読ませてもらいましたが面白かったのでオススメです。

ノンフィクション書籍ランキング情報

@booknonfic_info

2 years

⚡1月9日新着ランキング⚡ 「こころ」はどうやって壊れるのか～最新「光遺伝学」と人間の脳の物語カール・ダイセロス（著）＼科学 Amazonランキング第3位！／ [1月9日0時点]

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

（面識のない）アメリカの某大学の先生から、授業準備にあたって先日自分が書いたreview論文が凄く役に立ったというお礼のメールが突然届いた。あまりもらったことのないタイプのメールだったが、これは結構嬉しい。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

Finally online in Cell! The biggest update from the preprint is the addition of the ChRmine engineering. Red-shifted action spectra (rsChRmine), faster kinetics (hsChRmine), and both (frChRmine)!

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

TLを見たら「ボスが論文の原稿を書く」という人が思いの外多くてかなり驚いている。日本にいた時もアメリカに来てからも、自分の所属ラボ＆周りのラボは(自分で書けない人を除き）全部1st authorが図も初稿も作っていたのでそれが普通なのだと思い込んでいた。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

From structure to clinic: Design of a muscarinic M1 receptor agonist with potential to treatment of Alzheimer’s disease 構造解いて、新規化合物デザインして、また構造解いて、細胞assayして、マウス、イヌ、サルで薬効評価して、最後にヒトで治験。。何この異次元感

From structure to clinic: Design of a muscarinic M1 receptor agonist with the potential to treat...

A selective M1 receptor agonist, developed using structure-guided synthesis, exhibits pro-cognitive effects in animal models of Alzheimer’s disease and activates brain regions associated with...

www.cell.com

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

@jseita @HattoriM うーん、遺伝子全合成に1週間弱、コンスト作成に2-3日、発現が大腸菌ならトラフォメから数えて約3日、精製に1-2日、結晶化はケースバイケースですが運良く早ければ1日、回折実験からデータ処理、構造決定まで一度でうまくいけば1-2日。運良く全て一度でうまくいけば理論上3週間弱で終わりそうですが…

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

A distinct abundant group of microbial rhodopsins discovered using functional metagenomics 従来のロドプシンとは逆topologyのロドプシンが（大量に）見つかったとの報告。しかも機能未知。なのに真核、原核、古細菌の全てに保存されてる。熱すぎでは。Congrats Keiichi!

A distinct abundant group of microbial rhodopsins discovered using functional metagenomics

Nature - An analysis based on functional metagenomics reveals a previously unknown group of microbial light-sensory rhodopsins that are widespread among a diverse range of microorganisms.

www.nature.com

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

信号の無い横断歩道にて。恰幅の良い中年女性が歩いて来るのが見えたので一時停止したところ、後ろの車が自分に向かってクラクション&「早く行けこのクソが！」と叫び声。春だなぁ、と思い無視していたら、女性の方が僕の後ろに向かって「人がいるだろこのクソジジイ！地獄に落ちろ！」。春だなぁ。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

光栄にも文部科学省NISTEPの選定する「ナイスステップな研究者2019」の賞を頂けることになりました。() ポップな名前の賞ですが、過去の受賞者を見ると審良先生や、山中先生、松尾先生などの名前もあり驚きました。恵まれた共同研究相手と研究環境に感謝するばかりです。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

1st authorでのresearch articleとしては最後の仕事(?)がNature誌に掲載されました。Giタンパク質がGPCRであるNTSR1によりどのように活性化されるのか調べた論文です。CarlやYan、飛鳥さん達のおかげで「複合体の構造を解いた」という以上のことを議論できたのは良かったです.

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

9冊目。清水潔の「殺人犯はそこにいる」北関東連続幼女誘拐殺人事件と冤罪事件をベースにしたノンフィクションだが、バイオ系の人にこそ読んで欲しいと思った。添付写真は足利事件でほぼ唯一の物証、有罪の決め手となったDNA検査結果。上のバンドが一致しているか、自分の目から見ても相当危うい

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Hideaki E. Kato

@emeKato

1 year

"Top10%論文（筆頭著者カウント）の年齢ごとの輩出傾向を見ると、運営費交付金、科研費、その他競争的資金のいずれの研究資金種別においても、「第２類型」の若手において、高いアウトプットが出ている傾向が見られる。" え。筆頭著者でカウントしたら若手優位になるのはあまりに当然なのでは...？

Miho Yanagisawa

@mh_yanagi

1 year

リンク先に「研究資金配分と論文アウトプットの関係性分析」というのもあったので後でみる解析結果の直接リンク

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 months

有り難いことにIUPAB (International Union for Pure and Applied Biophysics) から賞を頂けることになりました。自分達の研究が国際的組織から評価して頂けたというのは素直に嬉しいです。 6/24より始まるIUPAB2024でlectureをすることにもなったので、学会に参加される＆お時間のある方はぜひ。

Hideaki Kato Lab (RCAST, UTokyo)

@hekatolab

3 months

加藤英明教授が2024年度のIUPAB Young Investigator Prizeを受賞されました。おめでとうございます！

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

該当論文はこれらしいが()、山中先生はコレスポはおろか共著者ですらない。これで辞任なんて前例を作らないでもらいたいところ。。 (というか、この助教が1st author兼コレスポのようなので彼一人を処罰して終わりで良いのでは。。）

縞うさぎ／詫摩雅子

@shima_usa96

7 years

きちんと調査をして、不正認定した組織の長が辞任しなくてはならない状況になれば、組織はますます隠蔽するようになるだろう。＞山中所長、辞職の可能性に言及　助教の論文不正問題（テレビ朝日系） - Yahoo!ニュース

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

We are very happy to announce our new preprint on the structure and function of HcKCR1 and HcKCR2, recently-discovered K+-selective channelrhodopsins (KCRs)! ()

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

JSTの創発的研究支援事業に採択していただきました。創発の名に恥じない研究を展開していけるよう、これからも頑張りたいと思います。

JST CREST・さきがけ・ACT-X

@JST_Kisokenkyu

4 years

創発的研究支援事業の採択結果が公開されました。採択研究代表者および研究課題は、こちらよりご覧ください。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

new release3 7Y5E: In situ single-PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex. (3.30Å) You, X., Zhang, X., Cheng, J., Xiao, Y.N., Sui, S.F. In situって書いてあるけど、reconstruction methodが"single particle"と書いてあるのでSPAかな？（それでも3.3Åは凄い）

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

StanfordのPython workshop、二日間＆昼ご飯までついて受講料$20というだけでも良心的なのに、よく見たら「最後まで受講した人全員に$20のgift cardあげるよ」って書いてあって思わず二度見してしまった。タダでPython教えてもらえる上、無料昼ご飯x2までつくのか。神か。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

うちのボス(ノーベル"化学賞"受賞者)が薬剤候補化合物の合成屋さんとskypeで議論している時、「そこのところもう少し詳しく説明してくれる？僕はあまりchemistryに強くないんだ」と言っていて、 (それはひょっとしてギャグのつもりなのだろうか…？)と思わざるを得なかった時のことを思い出した。>RT

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

うちの大学の図書館、飲み物を持ち込んでいいのか分からなかったので受付のお姉さんに「これ持ち込んで大丈夫...？」と恐る恐るコーヒーを見せたところ、にっこり微笑みながらゆっくりと自身のジャバチョコチップフラペチーノを高らかに掲げてサムズアップしてくれた（笑

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 months

Honored to be promoted to Full Professor in the Research Center for Advanced Science and Technology ( @UTokyo_Rcast ) at UTokyo. Deeply grateful for the support of friends and colleagues, and looking forward to continuing my work alongside the incredible teams here!

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

XhoIは「ゾーワン」ではなく「エックスエイチオーワン」が正しい読みだった模様。

New England Biolabs

@NEBiolabs

5 years

Turns out there is a lot of debate about how to correctly pronounce enzyme names. Thanks to @JasonWilliamsNY for pointing out that a definitive resource was lacking... it took us a few months, but you can now find enzyme name pronunciation on all @NEBiolabs RE product pages.

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

@su_my さんのお陰で研究室HPが大体完成しました！英語版はもうちょっとかかりそうですが、取り敢えず日本語版だけ公開。取り敢えず一つだけ伝えたい重要なことは何かというと・・・大学院生＆ポスドクさん大募集中ということです！（興味ある人連絡して下さいね！）

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

学食の商品サンプルがいつにも増してシュール過ぎる。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

あらゆる国、あらゆる分野のポスドクが応募可能なSkolar Award。優勝者は100,000 euros(約1100万円）の研究費をもらえる。必要なのは華々しいCVなどではなくwild and ambitious ideasとのことなので、面白いアイディアのあるポスドクさんはぜひ。元ツイートによれば応募は簡単らしい

Johan Seijsing

@JohanSeijsing

5 years

If you are a postdoc and need €100 000 for your research idea you should apply to compete for the Skolar Award. Now it is only two weeks left, but don't worry the application is very brief.

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Hideaki E. Kato

@emeKato

8 years

Stanfordのneuroscience系の建物にて、何者かによりマウスケージが破壊された上「これ以上マウスを殺して実験し続けるなら、俺がお前を同じ目に合わせてやるぞ」的なメッセージか残されていたらしい。怖。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

以前論文をsubmitした際「自分へのご褒美として山頭火に行ってきたよ！」と話したところ「もっとパーっと遊びなさいよ！」と某同僚に怒られた。その同僚がそろそろ論文をsubmitしそうなので、submitしたら何か言ってやろうと思っていたのだが、ボスに原稿を投げた時点でハワイに行ってしまった。負けた

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Hideaki E. Kato

@emeKato

8 months

2013年にボストンで飲み会をした3人(しかもこの時奥山さんと自分は初対面)。この3人で10年後にCRESTをやることになるとは、いったい誰が想像したであろうか…笑

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 months

武部さんや太田さんを含め素晴らしい研究をされている方々ばかりだったので今回の受賞は非常に嬉しいです。以前別の賞を頂いた際シニアの先生から「賞の格は受賞者が決める。しっかりやりなさい」というお言葉を頂きましたが、今回は第1回の受賞者ということで賞の名を貶めない様邁進したいと思います

Hideaki Kato Lab (RCAST, UTokyo)

@hekatolab

5 months

加藤英明教授が第1回神戸賞Young Investigator賞を受賞されました。おめでとうございます！

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

同僚「なんで日本人はそんな危険なもの（＝お餅）を食べたがるんだ？」自分「Because it's yummy. You know pufferfish, right? it's also yummy.」同僚「そうだった、日本人はそういう奴らだった・・・。」

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

日経の「博士増で生産性低下」のニュース、元データはこれのようだ。博士の人数と生産性だけ比較して両者を関連付けるのは危険では？という以前に、生産性の方も微妙に増えているように見えるのだが…。

博士増、生産性向上に結びつかず第4次産業革命の中の日本日本経済研究センター

www.jcer.or.jp

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

tRNAがvirusのcapsidタンパクと(pp150というタンパク質を介して）complexを作っているとな。。panel bが結構衝撃的。

Nature Communications

@NatureComms

3 years

The cryo-EM reconstructions of human cytomegalovirus (HCMV) virions reported by the @zhou_lab reveal host tRNAs associated with the virion’s capsid-bound tegument protein.

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

Our papers are finally out in @Nature ! Many thanks for amazing collaboration with @KarlDeisseroth , @Yoon_Seok_Kim and all our great collaborators! #optogenetics #channelrhodopsin #structuralbiology #neuroscience

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

The Miraprep: A Protocol that Uses a Miniprep Kit and Provides Maxiprep Yields 普通のmini prepでもカラムにapplyする前に1x volumeの100% EtOHとmixしておくと収量上がるって理解でいいんだろうか。試してみるか。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

確かにこの応募資格は味わい深い。「協調性、積極性、冒険心、高い向学心」辺りはともかくとして、「爆発的な瞬発力、驚異的な持久力、信念宿る強靭な肉体、不屈の精神、そして散り際の潔さ」とな。。特に最後の"散り際の潔さ"が一際この応募資格に深みとまろやかさを出していて非常に味わい深い。

Masayuki_Sakamoto

@SakamotoMasayu

7 years

理研BSIの村山研究室の応募資格、凄過ぎ・・・

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

Our paper showing two distinct conformations of hNTSR1(human neurotensin receptor type 1)-Gi1 complex is out now in @Nature ! Great collaboration with Skiniotis, Dror, and Junken labs!

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

精製時に釣れてきたコンタミタンパク質の結晶2種について、AF2 databaseのE.coli予測構造4175個を用いて網羅的に分子置換を行い、アミノ酸配列未知のまま構造決定したという報告。Fig2a,3aが美しい。これはやってて楽しかったろうなぁ。

bioRxiv

@biorxivpreprint

3 years

AlphaFold Protein Structure Database for Sequence-Independent Molecular Replacement #bioRxiv

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

ちなみにオーストラリアなんかは(PIになりたくない研究者が）生涯PDとして働くのも割と一般的なので、50代くらいのPDもラボにゴロゴロしているらしい。ただし、給料は~130K/y(日本円で一千万強）なので生活面での不便は殆どないとのこと。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

取り敢えず蛍光タンパクを単離したい。波長もさることながら光感度が気になる。（非常に高そう。）

sangmin.eth | Dify Ambassador

@gijigae

5 years

まるで宇宙人 👽！１２００メートル深海で発見された光るクラゲ、Halitrephes Maasi。 #WorldJellyFishDay #世界クラゲの日

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

自分も(おそらく)同じサービスを利用して、先日のnature論文2報を両面に貼ってもらったのだが、出来上がったマグをコラボ先のボスの誕生日にプレゼントしたところ、かなり喜んでくれた＆今も常用してくれている。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

Gradually...

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

Cool.

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

ボスに「某原稿の初稿、いつ頃がリーズナブルな締切だと思う？」と聞いたら真顔で「先週」と返答されて震えている今日この頃。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

何それ面白そうと思ってアミノ酸配列を見たら（あまりのリピート配列に）失望して、disorder予測して絶望した。こんなので受容体として機能するのか。。

m

@tak_miyawaki

4 years

Cocaine receptor identified as BASP1 Snyderラボ、コカイン受容体の同定。BASP1。Kd = 7 nM。コカインの低濃度での作用がこれで説明できるっぽい

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

proximity labelingツール開発の流れを簡潔にまとめてくれたaddgeneの記事。APEX2辺りで知識のupdateが止まっていたので非常に参考になった。サクッと読めるのでオススメ。

Proximity Labeling: A Powerful Tool for Protein Complex Purification and Proteomic Mapping

There are many method to identify protein-protein interactions. Learn about different method of proximity labeling based on biotin-streptavidin interactions.

blog.addgene.org

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

How Dry Ice Affects Sample pH & How to Avoid It ドライアイスでサンプル受け取ったら使う前に96時間ほど-80度においておこう、という話。

How Dry Ice Affects Viral Vector Sample pH & How to Avoid It

Learn how dry ice shipment can affect pH and discover precautions you can take to protect your virus samples.

blog.addgene.org

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

そんな試算があるとは知らなかった。。なお、少し探してみたところ簡単にソースを発見することができた。（これが元：）（関連：）

Testimony on Driving Innovation through Federal Investments before

Testimony by Francis S. Collins, M.D., Ph.D. before the Senate Appropriations Committee "Driving Innovation through Federal Investments"

www.nih.gov

Prof. Keiko Torii

@KeikoUTorii

7 years

大学での研究トレーニングは、データの読み方や論理的思考の訓練となる。全ての人々に備わるべき力。政府だって国民が賢く論理的な方がいいに決まっている。さらに、基礎研究に投資した公的資金は、より大きな経済効果を起こす。米国ではNIHによる$1の投資が$2.15の産業利益を生むとの試算。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

少し前の話になりますが（＆既に気付いている知り合いも多いですが）、フロンティアサロン永瀬賞特別賞を頂きました。今まで頂いた賞の中でも色々規格外な賞だったので驚きましたが、共同研究者や研究室メンバーに感謝しながらこれからも研究に邁進して行きたいと思います。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

というわけで、さきがけることになりました。宮道さんや奥山さん、塚本さんなど昔から尊敬していた先輩方の同期生になれたので、名に恥じぬ成果をあげられるよう頑張りたいと思います。（まぁまだ大学との交渉が決着ついてないのですが。。）

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

子供の頃、父に連れられてよく国立科学博物館に足を運んでいたこともあり、その科学誌に掲載して頂けたというのは少し感慨深いです。有難いですね。

Hideaki Kato Lab (RCAST, UTokyo)

@hekatolab

2 years

#国立科学博物館の科学情報誌「 #milsil （ミルシル）」にて、当研究室の研究を紹介いただきました。WEBショップ（）やミュージアムショップ、Amazonでも入手可能です。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

Discovery of Human Signaling Systems: Pairing Peptides to G Protein-Coupled Receptors 今年の初めにこの話を聞いた時はbioinformaticsすげぇ、と割と衝撃を受けたのを覚えている。非常にcoolな仕事。論文の方もちゃんと読んでおかねば。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

自分も大変光栄なことに同じ式典で講演をさせて頂くことになったのですが、何を期待されているのかわからずにスライド作りが難航中。。「諸君私は構造が好きだ」とかやろうかな。。

Shigeru Kondo

@turingpattern

5 years

明日、出身学科「生物化学科」の60周年記念式典で、講演します。大変光栄ですが、研究のこと話しても、分子生物学っぽいことあんまりしてないので、浮きそう。何を期待されているのだろうか？？もしかすると少佐演説かな？（公演スライド作成中）

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

うーん。相変わらず学生さんから良い質問が飛んでくる。。しかし逆空間からEwald球、フーリエ変換、convolution、パターソン関数、MIRやMRの原理、果てにはMolrepの評価関数の中身まで理解してる学部1,2年生なんて日本どころか世界中にも殆どいないのではなかろうか。彼ら絶対当時の自分より頭良いわ。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

10 years

果たして自分は断ることが出来るだろうか。途中でデータのおかしさに気付くことが出来るだろうか。それを共同研究先に伝えてコラボを途中で打ち切ることが出来るだろうか。S先生と違う結末を歩むことが出来るだろうか、と考え始めるとかなり重い気持ちになってくる。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

Our review is out in Current opinion in Structural Biology! “Pump-like channelrhodopsins: Not just bridging the gap between ion pumps and ion channels” A short summary of recent findings about PLCRs (including ChRmine and HcKCRs). Congrats Koichiro!

Hideaki Kato Lab (RCAST, UTokyo)

@hekatolab

2 years

Current Opinion in Structural Biology誌に総説 "Pump-like channelrhodopsins: Not just bridging the gap between ion pumps and ion channels"が掲載されました。筆頭著者は昨年Cell誌に論文を報告した岸さん( @K_E_Kishi )です。岸さん、おめでとうございます！

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

ピペットマンからチップを手で外して本体の方をゴミ箱に投げた程度には疲れてるから帰る。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

旅費申請書類に「このtripがStanfordにとってどんな利益に繋がるのか」と書く項目があるのだが、先日風邪と寝不足により朦朧とした頭で提出した書類を見直してみたら「年300万の間接経費がお前の懐に入る」と直球で書かれていた。我ながら大丈夫だろうか、これ。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

トクロンティヌス先生の新作が読めるのは実験医学（とカクヨム）だけ！

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

grant面接の時などに（keynoteではなく）ppt縛りを課してくることをパワーポイントハラスメント、略してパワハラと名付けたい。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

TOMYの遠心機は昔から工夫が感じられて好きなのだが、先日N研に行った時に見つけたこれは完全に予想の斜め上の製品で驚いた。知っている人は知っていると思いますが、1.5mlチューブ"1本"から遠心可能な卓上遠心機です。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

8 years

どこの剛の者の仕業だよ。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

Wowww. So many cool adhesion GPCR structures! tethered ligandが結合した状態のadhesion GPCR構造がいきなり4報同時にNatureに。明日はこれ読まないとですね。

Structural basis of tethered agonism of the adhesion GPCRs ADGRD1 and ADGRF1

Nature - Cryo-electron microscopy structures of the adhesion G protein-coupled receptors ADGRD1 and ADGRF1 provide insight into how these receptors are activated in an intrinsic manner through a...

www.nature.com

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

@jseita @HattoriM まぁ普通はコンスト作成→発現→精製→結晶化→回折実験辺りをぐるぐるぐるぐる周回するので、今回のスピードは配列公開前から配列情報と全合成した遺伝子を受け取っていたとしても、驚異的ですね。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

A Forward Chemical Genetic Screen Reveals Gut Microbiota Metabolites That Modulate Host Physiology 腸内細菌144種の培養液上澄をPRESTO-Tango kitを用いて314種類のGPCRにふりかけ、腸内細菌と活性化されるGPCRのペアを網羅的に同定。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

1 year

講義を依頼して頂いたため、京大まで来た。東京に戻るまで少し京都観光でもしたいと思う反面、締切の差し迫った（or 過ぎた）仕事が溜まっておりそんなことしている余裕はないのでは…と葛藤した結果、両者の折衷案を取って京都のコワーキングスペースに観光に来た。しかし東京より全然安いな。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

unreleased2 7LLR, S: CryoEM Structure of the Human Su lab. ...!?

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 years

某出版社から「先生のご研究に関係ありそうな、こんな書籍いかがですか？今なら試し読みできますよ？」という営業電話が来たのだが、よくよく聞いてみたら自分が（一部）執筆した本であった。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

8 years

個人的にPPAPよりも衝撃動画だった。。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

素晴らしいリストなので留学を考えている博士過程の学生or留学したてのPDは必見。あと、ここに乗っていない有名なものとしては、Damon Runyon Cancer Research Foundationくらいだろうか。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

話に聞いていたhuman proteome (ヒトの98.5%のタンパク質構造予測）の構造予測論文が出たみたいです。（EMBL-EBIと一緒の仕事。）ただ、databaseは落ちてるみたいですね（？）

Highly accurate protein structure prediction for the human proteome

Nature - AlphaFold is used to predict the structures of almost all of the proteins in the human proteome—the availability of high-confidence predicted structures could enable new avenues of...

www.nature.com

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

先日、grant審査の面接にて、開始10分前にzoomアドレスを確認しようと案内メールを見たら「オンサイト面接」だったことが分かり、一気に血の気が引き・・・朝4時に飛び起きたのを思い出した。（あまりにリアルな悪夢だったので状況把握するのに2-30秒かかりました。）

ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧

@dritoshi

2 years

現地開催やオンライン、ハイブリッド、オンデマンドの学会が入り混じってきて、うっかりミスすると、自宅にいながにして「10分後に出番となる講演が岐阜」みたいな恐怖体験しかねないし、やりかねない側の人間だわ

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

mira prep、試しに自分でやってみたら確かに収量は普段の10倍強に増えた。(3mlカルチャーあたり150ug程度) 取り敢えずこれ使ってシーケンシングとトランスフェクションが上手くいくか試してみます。毒性高いという話も聞くので。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

（悪い意味で）衝撃的すぎるニュース。。学食が閉店。。

東大生協駒場食堂

@komabasyokudou

4 years

【駒場リサーチキャンパス食堂】 9/14-長期休業のお知らせ平素よりご愛顧いただきありがとうございます。この度、コロナウイルス感染症の状況を鑑み、暫くの期間閉店をすることとなりました。組合員の皆様にはご迷惑をお掛けしますが、どうぞご理解のほどお願い申し上げます。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

10 years

しかし、仮にある日知り合いの先生から「遺伝子導入無しに多能性幹細胞を作る手法を発見したのですが、論文をsubmitしてもrejectされてしまって。。論文の書き方や構成にも大分改善の余地があるのではないかと思うのですが、良ければ○○先生の知恵を貸してもらえないでしょうか」と言われ

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Hideaki E. Kato

@emeKato

5 months

研究室の新入生歓迎会を行なっていたら、ラボメンバーからサプライズで誕生日祝い（ケーキと色紙と観葉植物のプレゼント）をいただいてしまった。先日昇進祝いをしてもらったばかりだったので全然予想していませんでしたが、これは控えめに言って結構嬉しいですね・・・。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

new release5 Crystal structure of serotonin 2A receptor w/ ... 7WC4: with serotonin 7WC5: with psilocin 7WC7: lisuride 7WC8: lumateperone 7WC9: non-hallucinogenic psychedelic analog "Structure-based discovery of non-hallucinogenic psychedelic analogs." Wang lab. Science.

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Hideaki E. Kato

@emeKato

9 years

acknowledgementで彼女にプロポーズ＆それを知っていて黙認したCell Press. 初めて見た、こんなの（笑　 http://t.co/L4u1gZiJoG

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Hideaki E. Kato

@emeKato

8 years

「不良品濃縮器のせいで精製タンパク床にぶちまけたにも関わらず夕飯食べてから何事もなかったかのように実験再開して、テックのミスでウイルス22サンプルダメにしたにも関わらずコーヒー１杯飲んでから何事もなかったかのように実験再開するお前のメンタル尊敬するわ」と同僚2人に賞賛されたなう。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

3 years

去年自分の授業を取っていた学生さん（今年学部2年生）から「進路相談に乗って欲しい」と連絡があったので話を聞いてみたところ、「将来アカデミアの研究者を志望している」と言い切り、色々と先を見据えて動いている熱意と行動力に溢れる学生さんで、こちらも話していて楽しくなってしまった。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

4 years

建物の前にマスクをした隣のラボの助教さんらしき人が立っていたので、「おはよー、どうしたの？」とカジュアルに声をかけたら、容姿がよく似た業者さんだった。しかもうちに出入りしている業者さんだった。つらい。

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Hideaki E. Kato

@emeKato

7 years

クーパーさん元論文では「宿題と成績の相関は12-18歳の方が5-11歳より強かった」、英語記事の方では「宿題はサプリと似てる。全く取らなくてもダメだし取りすぎてもダメ」という趣旨のことを言っているのに、これが先ほどのRT記事だと「宿題は禁止に値する」という結論になる不思議。>RT

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Hideaki E. Kato

@emeKato

2 years

憧れのNeuroRadioに出演させていただきました。聞き返してみると中々恥ずかしいですが、話している時は楽しかったです。・・・神経科学者の方々に対してためになることを話すことができたかは相当怪しいですが（笑

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@tak_miyawaki

2 years

#NeuroRadio 最新回は加藤英明さん( @emeKato )ゲスト回！最近のChRmine論文やこれまでの仕事を振り返って頂きつつ、cryo電顕やAlphaFold2が出てきてからの構造生物学、いかにして構造生物学が神経科学や関連ツール開発と関わってくるか、等についてお話し頂きました。超勉強になった

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Hideaki E. Kato

@emeKato

6 years

いつの論文かと思ったらまさかの先月。問題のFigを見るとアウトに見えるし、その数も半端なく多いし、これは炎上不可避案件ですね・・・。