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何処かの世界で、カオスな留学生活を吐き出していたポスドクポケモン。ちょっとした実験tipを #研究Club でまとめ中。最近、 #ImageJ マクロ勉強Club も始めてるけれど、画像解析全般のお話になってるw 質問はこちらまで

ミトコンドリア生化学

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2 months

PiggyBacって安定発現株を作る方法があってトランスポゾン利用した安定発現株の樹立法で、2プラスミドをトランスフェクション入れたらそれだけで安定発現なっちゃうの凄い便利そうで使いたいんだが、有名じゃないのは何か問題あるから？と疑っちゃって悩むンゴ #研究Club

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2 years

博士課程行くとモテない...みたいな話がトレンドらしいお。僕の博士時代はというとモテモテでした。僕が来るとすぐに気付いて、小走りで駆け寄って、手を出すと嬉しそうにすり寄って来るんです。ラットが

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9 months

学会のプレゼンってさ、どんなにクソでもやったら終わるし座長が流してくれるし。研究者って大体忙しいから、クソみたいな発表だったら途中から聞いてないから記憶に残ってないし。つまり、あんまり気負わず挑戦して良いと思うんよな、特に若い人達は。

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2 years

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1 year

【完成版】研究者合コンのさしすせそ再現性高そうですね！新規性すごいですね！凄い表現型ですね！世界初ですね！想像が膨らみますね！これでアナタも学会でモテモテに！？

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3 years

日本のラボが研究費ないないになる理由の大きな一つが機材を各ラボみんな買うからだと思うこの頃 🇮🇹の今のinstituteだと、アガゲルやSDS-PAGE泳動槽とかもシェアだし、メーリスで「こんな試薬(or 抗体)使い��いんだけど余っとらん？」とか全体に回ってくるから、倉庫肥やしになる試薬も活用されるし

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1 year

ProteinTechで、90%の抗体で免染(IF)が改善するって言ってるPHEM bufferさ WBで使っても結構バンド変わるね！ノンスペ全部消えたんだがw ちなみにコイツ、90%でIF改善するかは不明だが、稀に染まらん抗体を、まあ書い直ししなくていいかくらいの染色にしたりする #研究Club

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Immunofluorescence: Tips for Immunostaining Cultured Cells

Instructor of Medicine at Harvard medical school, Nancy Kedersha gives her tips on Immunostaining Cultured Cells

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9 days

若いときからタスクを滞納し続けてる人は、日々タスクの返済に追われて、自己研鑽やチャレンジやちょっとした道草と発見の機会を失って成長できないから、ずっとタスクの返済に追われるんだ

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1 year

In-fusion高いので、大腸菌溶解液使ってシームレスな相同組み替え型クローニングできるようにしたSLiCE法(ランコスト200円とか) ... から、重要要素の同定したって論文やっと読みまちた。ExoIII(Takara)とExoT(NEB)だけ入れれば同じ事できるらしい→発注ぽち〜 #研究Club

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Quick and affordable DNA cloning by reconstitution of Seamless Ligation Cloning Extract using...

Molecular mechanisms underlying the widely accepted Seamless Ligation Cloning Extract method were elucidated. A novel protocol was developed for quick and affordable seamless DNA cloning. Commercial...

onlinelibrary.wiley.com

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1 year

漢、ロンドンのココチイで遠き大和を感じて泣く

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2 years

人生の九割を研究に割かないとアカデミアで生き残れない、みたいなTweet見たおずっと思ってるのは、(個人レベルでは好きに生きれば良いと思うけど)仕事そのものに9割割かなきゃな業界は、研究に限らず、業界として縮退していくし、規模が小さい業界ってお金や補正が入りにくいし長続きしないとは思う

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2 years

【ガチ注意】 HA-tagってアポトーシス時、切断されます #研究Club

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The HA tag is cleaved and loses immunoreactivity during apoptosis

Nature Methods - The HA tag is cleaved and loses immunoreactivity during apoptosis

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2 years

FBSって、実はテトラサイクリンが混入してます(濃度はロット依存)。TetON/OFF系は普通のFBSだとdox未添加で動いちゃうケースがよくあるし、ミトコンドリア翻訳もちょい阻害されてる説も微レ存気になる人はTetracycline-freeのものを使ってみるのがおすすめです #研究Club

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2 years

ウエスタンで、複数抗体のせる時、切るのはキツい、ストリッピングは抗体以外にブロットタンパク質も取そう.. そういう時は二次抗体HRPをH2O2で失活させて、そのまま別抗体のせるってのを昔Tweetしたけれど。 10%酢酸も良いって論文。今日やったけどいい感じ #研究Club

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Inactivation of Horseradish Peroxidase by Acid for Sequential Chemiluminescent Western Blot

Chemiluminescent western blot mainly uses horseradish peroxidase (HRP)-labeled secondary antibodies for detection. Here the authors demonstrate that acid equivalent to 10% acetic acid can efficient...

analyticalsciencejournals.onlinelibrary.wiley.com

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1 year

ちなみにミトコンドリア研究者ならこの論文は絶対読んだ方が良いミトコンドリア全タンパク質種と各発現比率、ターンオーバー、どの構成要素がどの疾患に関連高いか(Fig5)とか出てる例えば、呼吸鎖II構成要素の67%がTumorと関連するpotential高いけど、呼吸鎖Iでは2%だけ

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3 years

UK変異株は、普通コロナより、感染力が1.7倍。僕らの対処が同じでは、変異株感染率が増加して、勝手に実行再生産数は上がってしまう (僕の)イタリアでは感染低下が打ち止めになって調べたら、20%が変異に置き換わってて慌てて規制強化。トータルコロナの感染力は、変異株登場前の1.34倍..恐ろしい

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2 years

意外と知らない蛍光タンパク質の輝度強度 EGFP:34 / mCherry:16 / DsRed & dTomato:49 / EBFP:6 / ECFP:12 / Venus: 53 / mScarlet:70 / mTagBFP:32 / Cerulean:27 一概に強い方が良いわけじゃないですけど、monomerとか拡散エリアの広いものとか、vivoなら高い輝度がほしいですよね #研究Club

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8 months

siRNA.. てかshRNAだけど、既報論文から配列探して試すより、SigmaのMISSION shRNAのデザインページからSigmaがqPCRで効果確認済の配列を参照してブラバ→オーダーの方が経験的に圧倒的に良いの当たるから、論文から探さんくなったにぇ次点でVector-builderの自動設計から取る。よく当たるから

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2 years

ImageJには、Plugin>Macro>Recordの記録機能があるので、 ①これに解析したいフォルダを参照するopenDir、②開くファイルを条件化するif、③工程をループ化させるfor の使い方を覚えれば、同じ処理をフォルダ内の全画像に行うとかのImageJマクロは、案外、素人にも難易度低く作れるはず #研究Club

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3 months

アクセプテッド！！！！婚姻届が

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2 years

病は気から、と言うけれどミトコンドリアお前、(老化で)呼吸能とか低下してるだろうに、人工タンパクで膜電位さえ上げとけば、寿命伸ばせるんかそして昔からミト膜電位なんて、Optoteneticsで制御モデル作れるだろバズるだろ(いつかやろ)と言ってたがやはり出てしまった〜

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Optogenetic rejuvenation of mitochondrial membrane potential extends C. elegans lifespan

Nature Aging - Using light to optogenetically power mitochondria, this study shows that opposing the age-related decline in mitochondrial membrane potential leads to increased healthspan and...

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2 years

ちょっと専門的なtips ①α-Synuclein ヤツはメンブレンに(ほぼ)吸着しないから、WBではメンブレン固定しないとロスって見えない ②PINK1 ヤツは秒で分解されるから、Proteinase inh.大量入れんとSamplingで消える ③mito膜電位呼吸鎖Vが逆回転できるから、O2消費下がっても案外落ちない #研究Club

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3 years

@spain_seikatsu 同じに見える。。は結構稀ですけど、「年齢全然分からん」はよくあるかも。そして僕も同じことをヨーロピアンに思います(全員が年齢不詳w)

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@U_hiraku

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9 months

最近思う機会多いんだが.. PFAとMeOHは固定原理が違うからデータ解釈も変わるんだぜ(ホルマリンも微妙に違う) FACSはMeOH使いがちだし、固定って一括りにしてる人は、この原理ギャップでミスリードとか、原理的に当然の帰結として実験失敗してる人が多い印象 #研究Club 例えばCSTはこう言ってる ↓

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21 days

PFA固定よりGlyoxal固定のが良いって論文。確かにタンパク質の検出とRNA関係ではかなり優れたメソッド感あるから試してみたい、にぇ。、、、、、、ただpH5利用だからちょっとミトコン観るのは個人的には気になる、、、、、、かな、やっぱり(試してみないと分からんが)

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Glyoxal as an alternative fixative to formaldehyde in immunostaining and super‐resolution microsc...

image image Enhanced fixation speed, decreased toxicity and better preservation of cytosolic nanostructures and membrane‐bound antigens make the small dialdehyde glyoxal a promising alternative to...

www.embopress.org

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2 years

一番使われてるMyc-tag抗体(9E10)って、 Mycの直前の数アミノ酸が、正電荷じゃなくて、小さな中性アミノ酸になるとウエスタンブロットの検出感度が劇落ちクンするらしい。。 #研究Club

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The Myc tag monoclonal antibody 9E10 displays highly variable epitope recognition dependent on...

Recognition of Myc-tagged proteins by the widely used antibody 9E10 varies depending on sequences adjacent to the tag.

www.science.org

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2 years

棒グラフの市民権が失われてきて、ドットプロットが一般化してきて.. さて、皆さんはスーパープロットはご存知でしょうか？無料ツールないもんを基準にするなんてscienceが死んじゃうお！って感じの彼らがまた作ってくれたもよう。いつもありがとうリプに詳細 #研究Club

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SuperPlotsOfData—a web app for the transparent display and quantitative comparison of continuous...

Plots and charts are graphical tools that make data intelligible and digestible by humans. But the oversimplification of data by only plotting the statistical summaries conflicts with the transparent...

www.molbiolcell.org

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3 years

ありましたww G-418で選択する時は、ペニシリン/ストレプトマイシンと使用すると死ぬ.. んじゃなくて、効かなくなるもよう。だから、Pen/Step有りでG-418効く条件って、割りかし耐性遺伝子とか関係なく死んじゃう、はず。 #研究Club Gibcoの説明 ↓

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3 years

あれ？ネオマイシン選択って.. なんか理由あって、ペニシリンストレプトマイシンだったかFBSだったか、なんか抜かんと耐性遺伝子あっても割りかし死ぬんじゃなかったっけ？？ ↑ 誰か知ってます？僕の勘違い？？

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2 years

よい感じの免疫染色のノウハウページ見つけたので共有〜「多くの場合、免疫染色において問題となるのは、抗体や細胞ではなく染色方法です」キメ顔で僕はそう言った。 #研究Club

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2 years

とりあえず、ImageJのディープラーニング用のplugin DeepImageJを調べたり使ったりしてるなう。で、既存のが色々あって、今の解析以外でも役に立ちそう。電顕のミトコンドリア自動検出とか！リプにplugin入れるダウンロードサイトと、Learnedされたモデルのまとめサイト貼っときます

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3 years

PA-tag(GVAMPGAEDDVV)は日本発のエピトープタグ！何が良いって、12aa=36bp配列と短いからPrimerに含めて、クローニングで一発ダイレクト挿入できる。しかも抗体はWako様から30000円/200µLで安い。しかもRat抗体で組み合わせし易さも◎(感度も良さげ) #研究Club

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PA tag｜【ライフサイエンス】製品情報｜試薬-富士フイルム和光純薬

「PA tag」。富士フイルム和光純薬株式会社は、試験研究用試薬・抗体の製造販売および各種受託サービスを行っています。先端技術の研究から、ライフサイエンス関連、有機合成用や環境測定用試薬まで、幅広い分野で多種多様なニーズに応えています。

labchem-wako.fujifilm.com

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1 year

ゆうらく「Can You generate ImageJ macro?」 ChatGPT「Yes. ImageJ macro is a programming language used in the ImageJ software to automate image analysis tasks. It uses a syntax similar to that of the programming language Java.」続きはリプへ(1/3) 多分、画像解析する人は見た方がよい

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1 year

そういうや昔、免染の一次抗体反応はPBSよりPHEMバッファーの方が良いよ！ってProteintechのページ共有したことあったけど、覚えてます？あれからどれくらい経ったのか。。半年くらい経ったかな？今は一次抗体反応はPHEMバッファーしか使ってませんww

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3 years

学生さんはoffice wordのプラグインで、Mendeley Citation入れて、博論/修論の引用貼り付けするのが、無料でお手軽なのでオススメ .. まさか、手作業で一個一個ナンバリングとか論文名・著者書いてないですよね？それだと途中に引用追加したら番号全部打ち直すのよ？(あれは大変だった。笑)

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10 months

あと、ウエスタンブロットの抗体用のSignal enhancerのCan get signalって日本に居た時にとても重宝してたけど。大体の抗体(少なくとも免染はキレイなのにWBだとイマイチなんだよねって抗体)はPBSTかPHEMで乗せるととてもバンド良くなりがち。たぶん単純にTBSTと相性わりゅい。

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11 months

プレゼンスライドについて何か見たので、ちょっとXしてみたり。わっちはイラストとかデザイン側の知識が、まあ普通の他研究者よりあるとは思うんだが。有名なデザインのノウハウに三分割法というのがあって。本質的に、人間はここを最初に見る。被写体とかFigureとか大事なのはココに置くと良き

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1 year

ラボの3Dプリンターで作った(学生が)！！Bax活性化してるからシトクロムCでちゃう

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9 months

これ地味に役立つや～つ ImageJってコピーしてもアプリ内で保存されてシステム行かないやん？ppt貼る時にEdit>Copy to Sytemするのって地味に面倒やん？ Plugins>Add shortcutで追加設定できるお。これで(わっちの場合は)Ctrl+Shift+0でコピペしてpptにCtrl+Vで貼れる！！ #ImageJ マクロ勉強Club

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3 years

GC率が極端に高い場所や断片は、PCR増えにくかったり、まれにバグったりしますよね(100bp以上GC70％以上) もしこれで困ってるなら、PCR反応液に1-5％DMSO入れれば解決しますよ〜後、30℃でプレーディングしたり、SOC培地で回復期挟んでからプレートすると形質転換時の問題は減りがち #研究Club

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2 years

WBの転写後固定は、実はめちゃシグナル強なる(washで結構タンパク質取れるw) 中身未公開だから分からないけど、転写後、Blocking前に処理するエンハンサー(therno?)はこの原理じゃないかとは思うわっちはH2O2で二次抗体失活させる乗せ直しじゃなくて、Strippingが何回も必要な時には固定しとく

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2 years

でけた！！笑

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2 years

良く見るこれ(↓)改変して、いいねの数だけ研究者紹介する、作ったら界隈に拡散されて面白いことになる！？

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3 years

筑波の教授の話?で、セクハラとか言うの良くないと思うんよ胸を触ったり等して..ってそれ、シンプルに犯罪じゃね。あまり弱い言葉(ハラスメント)を使うなよ、弱く見えるぞ！何でセクハラ委員会、警察に即通報しなかったし。極上に腐敗すると、身内ルールと感性が法律より重視されるってあるよね

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8 months

OPTI-MEMって改変MEMで、(物によるんだろうけど)Thermoのreduced serum mediaはFBS少なくできるよう、インスリン/トランスフェリン/ヒポキサンチン/チミジン/ミネラル加えられてるのね FBS1%にした実験で何でTransfectionした方だけ生き残るのか分かった！(勉強になったし考えること増えた) #研究Club

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5 months

Cellposeのver2.0は、学習させ直しもUI的に使い勝手よくなったと聞いたので、環境構築してダウンロードしてみたお多少の画像調整と再トレーニング要るけど、ミトコンドリア単染色から細胞領域検出とかの用途でもかなりツヨ強.. 当社(ゆうらく)比でw #ImageJ マクロ勉強Club

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Cellpose 2.0: how to train your own model

Nature Methods - Cellpose 2.0 improves cell segmentation by offering pretrained models that can be fine-tuned using a human-in-the-loop training pipeline and fewer than 1,000 user-annotated regions...

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@U_hiraku

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3 years

EUのポスドク事情所属がビッグラボって理由もあるかもですが、ポスドク募集メールは毎週回ってきます契約は、だいたい350万円/年。日本平均年収は450万らしいですが、イタリアは300万程度なのと、税金差で、日本の生活観だと500万円相当かと(体感)。任期3年とはいえ裏技で再更新できるのが普通です

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@U_hiraku

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2 years

論文業績の主義って本数主義なら時間かかる研究分野を淘汰していくし。IF主義なら(基本)CNSには出ない分野を淘汰するんだなって多分野の人の話聞く機会が増えて、自分の見聞きしてたサイエンスがBiologyの中で本当に一部で、(ある意味)こっちのが楽な分野やんって思った時に業績の見た方変わった

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3 years

2つの遺伝子発現させる時 IRESだと後半の発現落ち気味。ダブルプロモータは二つのセットと細胞種に依存するけど、結構ぶれぶれ。自己切断配列のP2AやT2Aで、2つの遺伝子繋ぐと発現揃えられますけど、後半側のN末端にちょい残基付く... MTS生きてるのか？(←目下確認中。共有を待たれ～) #研究Club

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3 years

日本はまだ寝てるだろうから、こっそり飯テロ返ししとこ(..このプレートだと大体200円)

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2 years

これは僕も当時とても言われました。あ、でも今の経験踏まえて(僕なりに)付け足すと、近年中の論文数はラボメン人数で割ってみた方が良いかも。毎年一報は出ててもラボメン10人ベースのラボなら、君のターンは10年後(かも)

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@U_hiraku

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2 years

画像解析 ImegeJとCellprofilterの違い(勉強中) ざっくり、マウスはImageJ、細胞ならCellprofilterのが良さそう。あるいは単染色ならImageJって解釈も。理由として、平均か中央値か的なインサイトと、相関性を考えたいかだと思うんですけど、ちょっと思ったことをリプで書いておく～

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@U_hiraku

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2 years

やっほー皆、ラボしてるぅ？や、今日は休みか。 (.. ちゃんと休めてるといいな) 昨日のフォロワー1000人記念企画　#研究Clubスペの復習教材です。皆さんのコメも反映してます(僕も大変参考になりました)。「そうそうこんなん言ってたw」と役立てば幸いです.. めちゃんこ喋ったし(^_^;)

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@U_hiraku

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2 years

これがOpenCell CRISPRで蛍光タンパク質タグを入れたHEK細胞、1310種の免疫染色画像とプロてオーム解析のオープンリソース.. かな。まだちゃんと見てないけど。自分の興味あるタンパク質あると捗るね！ #研究Club

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@U_hiraku

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2 years

細胞飼う時に抗生物質入れるか？みたいな話を見たのでついでにツイ。僕は日々のカルチャーでは入れるけど、実験用では割かし抜く派理由は沢山あるんですけど、一応論文的には普通の使用濃度のPSはmtDNA翻訳を結構落とす事、PSない培地の方が基本的にはlipofectamine系の導入効率上がる事あたりが主

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@U_hiraku

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2 years

splitGFP再構成は、解離定数=0.1nMと言われてます。これ結合ﾂﾖﾂﾖで、ちょい問題で.. 強制的にタンパク質結合(PPI)させるFRB/FKBPで解離定数10nM。生理的PPIの一例として、Fos/Junが0.1µM →普通のPPIより強いから、結合しない2つもタグ付けしたら全然くっつけます(用途に注意) #研究Club

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@U_hiraku

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3 years

@bar1star @URRK12 個人的には、 ①補足データで「先天疾患別のリスク調査」してたり、 ②ディスカッションで「UK変異がマジョリティ化してるイスラエル事情から見た変異株効果」の推定してたり、という部分もとても丁寧でいい論文だと思いました！

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@U_hiraku

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2 years

免疫沈降ってSepharose-beadが使われがちだけど、(経験的に)Magneticの方を圧倒的にオススメしたい ProteinGの反応が長くなると、可溶化分画から不溶性物が新生されたり、Sepharoseにペタついて落ちてきません？反応メソ最適化でも解決できるけど、磁気のが大概は楽でブレない印象です #研究Club

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@U_hiraku

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1 year

昔から割とよく、アカデミア研究者って、下手な営業職よりその辺のスキル必要だと思う.. 論文のために新規性というかマーケティング調査と製品実現しなきゃの他に、同じような事を、就職のために自分自身について近研究分野での新規性というか特色みたいなマーケとスキル開発も自分一人でしなきゃだし

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@U_hiraku

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3 years

だから、今の正直な心情として CNSみたいなトップ雑誌に載る研究プロジェクトはいらない。一個から数珠つなぎに、何報も釣れてくる研究プロジェクトがほしいの。パイオニアになりたいのだって、生き残れる先生って、大体「〇〇分野で、〇〇の領域って言ったら、この先生！」みたいな著名性あるよね

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@U_hiraku

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1 year

さっき読んでた論文の気になる(やりたい)実験方法メモ細胞死のリアルタイム観察 Incucyte Cytotox Green Reagentは培地添加の無毒性試薬で、細胞ダメージに応じて細胞に取り込まれ光る。つまり、いつ、どの状態の単細胞が、どのフェイズで死に始めてるか顕微鏡ベースでチェイスでも使えるっぽい

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@U_hiraku

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1 year

知ってる人は知っている知らない人は★覚えてねミトコンドリア呼吸鎖が止まると、中間代謝物供給の問題でウリジン作れなくなって絶対死ぬマンなので、呼吸鎖欠損細胞とかは培地にウリジン入れる勿論、vivoなら細胞外から供給されるので培養細胞ならではの表現型かもだけれどつまり、わっちは...

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@U_hiraku

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2 years

マクロでImageJ解析作業が効率化したぞ！とか言っているけれど、そもそもImageJへの理解が最近進んで、こんなことも出来るんだぁ～、と沢山知りました (´-ω-｀;)ゞﾎﾟﾘﾎﾟﾘ＃研究Club 忘れ防止とシェアを兼ねてリプ欄に書き連ねてきます！ (＊ImageJは苦手です、と前もって) ↓

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@U_hiraku

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2 years

前にTetON系の話がちょっと話題だったから、TetON系のクローニングの話も一個(知ってるかもだけど) TetON系は8リピートの配列でドライブするから、DH5αだと割とエラーしたり、こっそりプロモーター飛びます(Maxiで増やす時でも)。STBL3かNEBstableを使うのが○。最悪DH5αなら30℃培養が吉 #研究Club

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@U_hiraku

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2 years

前ラボで10分くらいかけて撮ってたレベルの画像が、今ラボだと45秒で撮れてしまうので、設備の差は無情よなと思うちなみに、博士論文のリバイスの時の僕は「ああ僕の人生は一生小胞体を取り続けるだけの人生なんだ」って思った(免染撮るのキツすぎて

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@U_hiraku

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1 year

細胞の培養条件って悩ましいよね DMEM high glucoseなんて、グルコース量とか色々生体じゃ有り得んくらい多いけどでも細胞がプラスチックに単層でいるなんてのがそもそも生体的じゃないし、下がプラスチックだと下からはモノを取り込めないし、生体より濃度高い方が、むしろ生体に近い説もあったり

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@U_hiraku

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1 year

くさい。 mRNAはそこそこ出てるのにタンパク質が検出できないってのは結構くさい。こういうのって割と、特定条件下で分解やめると、一瞬でタンパク質発現上げれるから、なんかの環境適応かストレス応答のinitial responseしてる印象低酸素のHIF1とか、ERストレスのXBP1とか、MitophagyのPINK1とか..

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@U_hiraku

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2 years

#いいねされた数だけいつも使ってる実験マテリアル等を晒すとか言うものをインスパイアされて思いついた(勿論、分別もって出せる範囲でね？)

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@U_hiraku

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1 year

分子機序やってると物性って視点忘れがち、という自分で気を付けてる事があってミトコンドリア分裂させるDrp1ってミトコン半径を圧搾できるけど実は切断できない、別分子が切断してるってtopicがあってでも実はそこに分子機序はなくて、膜の流動性と張力で勝手に切れるのではとかわっちは思ってる

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@U_hiraku

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1 year

海外勢はよく、なんとかなる、というけれど。おけまる〜といざ来たら全然何ともならず、勾留されかけたり、1ヶ月後には日本帰ってやり直した身からすると、何とかならんくても留学は続く、のが正しいとは思う。あるいは、何ともならなかったくらいじゃ留学は終わらない(自分から止めるなら別だが)

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@U_hiraku

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2 years

フォロワー1000人記念のアンケ結果から、とりま、(細胞?)実験tipsスペをやってみる事になりました！時間は次の土曜で、日本時間21時半。🇪🇺1時半です。 (トークデッキは追ってリプ欄にでも追記.. デッキ入れてほしいことあったら書いてね！)

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@U_hiraku

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1 year

効果的なsi/shRNA探す時に、実例論文を探す方法もあるけど、ライブラリーみたいの握ってる所が、割と標的配列とか高性能予測(+Validation)を公開しているから大体これにdTdT足せばいけちゃう(経験的に) #研究Club GPP Web PortalとSIGMAのサイト ↓

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@U_hiraku

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11 months

(……きこえますか…いま私はボスぴっぴの脳に直接語りかけています……冷静になるのです…メインfigはもういっぱいなのです…スクリーニングなんてしたらメインfigが二桁いくのです…別ポスドクを雇用して別論文でやるのです……)

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@U_hiraku

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1 year

初代培養tipsで培地交換で培地半分残すって話があって。培地にGrowth factorとかExosome出てて全洗浄するとゼロになって死にやすい、みたいな原理なんだがミトコンって傷害すると、mitokineってのがまま出る.. siした後に培地交換したら細胞死ぬ時ってあるよね(しなかったら元気なのに)。逆もあるが

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@U_hiraku

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2 years

ルシフェラーゼアッセイ by palte-readerは、黒プレートだとバック減る、白プレートだとシグナル増強、透明だと隣とかに漏れる。です！ #研究Club

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@U_hiraku

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3 years

いやいやいやと思ったものの、確かに国内の8年任期制助教より、最大2年の海外EMBOフェローを選んだ自分に気付いて、口を閉じただって、給料2倍だったんだものだって、研究費10倍だったんだもの

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@U_hiraku

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1 year

splitGFPの再構成は、タンパク質タンパク質結合(PPI)としては爆つおい PPI誘導で有名な、FRB-FKBP系の10倍程、普通のPPIの100倍くらい強い。だから自由拡散で出会ったら自動合体(そしてタンパク質自体の拡散性じゃ解除できない) だからオルガネラ内に1-10断片入れとくと、import後に内部で再構成する

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@U_hiraku

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10 months

海外ポスドク給料の円換算のなんかX見た。。わっちが言える事は、その国(又は地域)の年収中央値の比率でノーマライズすると良いと想像するのに大体良い感じになると思うよ〜日本の30代前半の年収中央値は350万円くらいだよ！イタリアは275万だよ！

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@U_hiraku

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1 year

最近SigmaのMISSON shRNAで配列出して 80%以上減なの確認済(screeningかsiRNAかどっかの自社製品で使ってるのかな?)だけ発注してlenti sh20個近く作ったけど全部バチクソ効いて草。shって時代遅れ感あるけど、最適化したら総6000円で1週間で安定KD株作れてコスパ良さげ

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2 years

今のとこ留学で一番ﾃﾝｼｮﾝ上がった瞬間 ↓ 何で俺のモデルできんのだろ.. ん?N末端これ。mito移行した後はMTS切れるから変わんね? ↓ mito内でもN-end rule(ﾀﾝﾊﾟｸ質安定性をN末1残基が決めるって法則)が適応される.. ってコト!? ↓ ボス「凄い発見だ！でも調べるとそれcellに出てんにぇ〜」

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@U_hiraku

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9 months

そういやWBってちょっとカオスな所あるなと思っててそもサンプル調整って大きく、RIPAとか溶出の上清だけ分離するlysed派と、全部取ってくるwhole派おるやん？(わっちの知る世界では前者が圧倒的マジリョーシカ) でもMethodまで見ないとどっちリザルトか区別付かないし、割と結果理解ごちゃ混ぜよね

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@U_hiraku

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1 month

可逆的にProtein-Protein interaction　(PPI)を制御する実験系の話 PPIからの下流シグナルの解明とか色んなことに役立ちそう、、、、とか細けぇことはよくて面白そうだから後で読む〜

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Quantitative control of subcellular protein localization with a photochromic dimerizer

Nature Chemical Biology - A photochromic dimerizer was developed for light-controlled reversible and quantitative regulation of intracellular protein localization, enabling optical control of...

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@U_hiraku

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1 year

やっぱイタリアは飯うめぇ！パドヴァ海近いし

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1 year

#みんなの約8年前の写真を見せて

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1 year

さっきファボった論文の引用見てたらオルガネラ標的可能な亜鉛のセンサーみたいの見付けた(まだちゃんと読んでないけど→備忘録ツイ) Single mitoくらいの解像度で分布見れるかな。何か色々遊べそうだにぇ〜

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Quantitative Imaging of Labile Zn2+ in the Golgi Apparatus Using a Localizable Small-Molecule...

Kowada et al. have developed a small-molecule fluorescent Zn2+ probe, ZnDA-1H, which can be localized specifically to intracellular organelles by utilizing a protein labeling technology. ZnDA-1H...

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2 years

手続きの書類を書いてて、「あれ.. オレって職業欄なんて書くん？」ってググろうとしたら、この世の終わりみたいなの出てきてウケるww

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@U_hiraku

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2 years

顕微鏡の目視観察する時の水銀ランプって、365nm、405nm、436nm、546nm、578nm波長が結構強めに入ってるんですよね。この405nmせいでPAGFPが勝手にphoto-atcivationされて、マジめんでぃ－－－－！！！ (あと毒性実験とかで使われるUVのBが280-320nmとかだから毒性的にもマジmndy)

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@U_hiraku

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5 months

よく分からんけど。メタノールは固定と膜透過を同時にやるから、細胞質プカプカ浮いてるようなGFPはメタノール固定だと大体さよならバイバイするよ！ちな中性ホルマリンもメタノール20％入ってるから20％ほど同じこと起こってシグナル弱くなるよ！よく分からんけど何か見た

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@U_hiraku

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1 year

備忘録二つの蛍光タンパク質タンデム型のMitophagyセンサー(mitoKeimaとか)の解析を自動化するImageJマクロの論文。このマクロいじいじしたら、他の色々なマクロ作るベースにできそうw

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@U_hiraku

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9 months

この前に細胞破砕法について聞かれた時にうまく説明できなかったんだが。ポッター(細胞破砕用のガラス筒)なくても、27Gをエッペン側面に弾性力(?)で押し当てて10回くらい通せば大体ホモジェナイズできるよ。どのくらい破砕できてるかは、慣れれば顕微鏡で目視でできるお。

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@U_hiraku

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2 years

ちなみに英語.. というか英会話は苦手だし嫌い。でも、わっちは生物学者で英語学者じゃないし、大御所でラボメンいっぱい居るから話せたら学び多いんだろうけど、別になくても研究はへーきへーきな気持ちで留学したけど、毎日バーに付き合わされてたら物凄く向上した。あと確かに、嫌意識は消失した

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@U_hiraku

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2 years

集まれミトコンドリア(観察したい)研究者！！実はmito外膜タンパク質で免疫染色できるマウスモノクロ抗体を探してるんです。santaがやらかした後のご時世では、経験的には、TOM20だとProteinTech(11802-1-AP)が最強だと思うのですがRabbitなのです.. 他に良い会社 or タンパク質って知ってます？？

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@U_hiraku

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2 years

Tet-ONで誘導系使いたい時って、初期応答を見たいか、長期発現させると死ぬ、みたいな局面が多いから、テトラサイクリン混入FBS使って、最初からONになってるって問題は、気付かないと結構深刻になりがち(?)

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@U_hiraku

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9 months

結構、という気にしてる人を殆ど見ないけどWB/IP/IFの抗体反応中のローテート速度ってのは凄く大事で。例えば、IFでローテートなしで反応させるたバチ綺麗だけどローテートさせて反応させるとシグナルなくなる抗体とか幾つか知ってるし。 WBなら特定のノンスペバンド消せたり、IPなら結合外れたり

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@U_hiraku

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2 years

このために帰ってきたと言っても過言ではない。

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8 months

いまわっち呼吸してるぅ〜

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@U_hiraku

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11 months

お父さん！お母さん！僕たち私たちは、今日普通のキーボードを (oﾟ□ﾟ)o≪≪卒業しますっ！！！

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@U_hiraku

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3 months

本筋と違うんだが.. グルタルアルデヒドの方が、ホルマリン固定よりもクリステ含めたミトコン形態キレイでライブに近いってFigあって、固定変えてみようかなでもこのFAってメタノール不含なのかな。PFAなら入れないけど、FA液は安定化用に15％メタ入ってるよね普通

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An aldehyde-crosslinking mitochondrial probe for STED imaging in fixed cells | PNAS

Fluorescence labeling of chemically fixed specimens, especially immunolabeling, plays a vital role in super-resolution imaging as it offers a conve...

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@U_hiraku

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6 months

なんか、不思議な感じだ。帰ってきたんだね。まぁ。ぶっちゃけ、、、、なかなか大変だったなあ。

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@U_hiraku

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1 year

WBは1次抗体o/nしない派。大体の抗体で1-3時間くらい抗体量減るとか、反応済み抗原増えて反応率下がるとか、ブロットタンパクの解離とか抗体側変化とかで、一番特異性と反応性高いのがこのくらいかなって思っててシグナルは検出薬と機器のカメラ次第ではある。検出薬でシグナル強度20倍は変わる

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@U_hiraku

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3 months

コレ、元の論文も読んだけど面白かった！酸素が関わるものの研究してる細胞生物学者は目を通しておいた方が良いかなと思う(どう考えるかは別として)

@joycelyntsi

Joycelyn

3 months

Thank you @NathalieMazure for the thoughtful commentary on our work, and for putting these findings into context alongside other preceding studies on oxygen in cell culture! 🧫

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@U_hiraku

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3 years

今更かもしれないパスタの茹で方！小さい鍋だと全然入りきらずにフチで、パスタが焦げついちゃうアナタ。入れて、捻って押し込めば、中で丸まるので、簡単に全部入って茹でムラもなくなりますよ〜急な料理話ww

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